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万見
- PDB-5x5u: Crystal structure of alpha-ketoglutarate-semialdehyde dehydrogena... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x5u
タイトルCrystal structure of alpha-ketoglutarate-semialdehyde dehydrogenase (KGSADH) complexed with NAD
要素Alpha-ketoglutaric semialdehyde dehydrogenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / alpha-ketoglutarate semialdehyde dehydrogenase
機能・相同性
機能・相同性情報


2,5-dioxovalerate dehydrogenase / 2,5-dioxovalerate dehydrogenase (NADP+) activity / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) / L-arabinose catabolic process to 2-oxoglutarate / succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+) activity / NADP+ binding / NAD+ binding / protein tetramerization
類似検索 - 分子機能
Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 2 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde Dehydrogenase; Chain A, domain 1 / Aldehyde dehydrogenase domain / Aldehyde dehydrogenase family / Aldehyde dehydrogenase, N-terminal / Aldehyde dehydrogenase, C-terminal / Aldehyde/histidinol dehydrogenase / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / Alpha-ketoglutaric semialdehyde dehydrogenase 1
類似検索 - 構成要素
生物種Azospirillum brasilense (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Son, H.-F. / Kim, K.-J.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the production of 3-hydroxypropionic acid by aldehyde dehydrogenase from Azospirillum brasilense.
著者: Son, H.F. / Park, S. / Yoo, T.H. / Jung, G.Y. / Kim, K.J.
履歴
登録2017年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年5月13日Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Alpha-ketoglutaric semialdehyde dehydrogenase
B: Alpha-ketoglutaric semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)109,1335
ポリマ－107,7142
非ポリマー1,4193
水10,052558
1
A: Alpha-ketoglutaric semialdehyde dehydrogenase
B: Alpha-ketoglutaric semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子

A: Alpha-ketoglutaric semialdehyde dehydrogenase
B: Alpha-ketoglutaric semialdehyde dehydrogenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)218,26610
ポリマ－215,4284
非ポリマー2,8386
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation7_555y,x,-z+1/41
Buried area22130 Å2
ΔGint-85 kcal/mol
Surface area57280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)129.305, 129.305, 118.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number95
Space group name H-MP4322
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-851-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Alpha-ketoglutaric semialdehyde dehydrogenase / alphaKGSA dehydrogenase / 2 / 5-dioxovalerate dehydrogenase / 2-oxoglutarate semialdehyde ...alphaKGSA dehydrogenase / 2 / 5-dioxovalerate dehydrogenase / 2-oxoglutarate semialdehyde dehydrogenase / Succinate-semialdehyde dehydrogenase [NAD(+)] / SSDH


分子量: 53857.078 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Azospirillum brasilense (バクテリア)
遺伝子: araE / プラスミド: pProEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3)
参照: UniProt: Q1JUP4, 2,5-dioxovalerate dehydrogenase, succinate-semialdehyde dehydrogenase (NAD+)
#2: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 558 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 3350, Ammonium citrate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月23日
放射モノクロメーター: Double Crystal Monochromator / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→129.3 Å / Num. obs: 40594 / % possible obs: 95.2 % / 冗長度: 13.7 % / Net I/σ(I): 66.47
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
REFMAC5.8.0135精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
HKLデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2W8R

2w8r


解像度: 2.3→33.678 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.919 / SU B: 5.92 / SU ML: 0.144 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.346 / ESU R Free: 0.237
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2274 2186 5.1 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
obs0.165 40594 94.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 72.8 Å2 / Biso mean: 22.207 Å2 / Biso min: 9.02 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.06 Å2-0 Å2-0 Å2
2---0.06 Å20 Å2
3---0.13 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.3→33.678 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7096 0 94 558 7748
Biso mean--39.94 27.78 -
残基数----952
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0197351
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.027102
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.861.97810027
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.048316300
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.5085950
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.94923.425292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.623151118
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.9431556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1070.21145
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218378
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021632
LS精密化 シェル解像度: 2.299→2.358 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.363 168 -
Rwork0.228 2936 -
all-3104 -
obs--94.29 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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