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- PDB-5x6c: Crystal structure of SepRS-SepCysE from Methanocaldococcus jannaschii -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x6c
タイトルCrystal structure of SepRS-SepCysE from Methanocaldococcus jannaschii
要素
  • O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase
  • Uncharacterized protein MJ1481
キーワードRNA BINDING PROTEIN / O-phosphoseryl-tRNA synthetase / multiple domain protein / coiled-coil insertion
機能・相同性
機能・相同性情報


O-phospho-L-serine-tRNA ligase / phosphoserine-tRNA(Cys) ligase activity / phenylalanine-tRNA ligase activity / phenylalanyl-tRNA aminoacylation / tRNA binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Uncharacterised protein MJ1481, archaea / Uncharacterized protein conserved in archaea (DUF2100) / O-phosphoseryl-tRNA(Cys) ligase / O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase, C-terminal domain / O-phosphoseryl-tRNA synthetase C-terminal domain / Phenylalanyl-tRNA synthetase / tRNA synthetases class II core domain (F) / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL)
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Uncharacterized protein MJ1481 / O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.101 Å
データ登録者Chen, M. / Kato, K. / Yao, M.
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Structural basis for tRNA-dependent cysteine biosynthesis
著者: Chen, M. / Kato, K. / Kubo, Y. / Tanaka, Y. / Liu, Y. / Long, F. / Whitman, W.B. / Lill, P. / Gatsogiannis, C. / Raunser, S. / Shimizu, N. / Shinoda, A. / Nakamura, A. / Tanaka, I. / Yao, M.
履歴
登録2017年2月21日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase
B: O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase
E: Uncharacterized protein MJ1481
F: Uncharacterized protein MJ1481
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)179,6568
ポリマ－178,4494
非ポリマー1,2064
水1,964109
1
A: O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase
B: O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase
E: Uncharacterized protein MJ1481
F: Uncharacterized protein MJ1481
ヘテロ分子

A: O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase
B: O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase
E: Uncharacterized protein MJ1481
F: Uncharacterized protein MJ1481
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)359,31116
ポリマ－356,8998
非ポリマー2,4138
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation14_545-x,-y-1/2,z1
Buried area45500 Å2
ΔGint-283 kcal/mol
Surface area87930 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)279.821, 279.821, 279.821
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number199
Space group name H-MI213

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要素

#1: タンパク質 O-phosphoserine--tRNA(Cys) ligase / O-phosphoserine--tRNA ligase / Non-canonical O-phosphoseryl-tRNA(Cys) synthetase / O-phosphoseryl- ...O-phosphoserine--tRNA ligase / Non-canonical O-phosphoseryl-tRNA(Cys) synthetase / O-phosphoseryl-tRNA(Cys) synthetase / SepRS


分子量: 63889.977 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii DSM 2661 (メタン生成菌)
株: DSM 2661 / 遺伝子: MJ1660 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q59054*PLUS, O-phospho-L-serine-tRNA ligase
#2: タンパク質 Uncharacterized protein MJ1481


分子量: 25334.650 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-24 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Methanocaldococcus jannaschii (メタン生成菌)
株: ATCC 43067 / DSM 2661 / JAL-1 / JCM 10045 / NBRC 100440
遺伝子: MJ1481 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q58876
#3: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#4: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO4
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 109 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.12 Å3/Da / 溶媒含有率: 82.41 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸発脱水法 / pH: 7 / 詳細: 0.1M Tris-HCl pH7.0, 0.3M Ammonium sulfate, 36% MPD / PH範囲: 7.0-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.1→48 Å / Num. obs: 65670 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.6 % / Rmerge(I) obs: 0.13 / Net I/σ(I): 16.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2DU7

2du7


解像度: 3.101→47.989 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.66
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2092 3328 5.07 %
Rwork0.1847 --
obs0.186 65625 99.85 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.101→47.989 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9182 0 72 109 9363
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0149436
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.34612726
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d16.263662
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0631400
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.1011-3.14540.31951480.28522548X-RAY DIFFRACTION99
3.1454-3.19230.29041420.26732599X-RAY DIFFRACTION100
3.1923-3.24220.27631220.27562559X-RAY DIFFRACTION100
3.2422-3.29530.28771310.26452593X-RAY DIFFRACTION100
3.2953-3.35220.30591340.25922554X-RAY DIFFRACTION100
3.3522-3.41310.28841500.24672639X-RAY DIFFRACTION100
3.4131-3.47870.2691340.22542526X-RAY DIFFRACTION100
3.4787-3.54970.28461410.22322571X-RAY DIFFRACTION100
3.5497-3.62690.2741420.21222622X-RAY DIFFRACTION100
3.6269-3.71120.20921420.19622557X-RAY DIFFRACTION100
3.7112-3.8040.23591430.1842600X-RAY DIFFRACTION100
3.804-3.90680.18371440.18262563X-RAY DIFFRACTION100
3.9068-4.02170.20141300.16332603X-RAY DIFFRACTION100
4.0217-4.15140.18311390.15822589X-RAY DIFFRACTION100
4.1514-4.29970.17411410.1442587X-RAY DIFFRACTION100
4.2997-4.47170.16471410.14792593X-RAY DIFFRACTION100
4.4717-4.67510.16291320.13612598X-RAY DIFFRACTION100
4.6751-4.92130.16741490.14172610X-RAY DIFFRACTION100
4.9213-5.22930.18921340.16172597X-RAY DIFFRACTION100
5.2293-5.63250.19061310.17272625X-RAY DIFFRACTION100
5.6325-6.19830.21631410.19382612X-RAY DIFFRACTION100
6.1983-7.09270.24491350.20742625X-RAY DIFFRACTION100
7.0927-8.92670.15611240.15642673X-RAY DIFFRACTION100
8.9267-47.99460.18371580.18012654X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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