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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x8d | ||||||
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タイトル | D90L mutant of thermus thermophilus HB8 thymidylate kinase | ||||||
![]() | Thymidylate kinase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Nucleotide monophosphate kinase | ||||||
機能・相同性 | ![]() dUDP biosynthetic process / dTMP kinase / thymidylate kinase activity / dTDP biosynthetic process / dTTP biosynthetic process / phosphorylation / ATP binding / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() | ||||||
![]() | Chaudhary, S.K. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural and functional roles of dynamically correlated residues in thymidylate kinase. 著者: Chaudhary, S.K. / Jeyakanthan, J. / Sekar, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 85.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 63.5 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 450 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 451.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 15.6 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 21.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 5x86C ![]() 5x8aC ![]() 5x8bC ![]() 5x8cC ![]() 5x8jC ![]() 5x8kC ![]() 5x8vC ![]() 5x98C ![]() 5x99C ![]() 5xakC ![]() 5xalC ![]() 5xt8C ![]() 5x7jS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22007.613 Da / 分子数: 2 / 変異: D90L / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 株: HB8 / ATCC 27634 / DSM 579 / 遺伝子: tmk, TTHA1607 / 発現宿主: ![]() ![]() #2: 化合物 | ChemComp-MG / #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.1 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.1 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 詳細: 0.2M MgCl2.6H2O, 0.1 M Tris hydrochloride, 30% PEG 4000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月25日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.54178 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.26→76.64 Å / Num. obs: 15291 / % possible obs: 91.9 % / 冗長度: 7.9 % / Net I/σ(I): 9.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.26→2.33 Å |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 5X7J 解像度: 2.26→76.64 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.922 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.893 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.543 / ESU R Free: 0.281 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 68.42 Å2 / Biso mean: 21.8676 Å2 / Biso min: 6.51 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.26→76.64 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.259→2.318 Å / Total num. of bins used: 20
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