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- PDB-5x7v: Crystal structure of Nucleosome assembly protein S (PfNapS) from ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x7v
タイトルCrystal structure of Nucleosome assembly protein S (PfNapS) from Plasmodium falciparum
要素Nucleosome assembly protein
キーワードCHAPERONE / NUCLEOSOME ASSEMBLY PROTEIN / HISTONE RECOGNITION
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleosome assembly / nucleus
類似検索 - 分子機能
Nucleosome assembly protein / Nucleosome assembly protein (NAP) / NAP-like superfamily / Nucleosome assembly protein (NAP) / Arylsulfatase, C-terminal domain / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Nucleosome assembly protein
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.802 Å
データ登録者Gill, J. / Yogavel, M. / Sharma, A.
引用ジャーナル: Malar. J. / 年: 2010
タイトル: Structure, localization and histone binding properties of nuclear-associated nucleosome assembly protein from Plasmodium falciparum.
著者: Gill, J. / Kumar, A. / Yogavel, M. / Belrhali, H. / Jain, S.K. / Rug, M. / Brown, M. / Maier, A.G. / Sharma, A.
履歴
登録2017年2月27日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
置き換え2017年3月15日ID: 3KYP
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleosome assembly protein
B: Nucleosome assembly protein
C: Nucleosome assembly protein
D: Nucleosome assembly protein
E: Nucleosome assembly protein
F: Nucleosome assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)137,9596
ポリマ－137,9596
非ポリマー00
水00
1
A: Nucleosome assembly protein
B: Nucleosome assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9862
ポリマ－45,9862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3380 Å2
ΔGint-36 kcal/mol
Surface area18930 Å2
手法PISA
2
C: Nucleosome assembly protein
D: Nucleosome assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9862
ポリマ－45,9862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area19410 Å2
手法PISA
3
E: Nucleosome assembly protein
F: Nucleosome assembly protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,9862
ポリマ－45,9862
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3340 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area18950 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)95.790, 114.900, 139.100
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Nucleosome assembly protein


分子量: 22993.096 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP RESIDUES 29-221 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: B7 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9Y010

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.77 Å3/Da / 溶媒含有率: 60.09 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5
詳細: 20% PEG 3350, 0.2M di-ammonuium tatrate, VAPOR DIFFUSION, HANGING DROP

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: BM14 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2007年4月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→50 Å / Num. obs: 35024 / % possible obs: 96.6 % / 冗長度: 5.9 % / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.9 Å / % possible all: 81.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.802→29.244 Å / SU ML: 0.44 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1 / 位相誤差: 44.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3119 1697 4.96 %
Rwork0.2433 --
obs0.2467 34206 89.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.802→29.244 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8441 0 0 0 8441
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0128832
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.45211893
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.6263377
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581263
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071509
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.8021-2.88450.4529890.36791872X-RAY DIFFRACTION62
2.8845-2.97750.49711090.33962117X-RAY DIFFRACTION71
2.9775-3.08380.33171220.30452307X-RAY DIFFRACTION77
3.0838-3.20720.38561370.30712542X-RAY DIFFRACTION85
3.2072-3.35290.35771450.29842753X-RAY DIFFRACTION92
3.3529-3.52940.29731510.26042856X-RAY DIFFRACTION95
3.5294-3.75010.34111530.22982893X-RAY DIFFRACTION96
3.7501-4.0390.30381480.22712930X-RAY DIFFRACTION97
4.039-4.44420.27051550.2082972X-RAY DIFFRACTION98
4.4442-5.08430.26121600.19663010X-RAY DIFFRACTION99
5.0843-6.39470.27971610.24783076X-RAY DIFFRACTION99
6.3947-29.24520.30261670.21823181X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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