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- PDB-5x8g: Binary complex structure of a double mutant I454RA456K of o-Succi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x8g
タイトルBinary complex structure of a double mutant I454RA456K of o-Succinylbenzoate CoA Synthetase (MenE) from Bacillus Subtilis bound with its product analogue OSB-NCoA at 1.90 angstrom
要素2-succinylbenzoate--CoA ligase
キーワードLIGASE / Adenylate-forming Enzyme / acyl-CoA synthetase / thioester conformation / CoA / pantetheine tunnel / ADP binding subsite / domain alternation / large conformational change / inter-domain linker
機能・相同性
機能・相同性情報


o-succinylbenzoate-CoA ligase / o-succinylbenzoate-CoA ligase activity / CoA-ligase activity / menaquinone biosynthetic process / ATP binding
類似検索 - 分子機能
2-succinylbenzoate--CoA ligase / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase ...2-succinylbenzoate--CoA ligase / ANL, C-terminal domain / ANL, N-terminal domain / ANL, N-terminal domain / AMP-binding enzyme, C-terminal domain / AMP-binding enzyme C-terminal domain / AMP-binding, conserved site / Putative AMP-binding domain signature. / GMP Synthetase; Chain A, domain 3 / AMP-dependent synthetase/ligase / AMP-binding enzyme, C-terminal domain superfamily / AMP-binding enzyme / Rossmann fold / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
DI(HYDROXYETHYL)ETHER / o-succinylbenzoyl-N-coenzyme A / 2-succinylbenzoate--CoA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Chen, Y. / Guo, Z.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of the thioesterification conformation of Bacillus subtilis o-succinylbenzoyl-CoA synthetase reveals a distinct substrate-binding mode
著者: Chen, Y. / Li, T.L. / Lin, X. / Li, X. / Li, X.D. / Guo, Z.
履歴
登録2017年3月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年6月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年8月9日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22019年10月16日Group: Data collection / Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop ...pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
B: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
D: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
C: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,10837
ポリマ－216,8924
非ポリマー5,21633
水30,2471679
1
A: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
C: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)111,26921
ポリマ－108,4462
非ポリマー2,82419
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4750 Å2
ΔGint-101 kcal/mol
Surface area37120 Å2
手法PISA
2
B: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
D: 2-succinylbenzoate--CoA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)110,83816
ポリマ－108,4462
非ポリマー2,39214
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4140 Å2
ΔGint-82 kcal/mol
Surface area36790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)71.950, 96.480, 97.660
Angle α, β, γ (deg.)80.140, 77.810, 81.170
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 4分子 ABDC

#1: タンパク質
2-succinylbenzoate--CoA ligase / o-succinylbenzoyl-CoA synthetase / OSB-CoA synthetase


分子量: 54222.945 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 2-486 / 変異: I454R, A456K / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: menE, BSU30790 / 発現宿主: Escherichia coli K-12 (大腸菌) / 株 (発現宿主): K-12 / 参照: UniProt: P23971, o-succinylbenzoate-CoA ligase

-
非ポリマー , 6種, 1712分子

#2: 化合物
ChemComp-S0N / o-succinylbenzoyl-N-coenzyme A


分子量: 954.663 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C32H45N8O20P3
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#5: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#6: 化合物
ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル


分子量: 106.120 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H10O3
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1679 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.99 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.83 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: Reservoir solution: 32%(v/v) PEG300, 0.15M sodium cacodylate (pH 6.5), 0.2M Calcium acetate. Protein solution: 2.5mM OSB-NCoA, 16mg/mL protein, 10mM MgCl2. Crystals appeared after 4 days incubation.
PH範囲: 6.2-6.7

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→31.03 Å / Num. obs: 181132 / % possible obs: 91.5 % / 冗長度: 4.9 % / Biso Wilson estimate: 22.93 Å2 / CC1/2: 0.991 / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.06 / Rrim(I) all: 0.139 / Net I/σ(I): 8.5 / Num. measured all: 892667 / Scaling rejects: 4119
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / 冗長度: 4.8 %

解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.9-1.930.8164412791320.8110.3980.9092.492.8
10.41-31.030.09535211040.980.0460.10116.391.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
Aimless0.5.26データスケーリング
PDB_EXTRACT3.2データ抽出
Aimless0.5.26データ削減
PHENIX1.10.1_2155位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X8F

