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万見
- PDB-5x5p: Human serum transferrin bound to ruthenium NTA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x5p
タイトルHuman serum transferrin bound to ruthenium NTA
要素Serotransferrin
キーワードMETAL TRANSPORT / transferrin / ruthenium / NTA
機能・相同性
機能・相同性情報


iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / clathrin-coated pit / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade ...iron chaperone activity / Transferrin endocytosis and recycling / transferrin receptor binding / basal part of cell / positive regulation of cell motility / endocytic vesicle / positive regulation of bone resorption / clathrin-coated pit / positive regulation of phosphorylation / ERK1 and ERK2 cascade / ferric iron binding / osteoclast differentiation / basal plasma membrane / cellular response to iron ion / actin filament organization / Iron uptake and transport / Post-translational protein phosphorylation / clathrin-coated endocytic vesicle membrane / regulation of protein stability / ferrous iron binding / regulation of iron ion transport / HFE-transferrin receptor complex / recycling endosome / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / late endosome / Cargo recognition for clathrin-mediated endocytosis / Platelet degranulation / Clathrin-mediated endocytosis / iron ion transport / antibacterial humoral response / cytoplasmic vesicle / secretory granule lumen / intracellular iron ion homeostasis / vesicle / early endosome / blood microparticle / endosome membrane / apical plasma membrane / endoplasmic reticulum lumen / positive regulation of DNA-templated transcription / perinuclear region of cytoplasm / cell surface / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin ...Serotransferrin, mammalian / Transferrin-like domain signature 2. / Transferrin family, iron binding site / Transferrin-like domain signature 1. / Transferrin-like domain signature 3. / Transferrin-like domain / Transferrin / Transferrin / Transferrin-like domain profile. / Transferrin / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / MALONATE ION / NITRILOTRIACETIC ACID / RUTHENIUM ION / Serotransferrin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.7 Å
データ登録者Sun, H. / Wang, M.
資金援助 香港, 1件
組織認可番号国
Research Grants Council, HKSAR GOV.705310P 香港
引用ジャーナル: J.Inorg.Biochem. / 年: 2022
タイトル: Binding of ruthenium and osmium at non‐iron sites of transferrin accounts for their iron-independent cellular uptake.
著者: Wang, M. / Wang, H. / Xu, X. / Lai, T.P. / Zhou, Y. / Hao, Q. / Li, H. / Sun, H.
履歴
登録2017年2月17日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection / Derived calculations
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id
改定 2.12023年11月22日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Serotransferrin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)76,26610
ポリマ－75,2991
非ポリマー9679
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1080 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area28190 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)136.748, 158.395, 106.610
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

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要素

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タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Serotransferrin / Transferrin / Beta-1 metal-binding globulin / Siderophilin


分子量: 75298.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: Human serum transferrin from Sigma. (Cat.No. T2036) / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P02787

-
非ポリマー , 6種, 18分子

#2: 化合物 ChemComp-MLI / MALONATE ION / マロナ-ト


分子量: 102.046 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H2O4
#3: 化合物 ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物
ChemComp-RU / RUTHENIUM ION


分子量: 101.070 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ru
#5: 化合物 ChemComp-NTA / NITRILOTRIACETIC ACID / ニトリロ三酢酸


