PDB-5x7f: Structure of a O-methyltransferase from Mycobacterium tuberculosi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x7f

タイトル

Structure of a O-methyltransferase from Mycobacterium tuberculosis at 2.0 resolution

要素

Putative O-methyltransferase Rv1220c

キーワード

TRANSFERASE / S-adenosyl-L-methionine / O-methyltransferase / Mycobacterium tuberculosis

機能・相同性

機能・相同性情報

S-adenosylmethionine-dependent methyltransferase activity / cell wall / O-methyltransferase activity / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / methylation / plasma membrane
類似検索 - 分子機能

生物種

Mycobacterium tuberculosis (結核菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.997 Å

データ登録者

Yan, Q. / Jiang, D.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of a O-methyltransferase from Mycobacterium tuberculosis at 2.0 resolution
著者: Yan, Q. / Jiang, D.

履歴

登録	2017年2月25日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年3月29日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x7f.cif.gz	90.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x7f.ent.gz	67.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x7f.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x7f_validation.pdf.gz	703.9 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x7f_full_validation.pdf.gz	704.6 KB	表示
XML形式データ	5x7f_validation.xml.gz	10.3 KB	表示
CIF形式データ	5x7f_validation.cif.gz	13.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/5x7f ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x7/5x7f	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	3tr6S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	2bu3-d 4guv-4 4axx-d 2btw-d 4a99-1 2wzb-d 6yed-1 3v3o-3 2x13-d 3s52-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#139 - 2011年7月 DNAメチルトランスフェラーゼ (DNA Methyltransferase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Putative O-methyltransferase Rv1220c

ヘテロ分子

24.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Putative O-methyltransferase Rv1220c

ヘテロ分子

A: Putative O-methyltransferase Rv1220c

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
49.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.700, 57.700, 158.163
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

#1: タンパク質	Putative O-methyltransferase Rv1220c 分子量: 24302.455 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 10-224 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌) 株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: Rv1220c / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: P9WJZ7, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物	ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE 分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₁₅H₂₂N₆O₅S
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.68 Å³/Da / 溶媒含有率: 54.13 %
結晶化	温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 1.0M (NH4)2SO4, 0.1M HEPES pH 7.0, 0.5 % w/v polyethylene glycol 8000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97923 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2013年5月14日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2→32.62 Å / Num. obs: 18716 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 13.4 % / B_iso Wilson estimate: 38.9 Å² / R_merge(I) obs: 0.126 / Net I/σ(I): 14.2
反射シェル	冗長度: 13.7 % / R_merge(I) obs: 0.537 / Mean I/σ(I) obs: 4.4 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TR6

3tr6

解像度: 1.997→32.617 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 25.03 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2157	922	4.95 %	Random selection
R_work	0.1922	-	-	-
obs	0.1934	18619	98.2 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.997→32.617 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1444	0	27	84	1555

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.007	1489
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.975	2026
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.608	541
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.056	245
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	264

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.9971-2.1024	0.253	125	0.2359	2416	X-RAY DIFFRACTION	96
2.1024-2.2341	0.2829	125	0.2277	2472	X-RAY DIFFRACTION	98
2.2341-2.4065	0.3286	135	0.2331	2511	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4065-2.6486	0.2559	136	0.2143	2511	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6486-3.0317	0.2333	125	0.2138	2570	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0317-3.8186	0.2217	138	0.1917	2581	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8186-32.6213	0.1749	138	0.1686	2636	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.3916	0.6437	0.3193	1.3639	0.0555	1.9278	0.0094	-0.3444	0.0864	-0.0065	-0.0477	-0.0051	0.0725	0.1467	-0	0.3113	0.028	-0.0071	0.4864	-0.0476	0.3875	0.8938	14.5631	51.799
2	0.4956	0.346	0.3894	0.2732	0.2396	0.3268	-0.1718	-0.0093	0.1637	-0.1434	0.1335	0.2771	-0.1197	0.0098	-0	0.4441	0.0281	-0.0647	0.4319	-0.0488	0.5273	-0.4304	19.6025	39.0821
3	0.734	0.3498	0.4545	0.4353	-0.1449	0.7566	-0.2451	0.5138	0.2747	-0.4233	0.0284	-0.0678	-0.1897	0.1472	0	0.5144	-0.0005	-0.0058	0.5186	0.0003	0.5067	-0.6565	18.3462	34.2487

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 11 through 154 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 155 through 179 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 180 through 215 )

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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