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- PDB-5x9y: Crystal structure of the ATPase domain from bacterial mismatch re... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x9y
タイトルCrystal structure of the ATPase domain from bacterial mismatch repair endonuclease Aquifex aeolicus MutL.
要素DNA mismatch repair protein MutL
キーワードDNA BINDING PROTEIN / MutL / DNA mismatch repair / endonuclease / ATPase
機能・相同性
機能・相同性情報


mismatch repair complex / mismatched DNA binding / ATP-dependent DNA damage sensor activity / mismatch repair / ATP hydrolysis activity / ATP binding
類似検索 - 分子機能
DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain ...DNA mismatch repair protein, MutL / MutL, C-terminal, dimerisation / MutL, C-terminal domain superfamily / MutL, C-terminal domain, dimerisation subdomain / MutL C terminal dimerisation domain / DNA mismatch repair protein family, N-terminal / DNA mismatch repair protein, S5 domain 2-like / DNA mismatch repair, conserved site / DNA mismatch repair protein MutL/Mlh/Pms / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / DNA mismatch repair proteins mutL / hexB / PMS1 signature. / DNA mismatch repair protein, C-terminal domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / DNA mismatch repair protein MutL
類似検索 - 構成要素
生物種Aquifex aeolicus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.443 Å
データ登録者Fukui, K. / Yano, T.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
Ministry of Education, Culture, Sports, Science and Technology (Japan)16K18680 日本
引用ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and DNA-binding property of the ATPase domain of bacterial mismatch repair endonuclease MutL from Aquifex aeolicus
著者: Fukui, K. / Iino, H. / Baba, S. / Kumasaka, T. / Kuramitsu, S. / Yano, T.
履歴
登録2017年3月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年10月18日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
C: DNA mismatch repair protein MutL
A: DNA mismatch repair protein MutL
B: DNA mismatch repair protein MutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)107,2035
ポリマ－106,9903
非ポリマー2122
水34219
1
C: DNA mismatch repair protein MutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7702
ポリマ－35,6631
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
A: DNA mismatch repair protein MutL


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,6631
ポリマ－35,6631
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
B: DNA mismatch repair protein MutL
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,7702
ポリマ－35,6631
非ポリマー1061
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.929, 145.253, 176.769
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number24
Space group name H-MI212121
詳細THE BIOLOGICAL ASSEMBLY WAS EXPERIMENTALLY CONFIRMED BY SAXS AND GEL FILTRATION ANALYSES.

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要素

#1: タンパク質 DNA mismatch repair protein MutL


分子量: 35663.422 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 9-315 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Residues 1-11, 41-43, 66-91, 187-190, 273-282, and 302-308 of chain A-C are disordered in the crystal structure.
由来: (組換発現) Aquifex aeolicus (strain VF5) (バクテリア)
株: VF5 / 遺伝子: mutL, aq_1578 / プラスミド: pET-11a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 / 参照: UniProt: O67518
#2: 化合物 ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 68 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 50 mM Bis-Tris 1.5 M sodium chloride 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL38B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月7日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.44→43.05 Å / Num. obs: 21839 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.134 / Rpim(I) all: 0.054 / Net I/σ(I): 16.3
反射 シェル解像度: 3.44→3.57 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 1.008 / Mean I/σ(I) obs: 2.13 / Num. unique obs: 1053 / CC1/2: 0.725 / Rpim(I) all: 0.397 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
PHENIXモデル構築
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1BKN

1bkn


解像度: 3.443→43.05 Å / SU ML: 0.46 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.95
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2954 1869 9.16 %
Rwork0.2561 --
obs0.2597 20395 92.79 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.443→43.05 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6108 0 14 19 6141
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026198
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5878284
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.7143143
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043945
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041044
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.443-3.5360.36571160.31471150X-RAY DIFFRACTION77
3.536-3.640.34671350.29151328X-RAY DIFFRACTION87
3.64-3.75740.30651340.28811311X-RAY DIFFRACTION87
3.7574-3.89160.32191350.29281318X-RAY DIFFRACTION88
3.8916-4.04730.31631300.27391402X-RAY DIFFRACTION91
4.0473-4.23140.31311490.25561427X-RAY DIFFRACTION93
4.2314-4.45430.27511470.22831456X-RAY DIFFRACTION97
4.4543-4.73310.24121490.22541456X-RAY DIFFRACTION95
4.7331-5.0980.24811470.22151489X-RAY DIFFRACTION97
5.098-5.61010.29341530.26011498X-RAY DIFFRACTION98
5.6101-6.41980.30191530.25891522X-RAY DIFFRACTION98
6.4198-8.08020.28581580.27661548X-RAY DIFFRACTION99
8.0802-43.050.30861630.24541621X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -18.7732 Å / Origin y: 19.4752 Å / Origin z: 18.967 Å
111213212223313233
T0.7284 Å2-0.0223 Å2-0.0326 Å2-0.7003 Å20.0343 Å2--0.864 Å2
L0.8389 °20.1452 °20.9528 °2-0.6775 °20.4977 °2--2.4077 °2
S0.143 Å °0.1771 Å °0.1464 Å °-0.1079 Å °-0.2143 Å °0.3116 Å °0.1354 Å °-0.3942 Å °0.0677 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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