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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5x7g | ||||||
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タイトル | Crystal Structure of Paenibacillus sp. 598K cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase | ||||||
![]() | Cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / glydoside hydrolase family 66 / carbohydrate-binding module family 35 | ||||||
機能・相同性 | ![]() cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase / glycosyltransferase activity / carbohydrate binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Suzuki, N. / Suzuki, R. / Momma, M. / Funane, K. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Isomaltooligosaccharide-binding structure ofPaenibacillussp. 598K cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase 著者: Fujimoto, Z. / Kishine, N. / Suzuki, N. / Suzuki, R. / Mizushima, D. / Momma, M. / Kimura, K. / Funane, K. #1: ジャーナル: Biochim. Biophys. Acta / 年: 2012 タイトル: Biochemical characterization of a novel cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase from Paenibacillus sp. 598K 著者: Suzuki, R. / Terasawa, K. / Kimura, K. / Fujimoto, Z. / Momma, M. / Kobayashi, M. / Kimura, A. / Funane, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 163.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 124.2 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 462.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 466.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 28.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 41.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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要素
-タンパク質 , 1種, 1分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 80618.508 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 41-739 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 株: 598K / 遺伝子: cit / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: G9MBW2, cycloisomaltooligosaccharide glucanotransferase |
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-非ポリマー , 5種, 299分子 ![](data/chem/img/CA.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/NA.gif)
![](data/chem/img/MLI.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-NA / | #4: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-GOL / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.81 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.29 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 25% PEG3350, 12% Tacsimate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 95 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年3月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.2→100 Å / Num. obs: 46942 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 33.366 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.096 / Rpim(I) all: 0.021 / Χ2: 1.153 / Net I/σ(I): 32.1 |
反射 シェル | 解像度: 2.2→2.28 Å / 冗長度: 22.1 % / Rmerge(I) obs: 0.848 / Mean I/σ(I) obs: 4.9 / Num. unique obs: 4611 / Rpim(I) all: 0.184 / Χ2: 1.316 / % possible all: 100 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 3WNK 解像度: 2.2→98.45 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.949 / SU B: 5.808 / SU ML: 0.139 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.21 / ESU R Free: 0.182 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.419 Å2
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Refine analyze | Luzzati coordinate error obs: 0.21 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.2→98.45 Å
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拘束条件 |
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