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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x7h | |||||||||
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タイトル | Crystal Structure of Paenibacillus sp. 598K cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase complexed with cycloisomaltoheptaose | |||||||||
要素 | Cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase | |||||||||
キーワード | TRANSFERASE / glydoside hydrolase family 66 / carbohydrate-binding module family 35 | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase / glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Paenibacillus sp. 598K (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å | |||||||||
データ登録者 | Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Suzuki, N. / Suzuki, R. / Momma, M. / Funane, K. | |||||||||
資金援助 | 日本, 1件
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引用 | ジャーナル: Biosci. Rep. / 年: 2017 タイトル: Isomaltooligosaccharide-binding structure ofPaenibacillussp. 598K cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase 著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Suzuki, N. / Suzuki, R. / Mizushima, D. / Momma, M. / Kimura, K. / Funane, K. #1: ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2012 タイトル: Biochemical characterization of a novel cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase from Paenibacillus sp. 598K 著者: Suzuki, R. / Terasawa, K. / Kimura, K. / Fujimoto, Z. / Momma, M. / Kobayashi, M. / Kimura, A. / Funane, K. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5x7h.cif.gz | 168.4 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5x7h.ent.gz | 129.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5x7h.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5x7h_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5x7h_full_validation.pdf.gz | 1.6 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5x7h_validation.xml.gz | 30 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5x7h_validation.cif.gz | 43.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/5x7h ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/5x7h | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 80618.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 41-739 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Paenibacillus sp. 598K (バクテリア) 株: 598K / 遺伝子: cit / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: G9MBW2, cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase |
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-糖 , 2種, 3分子
#2: 多糖 | #3: 多糖 | alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose-(1-6)-alpha-D-glucopyranose | |
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-非ポリマー , 4種, 270分子
#4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-NA / | #6: 化合物 | ChemComp-MLI / | #7: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 25% PEG3350, 12% Tacsimate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: AR-NW12A / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月19日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→100 Å / Num. obs: 28297 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 20.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Rpim(I) all: 0.4 / Χ2: 0.955 / Net I/σ(I): 10.9 |
反射 シェル | 解像度: 2.6→2.69 Å / Rmerge(I) obs: 0.922 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / Num. unique obs: 2787 / Rpim(I) all: 0.214 / Χ2: 1.352 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 5X7G 解像度: 2.6→97.73 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.961 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 9.399 / SU ML: 0.191 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.636 / ESU R Free: 0.27 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 44.404 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.636 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.6→97.73 Å
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拘束条件 |
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