分子量: 191.139 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9NO6
#6: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 式: Na
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.83 Å3/Da / 溶媒含有率: 67.9 % / 解説: Half-moon like
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.6
詳細: PIPES-Na 100mM pH 6.6, disodium malonate 8mM, PEG 3350 18%, glycerol 17%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: nitrogen flow
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.14026 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年9月23日
放射モノクロメーター: Graphite filter / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.14026 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.7→50 Å / Num. obs: 32206 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.3 % / Rmerge(I) obs: 0.125 / Rpim(I) all: 0.044 / Rrim(I) all: 0.133 / Χ2: 0.974 / Net I/σ(I): 7 / Num. measured all: 298701
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique allCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.7-2.758.80.63615930.9050.2260.6760.939100
2.75-2.88.40.55115800.940.2010.5870.933100
2.8-2.858.70.47315910.9510.1690.5030.939100
2.85-2.919.20.41615970.9650.1440.4410.945100
2.91-2.979.70.36515890.9750.1230.3860.931100
2.97-3.049.70.3215920.9710.1080.3380.951100
3.04-3.129.70.28915840.9760.0980.3050.981100
3.12-3.29.60.23215850.9720.080.2460.971100
3.2-3.39.60.19116100.9850.0660.2020.959100
3.3-3.49.60.16716130.9850.0570.1770.976100
3.4-3.529.30.15415700.9890.0540.1630.98799.9
3.52-3.668.60.1316080.980.0480.1390.944100
3.66-3.8390.1216120.9880.0430.1280.969100
3.83-4.039.90.11316210.990.0390.120.973100
4.03-4.299.80.10416090.9910.0360.110.954100
4.29-4.629.70.09815980.990.0340.1040.922100
4.62-5.089.30.09416230.990.0330.10.878100
5.08-5.818.60.09316450.9910.0340.0990.844100
5.81-7.329.70.09316480.9910.0310.0980.887100
7.32-508.80.11717380.9840.0410.1241.581100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3QYT

3qyt


解像度: 2.7→49.255 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.943 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.912 / WRfactor Rfree: 0.2225 / WRfactor Rwork: 0.1738 / FOM work R set: 0.8594 / SU B: 16.783 / SU ML: 0.158 / SU R Cruickshank DPI: 0.2348 / SU Rfree: 0.244 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.244 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2189 1628 5.1 %RANDOM
Rwork0.1682 ---
obs0.1708 32206 99.6 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 164.47 Å2 / Biso mean: 48.231 Å2 / Biso min: 8.83 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.06 Å2-0 Å20 Å2
2---2.69 Å2-0 Å2
3---3.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.7→49.255 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4969 0 39 9 5017
Biso mean--59.99 34.27 -
残基数----649
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.0195125
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.024595
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2091.9636939
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.933310702
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.4195645
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg37.30724.529223
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.9815842
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.5641523
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0630.2744
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0215753
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021022
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.24535087
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded44.87954961
LS精密化 シェル解像度: 2.697→2.767 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.334 111 -
Rwork0.244 2158 -
all-2269 -
obs--96.35 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.76450.03130.16130.02020.00090.036-0.0425-0.0040.0107-0.0150.0319-0.0127-0.0053-0.00480.01060.1191-0.00660.0090.12170.00160.015515.585410.3086-13.1904
20.3044-0.1580.17371.1666-0.15460.10370.0029-0.0090.00680.0011-0.00220.04180.0111-0.0047-0.00060.0981-0.00180.00640.1124-0.00270.002513.912218.930318.4814
30.321-0.19650.11760.1221-0.07140.0437-0.00390.03290.00260.0006-0.0019-0.0031-0.00330.01840.00580.0981-0.0102-0.00560.1362-0.00720.01414.656216.6504-8.6703
40.7092-0.53680.0411.6735-0.45161.7460.1285-0.063-0.13810.0316-0.094-0.1257-0.070.1392-0.03440.123-0.065-0.02540.12680.02330.080339.564635.21850.7668
51.32210.4156-0.15650.8925-0.10710.02420.07410.00840.05290.0859-0.06080.0855-0.0039-0.0025-0.01330.104-0.0135-0.00210.12150.00410.010235.010156.2105-15.2237
60.03610.064-01.2078-0.52131.31390.0333-0.06310.01440.1925-0.05550.0012-0.22150.09460.02220.1131-0.04230.02710.1391-0.01540.014132.883541.68792.7915
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 92
2X-RAY DIFFRACTION2A93 - 246
3X-RAY DIFFRACTION3A247 - 331
4X-RAY DIFFRACTION4A339 - 425
5X-RAY DIFFRACTION5A426 - 577
6X-RAY DIFFRACTION6A581 - 679

+
万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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