5x8f


解像度: 1.9→31.027 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 20.98 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2063 1988 1.1 %
Rwork0.1636 179058 -
obs0.1641 181046 91.52 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 105.64 Å2 / Biso mean: 31.8452 Å2 / Biso min: 7.42 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.9→31.027 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14679 0 323 1679 16681
Biso mean--32.36 39.36 -
残基数----1936
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00715442
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.86120998
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0552390
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0052679
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3339232
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.9-1.94750.24631380.2342129711310993
1.9475-2.00020.25161490.2077129221307192
2.0002-2.0590.23991460.1917129111305792
2.059-2.12540.2441360.1807128711300792
2.1254-2.20140.20161440.171128891303392
2.2014-2.28950.21671400.1675128571299792
2.2895-2.39370.20841510.169128681301992
2.3937-2.51980.21221380.1675127841292292
2.5198-2.67760.24171470.1681128511299892
2.6776-2.88420.23271450.172128731301892
2.8842-3.17420.23411420.1716127441288691
3.1742-3.63290.20391400.1546126391277990
3.6329-4.57470.16621290.1316118791200885
4.5747-31.0310.17131430.1557129991314293
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.81510.5567-0.51771.6292-1.13641.49620.0796-0.1279-0.15410.045-0.2261-0.20.08980.27070.12420.18430.041-0.00190.18360.01090.1308119.40423.209-89.8886
21.53640.2614-0.2641.2124-0.7382.31570.043-0.14530.01670.191-0.0539-0.0098-0.12210.09150.00430.1697-0.00070.01150.1226-0.03420.1123109.832513.0021-90.3392
31.31150.05570.0350.7585-0.81172.19780.01760.0014-0.0231-0.03920.14060.1820.172-0.4477-0.10390.1737-0.0349-0.00240.2232-0.02480.179291.34764.9268-96.838
42.2440.41840.06461.36550.6740.34620.0070.15380.4252-0.1905-0.31370.6064-0.193-0.61430.06680.24530.0208-0.08350.77540.0580.638775.0516-0.2449-86.2878
51.6107-0.12020.13691.1808-0.39541.09860.02780.31970.0591-0.2624-0.03560.06450.0324-0.0086-0.00210.16240.0092-0.01680.16410.02290.144595.835-26.576-118.847
61.1494-0.06220.12412.56730.30180.7874-0.076-0.05550.3050.2501-0.0058-0.2272-0.17430.15160.10010.2-0.0122-0.0420.16280.02030.2381109.936-32.077-137.244
73.0862-0.43691.45050.8942-0.98173.4668-0.00520.146-0.0943-0.0349-0.0801-0.1429-0.10710.28510.00680.14650.02430.03660.17460.04130.1964115.878-11.105-130.173
80.50410.2239-0.33381.03250.37470.70960.14910.4320.4607-0.2414-0.0828-0.4004-0.07460.0819-0.04960.2870.04360.1110.44130.18150.4472128.74-29.421-113.316
91.7539-0.49580.84021.1221-0.85891.85540.0754-0.0803-0.13040.09110.07960.11130.0691-0.1906-0.1450.1432-0.00440.02480.1222-0.00770.1475113.35229.702-128.189
101.8876-0.32380.82821.5476-0.62871.23350.1680.192-0.1403-0.1312-0.05780.00350.22070.14530.00220.1430.0312-0.00110.1431-0.05290.1229121.97833.528-117.876
112.26760.0821-0.87421.6034-1.54041.8427-0.04210.28550.3362-0.0484-0.16-0.2787-0.11730.33670.02730.1284-0.0327-0.00110.26490.06120.2554136.71319.273-112.033
122.7846-0.14110.51051.65870.09611.50250.10880.1686-0.04530.2449-0.0663-0.58750.00360.3905-0.02250.20660.0003-0.08740.2438-0.01480.3951148.22433.88-132.913
131.6689-0.36850.17161.5915-0.19061.1006-0.09410.18280.3638-0.1414-0.0146-0.0794-0.27720.08990.07970.2143-0.0625-0.01840.21050.08460.242795.54856.4179-149.5263
141.3092-0.01790.4210.9011-0.11561.6491-0.05930.13410.1328-0.09270.0223-0.0039-0.02860.0155-0.0070.1132-0.010.01650.17950.05910.136686.6751-6.3963-149.8896
152.49250.27590.65211.9706-1.4141.7372-0.1149-0.3113-0.01620.12370.28980.33440.0015-0.5202-0.00260.14850.04510.04730.39610.07440.230373.6769-9.3139-133.5707
162.4719-0.1810.66112.43980.63891.5725-0.23720.05220.6309-0.0316-0.02030.4547-0.4788-0.60560.05320.34880.1575-0.08260.50890.07910.502661.12998.4669-151.6363
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1(chain A and resid 2:110)A2 - 110
2X-RAY DIFFRACTION2(chain A and resid 111:283)A111 - 283
3X-RAY DIFFRACTION3(chain A and resid 284:474)A284 - 474
4X-RAY DIFFRACTION4(chain A and resid 475:485)A475 - 485
5X-RAY DIFFRACTION5(chain B and resid 2:217)B2 - 217
6X-RAY DIFFRACTION6(chain B and resid 218:302)B218 - 302
7X-RAY DIFFRACTION7(chain B and resid 303:381)B303 - 381
8X-RAY DIFFRACTION8(chain B and resid 382:485)B382 - 485
9X-RAY DIFFRACTION9(chain C and resid 2:111)C2 - 111
10X-RAY DIFFRACTION10(chain C and resid 112:283)C112 - 283
11X-RAY DIFFRACTION11(chain C and resid 284:381)C284 - 381
12X-RAY DIFFRACTION12(chain C and resid 382:485)C382 - 485
13X-RAY DIFFRACTION13(chain D and resid 2:116)D2 - 116
14X-RAY DIFFRACTION14(chain D and resid 117:300)D117 - 300
15X-RAY DIFFRACTION15(chain D and resid 301:380)D301 - 380
16X-RAY DIFFRACTION16(chain D and resid 381:485)D381 - 485

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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