PDB-5xb8: Crystal structure of dibenzothiophene monooxygenase (TdsC) from P...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5xb8

タイトル

Crystal structure of dibenzothiophene monooxygenase (TdsC) from Paenibacillus sp. A11-2

要素

Thermophilic dibenzothiophene desulfurization enzyme C

キーワード

OXIDOREDUCTASE / Monooxygenase / FMN binding protein / tetramer

機能・相同性

機能・相同性情報

dibenzothiophene monooxygenase / 3-methylbutanoyl-CoA dehydrogenase activity / L-leucine catabolic process / monooxygenase activity / flavin adenine dinucleotide binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Paenibacillus sp. A11-2 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.795 Å

データ登録者

Hino, T. / Hamamoto, H. / Ohshiro, T. / Nagano, S.

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Crystal structures of TdsC, a dibenzothiophene monooxygenase from the thermophile Paenibacillus sp. A11-2, reveal potential for expanding its substrate selectivity.
著者: Hino, T. / Hamamoto, H. / Suzuki, H. / Yagi, H. / Ohshiro, T. / Nagano, S.

履歴

登録	2017年3月16日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年8月9日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年12月6日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5xb8.cif.gz	604.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5xb8.ent.gz	500.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5xb8.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5xb8_validation.pdf.gz	469.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5xb8_full_validation.pdf.gz	479.5 KB	表示
XML形式データ	5xb8_validation.xml.gz	77.7 KB	表示
CIF形式データ	5xb8_validation.cif.gz	120.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/5xb8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/xb/5xb8	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5xdbC 5xdcC 5xddC 5xdeC 5xdgC 3nf4S C: 同じ文献を引用 (文献) S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5xdg-d 4jek-1 5xdd-d 4zxv-d 5xde-d 5xdb-d 4x28-d 4nxl-d 3x0x-2 3m9v-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Thermophilic dibenzothiophene desulfurization enzyme C

B: Thermophilic dibenzothiophene desulfurization enzyme C

C: Thermophilic dibenzothiophene desulfurization enzyme C

D: Thermophilic dibenzothiophene desulfurization enzyme C

ヘテロ分子

184 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: Homologue proteins also form same tetrameric assembly.

単位格子

Length a, b, c (Å)	100.970, 100.970, 423.580
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Thermophilic dibenzothiophene desulfurization enzyme C 分子量: 45814.242 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Paenibacillus sp. A11-2 (バクテリア) 遺伝子: tdsC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9LBX2
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 2320 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.09 Å³/Da / 溶媒含有率: 60.18 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 1.3M Ammonium sulfate, 0.1M Tris-HCl, 12% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL26B1 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN A200 / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月13日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.795→49.109 Å / Num. obs: 390677 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 20.31
反射シェル	解像度: 1.8→1.86 Å

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3NF4

3nf4

解像度: 1.795→49.109 Å / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 16.3

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1781	19524	5 %
R_work	0.1513	-	-
obs	0.1527	390677	99.84 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.795→49.109 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	11999	0	30	2320	14349

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	12317
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.831	16765
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.048	7199
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	1829
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	2189

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7946-1.815	0.3069	622	0.2751	11834	X-RAY DIFFRACTION	96
1.815-1.8363	0.2823	648	0.2599	12501	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8363-1.8587	0.2765	646	0.2433	12274	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8587-1.8823	0.2547	657	0.2275	12432	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8823-1.907	0.2372	662	0.2104	12458	X-RAY DIFFRACTION	100
1.907-1.9331	0.2362	638	0.1991	12311	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9331-1.9608	0.2257	652	0.1932	12364	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9608-1.99	0.2207	653	0.1904	12398	X-RAY DIFFRACTION	100
1.99-2.0211	0.2067	656	0.1827	12449	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0211-2.0543	0.2083	643	0.1668	12370	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0543-2.0897	0.2007	655	0.1641	12381	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0897-2.1277	0.1954	658	0.157	12353	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1277-2.1686	0.1842	651	0.1549	12389	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1686-2.2129	0.1817	657	0.1445	12393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2129-2.261	0.1638	650	0.1412	12411	X-RAY DIFFRACTION	100
2.261-2.3136	0.1704	645	0.1367	12364	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3136-2.3715	0.153	646	0.1288	12367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3715-2.4356	0.1682	651	0.1346	12403	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4356-2.5072	0.169	652	0.134	12438	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5072-2.5882	0.1576	655	0.1328	12415	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5882-2.6807	0.1634	641	0.1306	12339	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6807-2.788	0.1673	652	0.1328	12419	X-RAY DIFFRACTION	100
2.788-2.9148	0.168	645	0.1366	12393	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9148-3.0685	0.1859	650	0.1414	12384	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0685-3.2607	0.1759	648	0.1398	12416	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2607-3.5124	0.1588	659	0.1385	12367	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5124-3.8658	0.1465	663	0.131	12382	X-RAY DIFFRACTION	100
3.8658-4.4248	0.1381	660	0.1207	12374	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4248-5.5736	0.1554	646	0.1346	12387	X-RAY DIFFRACTION	100
5.5736-49.1274	0.1916	663	0.1895	12363	X-RAY DIFFRACTION	100

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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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