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万見
- PDB-5x6l: Crystal structure of Notothenia coriiceps adenylate kinase variant -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x6l
タイトルCrystal structure of Notothenia coriiceps adenylate kinase variant
要素adenylate kinase
キーワードTRANSFERASE / phosphorylation
機能・相同性
機能・相同性情報


AMP metabolic process / ADP biosynthetic process / nucleoside triphosphate biosynthetic process / adenylate kinase / adenylate kinase activity / nucleoside-diphosphate kinase / nucleoside diphosphate kinase activity / ATP metabolic process / phosphorylation / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Adenylate kinase isoenzyme 1 / Adenylate kinase, isozyme 1/5 / Adenylate kinase / Adenylate kinase, conserved site / Adenylate kinase signature. / Adenylate kinase/UMP-CMP kinase / P-loop containing nucleotide triphosphate hydrolases / Rossmann fold / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Adenylate kinase isoenzyme 1
類似検索 - 構成要素
生物種Notothenia coriiceps (魚類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.862 Å
データ登録者Bae, E. / Moon, S. / Kim, J.
資金援助 韓国, 2件
組織認可番号国
Rural Development AdministrationPJ01111201 韓国
National Research Foundation of KoreaNRF-2016R1D1A1A09916821 韓国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: TBD
著者: Bae, E. / Moon, S. / Kim, J.
履歴
登録2017年2月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: adenylate kinase
B: adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,9475
ポリマ－43,0182
非ポリマー1,9293
水1,964109
1
A: adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,5213
ポリマ－21,5091
非ポリマー1,0122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1370 Å2
ΔGint-4 kcal/mol
Surface area9080 Å2
手法PISA
2
B: adenylate kinase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,4252
ポリマ－21,5091
非ポリマー9161
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1390 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area8970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.444, 105.444, 83.737
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

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要素

#1: タンパク質 adenylate kinase


分子量: 21508.861 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Notothenia coriiceps (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2R2JFU6*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-AP5 / BIS(ADENOSINE)-5'-PENTAPHOSPHATE / Ap5A


分子量: 916.367 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H29N10O22P5
#3: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細AUTHORS STATE THAT THE GENEBANK ACCESSION NUMBER IS XP_010788477.1 FOR THIS SAMPLE SEQUENCE.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.53 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 0.2M lithium sulfate, 0.1M acetate pH4.0, 45% PEG 400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.86→50 Å / Num. obs: 40301 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Net I/σ(I): 21.34
反射 シェル解像度: 1.86→1.93 Å / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.621 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X6K

5x6k


解像度: 1.862→47.156 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 18.25 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2063 2013 5.03 %RANDOM
Rwork0.1788 ---
obs0.1802 40055 99.95 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.862→47.156 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2872 0 119 109 3100
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073036
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.184100
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.4351200
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041454
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8619-1.90850.25851270.21282682X-RAY DIFFRACTION100
1.9085-1.96010.22131610.19922655X-RAY DIFFRACTION100
1.9601-2.01780.25411190.17722695X-RAY DIFFRACTION100
2.0178-2.08290.21511530.17672664X-RAY DIFFRACTION100
2.0829-2.15740.22091380.1742689X-RAY DIFFRACTION100
2.1574-2.24370.17851300.16782707X-RAY DIFFRACTION100
2.2437-2.34580.19641470.16742674X-RAY DIFFRACTION100
2.3458-2.46950.21241460.1722698X-RAY DIFFRACTION100
2.4695-2.62420.20951390.1762700X-RAY DIFFRACTION100
2.6242-2.82680.19451310.17912723X-RAY DIFFRACTION100
2.8268-3.11130.22731610.19512728X-RAY DIFFRACTION100
3.1113-3.56130.20351520.1842737X-RAY DIFFRACTION100
3.5613-4.48630.19121590.16712768X-RAY DIFFRACTION100
4.4863-47.17110.20541500.18232922X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.1767-0.6616-0.350.7296-0.01260.47150.10540.02240.0171-0.085-0.08810.0057-0.02990.0204-00.16740.00560.01060.19230.00830.167622.661942.2187-21.5665
21.6061-0.0525-0.12130.8823-0.17680.54860.05230.0403-0.0903-0.0283-0.0144-0.02070.041-0.04550.03750.1236-0.0011-0.00050.16870.02650.135-0.920828.6465-1.1862
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 8 through 193 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'B' and (resid 8 through 193 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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