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万見
- PDB-5x9c: Crystal structure of the cytosolic domain of human MiD51 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x9c
タイトルCrystal structure of the cytosolic domain of human MiD51
要素Mitochondrial dynamics protein MID51
キーワードTRANSFERASE / Receptor / Mitochondrial fission / Nucleotidyltransferase fold
機能・相同性
機能・相同性情報


mitochondrial fission / positive regulation of mitochondrial fission / positive regulation of protein targeting to membrane / ADP binding / GDP binding / cellular response to hypoxia / mitochondrial outer membrane / mitochondrion / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Mitochondrial dynamics protein MID49/MID51 / : / Mitochondrial dynamics protein MID51-like, C-terminal domain / Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like ...Mitochondrial dynamics protein MID49/MID51 / : / Mitochondrial dynamics protein MID51-like, C-terminal domain / Beta Polymerase; domain 2 - #90 / Poly(a)-polymerase, middle domain - #40 / Poly(a)-polymerase, middle domain / Mab-21-like, HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein HhH/H2TH-like domain / Mab-21 protein nucleotidyltransferase domain / Mab-21-like / Mab-21 / Beta Polymerase; domain 2 / 2-Layer Sandwich / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Mitochondrial dynamics protein MIEF1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Sun, F. / Pang, X. / Ma, J.
資金援助 中国, 2件
組織認可番号国
the Chinese Ministry of Science and Technology2014CB910700, 2011CB910301 中国
the Chinese Academy of ScienceXDB08030202 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: New interfaces on MiD51 for Drp1 recruitment and mitochondrial fission regulation
著者: Ma, J. / Zhai, Y. / Chen, M. / Zhang, K. / Shi, Y. / Chen, Q. / Pang, X. / Sun, F.
履歴
登録2017年3月6日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Mitochondrial dynamics protein MID51
B: Mitochondrial dynamics protein MID51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,8942
ポリマ－74,8942
非ポリマー00
水3,621201
1
A: Mitochondrial dynamics protein MID51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4471
ポリマ－37,4471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area220 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16250 Å2
手法PISA
2
B: Mitochondrial dynamics protein MID51


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)37,4471
ポリマ－37,4471
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area230 Å2
ΔGint-6 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)61.297, 64.666, 65.914
Angle α, β, γ (deg.)89.81, 108.08, 117.19
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 Mitochondrial dynamics protein MID51 / Mitochondrial dynamics protein of 51 kDa


分子量: 37446.996 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 133-463 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MID51 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9NQG6
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 201 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.11 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.6 M NaH2PO4/K2HPO4, pH 7.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→48.54 Å / Num. obs: 68988 / % possible obs: 95.3 % / 冗長度: 5.5 % / Net I/σ(I): 23.9
反射 シェル解像度: 1.86→1.92 Å / 冗長度: 5.8 % / Rmerge(I) obs: 0.654 / Mean I/σ(I) obs: 5.4 / % possible all: 96.5

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X9B

5x9b


解像度: 1.85→48.54 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.232 4258 4.887 %THIN-RESOLUTION SHELLS
Rwork0.203 ---
obs0.205 68988 95.3 %-
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.85→48.54 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5184 0 10 201 5395

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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