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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5xar
タイトルStructural insights into the elevator-like mechanism of the sodium/citrate symporter CitS
要素Citrate-sodium symporter
キーワードTRANSPORT PROTEIN / CitS / citrate transporter / sodium/citrate symporter / 2-HCT
機能・相同性2-hydroxycarboxylate transporter / 2-hydroxycarboxylate transporter, Proteobacteria/Firmicutes / 2-hydroxycarboxylate transporter family / citrate metabolic process / organic anion transmembrane transporter activity / symporter activity / plasma membrane / Citrate-sodium symporter
機能・相同性情報
生物種Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.62 Å
データ登録者Jin, M.S. / Kim, J.W. / Kim, S. / Kim, S. / Lee, H. / Lee, J.-O.
資金援助 韓国, 3件
組織認可番号国
National Research FoundationNRF-2014R1A1A3050966 韓国
National Research FoundationNRF-2015M2A2A4A03044653 韓国
National Research FoundationNRF-2014R1A2A1A10050436 韓国
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the elevator-like mechanism of the sodium/citrate symporter CitS
著者: Kim, J.W. / Kim, S. / Kim, S. / Lee, H. / Lee, J.O. / Jin, M.S.
履歴
登録2017年3月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name ..._chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Citrate-sodium symporter
B: Citrate-sodium symporter
C: Citrate-sodium symporter
D: Citrate-sodium symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,37010
ポリマ－186,6944
非ポリマー6776
水1448
1
A: Citrate-sodium symporter
B: Citrate-sodium symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,9786
ポリマ－93,3472
非ポリマー6314
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5500 Å2
ΔGint-60 kcal/mol
Surface area30120 Å2
手法PISA
2
C: Citrate-sodium symporter
D: Citrate-sodium symporter
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)93,3934
ポリマ－93,3472
非ポリマー462
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5560 Å2
ΔGint-59 kcal/mol
Surface area30130 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.367, 163.994, 93.670
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 93.50, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LEULEUILEILEAA18 - 4468 - 436
21LEULEUILEILEBB18 - 4468 - 436
12LEULEUILEILEAA18 - 4468 - 436
22LEULEUILEILECC18 - 4468 - 436
13LEULEUILEILEAA18 - 4468 - 436
23LEULEUILEILEDD18 - 4468 - 436
14LEULEUILEILEBB18 - 4468 - 436
24LEULEUILEILECC18 - 4468 - 436
15SERSERMETMETBB16 - 4456 - 435
25SERSERMETMETDD16 - 4456 - 435
16LEULEUILEILECC18 - 4468 - 436
26LEULEUILEILEDD18 - 4468 - 436

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Citrate-sodium symporter / Citrate carrier protein / Citrate transporter


分子量: 46673.430 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 13-446 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Klebsiella pneumoniae (肺炎桿菌) / 遺伝子: citS / 発現宿主: Bacteria (unknown) / 参照: UniProt: P31602
#2: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 糖 ChemComp-BOG / octyl beta-D-glucopyranoside / Beta-Octylglucoside / octyl beta-D-glucoside / octyl D-glucoside / octyl glucoside / オクチルβ-D-グルコピラノシド


タイプ: D-saccharide / 分子量: 292.369 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C14H28O6 / コメント: 可溶化剤*YM
識別子タイププログラム
b-octylglucosideIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Author replaced the 7-PPATEK-12 amino acid region of KpCitS with a thrombin recognition sequence (LVPRGS)

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.25 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100 mM MES pH 6.0-6.5, 100-200 mM NaCl, 32-36% PEG400
PH範囲: 6.0-6.5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: MAR CCD 130 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.6→93.49 Å / Num. obs: 30477 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / Net I/σ(I): 22.7
反射 シェル解像度: 3.6→3.7 Å / 冗長度: 3.7 % / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5A1S

5a1s


解像度: 3.62→93.49 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.926 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 106.757 / SU ML: 0.623 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.647 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.26734 1433 4.7 %RANDOM
Rwork0.23459 ---
obs0.23614 29044 98.48 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 189.555 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-10.85 Å20 Å29.36 Å2
2---11.48 Å2-0 Å2
3----0.51 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.62→93.49 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12355 0 44 8 12407
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.01912653
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.0212917
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7471.97717172
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.336329520
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.65651642
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.3922.732388
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.201152093
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8591545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1060.22101
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0213961
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0060.022820
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it8.79114.4146592
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other8.78814.4136591
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it13.78221.6348226
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other13.78121.6358227
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it8.87814.9316061
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other8.87714.936061
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other14.29922.1768946
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined21.60857626
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other21.60757626
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A521920.05
12B521920.05
21A533660.05
22C533660.05
31A526820.04
32D526820.04
41B519240.06
42C519240.06
51B518720.06
52D518720.06
61C523700.05
62D523700.05
LS精密化 シェル解像度: 3.625→3.719 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.414 109 -
Rwork0.396 1820 -
obs--85.62 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.7973-0.11530.69112.99371.23233.16140.09720.1432-0.1657-0.8779-0.14640.5344-0.1828-0.26650.04920.27330.0374-0.14670.05940.01540.245-51.295828.1324-48.6228
21.7004-0.2258-0.10233.6114-0.90563.7788-0.0399-0.4046-0.22110.66160.1474-0.92510.30890.7225-0.10750.19220.1041-0.23590.3027-0.01340.4082-23.714224.2798-20.1519
33.59561.88261.76454.53450.46393.8561-0.0798-0.6030.28311.31950.2018-0.1176-0.2791-0.0858-0.1220.54320.1863-0.10880.2244-0.10650.075-39.890764.6792-8.3276
43.3101-0.45890.34023.2819-0.18652.1235-0.29390.46790.1422-0.5930.19051.1212-0.3787-0.36820.10350.2213-0.0353-0.25220.26710.02150.4581-64.197368.0326-39.6077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A18 - 446
2X-RAY DIFFRACTION2B16 - 446
3X-RAY DIFFRACTION3C18 - 446
4X-RAY DIFFRACTION4D13 - 446

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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