ソフトウェア | 名称 | バージョン | 分類 |
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PHENIX | (1.11.1_2575: ???)精密化 | HKL-3000 | | データ削減 | HKL-3000 | | データスケーリング | PHENIX | | 位相決定 | |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.804→24.884 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.39 / 位相誤差: 19.82 / 立体化学のターゲット値: ML
| Rfactor | 反射数 | %反射 |
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Rfree | 0.2003 | 688 | 4.79 % |
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Rwork | 0.1732 | - | - |
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obs | 0.1744 | 14372 | 99.92 % |
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL |
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.804→24.884 Å
| タンパク質 | 核酸 | リガンド | 溶媒 | 全体 |
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原子数 | 1048 | 0 | 1 | 141 | 1190 |
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拘束条件 | Refine-ID | タイプ | Dev ideal | 数 |
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X-RAY DIFFRACTION | f_bond_d0.007 | 1080 | X-RAY DIFFRACTION | f_angle_d0.833 | 1454 | X-RAY DIFFRACTION | f_dihedral_angle_d2.189 | 941 | X-RAY DIFFRACTION | f_chiral_restr0.056 | 156 | X-RAY DIFFRACTION | f_plane_restr0.004 | 186 | | | | | |
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LS精密化 シェル | 解像度 (Å) | Rfactor Rfree | Num. reflection Rfree | Rfactor Rwork | Num. reflection Rwork | Refine-ID | % reflection obs (%) |
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1.8041-1.9433 | 0.2308 | 146 | 0.1997 | 2691 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 1.9433-2.1388 | 0.2047 | 121 | 0.1849 | 2734 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.1388-2.4481 | 0.2294 | 135 | 0.1796 | 2734 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 2.4481-3.0834 | 0.1863 | 169 | 0.1856 | 2709 | X-RAY DIFFRACTION | 100 | 3.0834-24.8867 | 0.1943 | 117 | 0.1596 | 2816 | X-RAY DIFFRACTION | 100 |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: -28.9539 Å / Origin y: 3.4725 Å / Origin z: 2.9354 Å
| 11 | 12 | 13 | 21 | 22 | 23 | 31 | 32 | 33 |
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T | 0.0977 Å2 | -0.0175 Å2 | -0.0142 Å2 | - | 0.1439 Å2 | 0.0042 Å2 | - | - | 0.1232 Å2 |
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L | 0.6129 °2 | -0.0864 °2 | 0.3252 °2 | - | 1.0365 °2 | -0.1408 °2 | - | - | 0.5657 °2 |
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S | 0.0474 Å ° | 0.0625 Å ° | -0.0407 Å ° | -0.0432 Å ° | -0.0041 Å ° | 0.1988 Å ° | -0.0369 Å ° | 0.0242 Å ° | 0.0484 Å ° |
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |
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