PDB-5x4j: The crystal structure of Pyrococcus furiosus RecJ (Zn-soaking)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x4j

タイトル

The crystal structure of Pyrococcus furiosus RecJ (Zn-soaking)

要素

Uncharacterized protein

キーワード

HYDROLASE / Archaeal RecJ / CMG interaction domain / Nuclease activity / GINS / interaction

機能・相同性

機能・相同性情報

exonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Pyrococcus furiosus (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

単波長異常分散 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Li, M.J. / Yi, G.S. / Yu, F. / Zhou, H. / Chen, J.N. / Xu, C.Y. / Wang, F.P. / Xiao, X. / He, J.H. / Liu, X.P.

引用

ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of Pyrococcus furiosus RecJ implicates it as an ancestor of eukaryotic Cdc45.
著者: Li, M.J. / Yi, G.S. / Yu, F. / Zhou, H. / Chen, J.N. / Xu, C.Y. / Wang, F.P. / Xiao, X. / He, J.H. / Liu, X.P.

履歴

登録	2017年2月13日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年12月18日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x4j.cif.gz	202.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x4j.ent.gz	167.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x4j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x4j_validation.pdf.gz	425.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x4j_full_validation.pdf.gz	426.2 KB	表示
XML形式データ	5x4j_validation.xml.gz	21.2 KB	表示
CIF形式データ	5x4j_validation.cif.gz	31.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x4j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x4/5x4j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5x4hC 5x4iC 5x4kC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	5x4h-d 5x4i-d 2ima-2 2fa3-d 4q2r-2 5ftf-d 5x4k-d 5v8r-2 7c1u-d 6knr-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Uncharacterized protein

ヘテロ分子

56.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	58.614, 67.347, 60.511
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 112.54, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Uncharacterized protein / RecJ 分子量: 56379.930 Da / 分子数: 1 / 変異: D83A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF2055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZE0
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 341 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.08 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.92 % 解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8 詳細: 4.3% w/v PEG 2000 MME, 50 mM Bicine pH 8.8, 28.6% w/v PEG 600

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月5日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.03→50 Å / Num. obs: 45535 / % possible obs: 94.1 % / 冗長度: 7.3 % / Net I/σ(I): 24.8
反射シェル	解像度: 2.03→2.07 Å / 冗長度: 6.7 % / Mean I/σ(I) obs: 13.5 / % possible all: 85.4

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155)	精密化
HKL-2000		データ削減
SCALEPACK		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 2.04→39.89 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.49 / 位相誤差: 20.37
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2117	2223	4.88 %
R_work	0.177	-	-
obs	0.1787	45535	83.67 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.04→39.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3708	0	5	341	4054

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.002	3773
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.432	5085
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.127	2288
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.039	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.002	661

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.04-2.0844	0.2233	90	0.2025	1723	X-RAY DIFFRACTION	53
2.0844-2.1328	0.2461	88	0.1934	1947	X-RAY DIFFRACTION	60
2.1328-2.1862	0.2691	99	0.1872	2117	X-RAY DIFFRACTION	66
2.1862-2.2453	0.2121	88	0.1916	2339	X-RAY DIFFRACTION	70
2.2453-2.3113	0.2373	120	0.1854	2378	X-RAY DIFFRACTION	74
2.3113-2.3859	0.1962	148	0.1896	2685	X-RAY DIFFRACTION	83
2.3859-2.4712	0.2291	159	0.184	2860	X-RAY DIFFRACTION	89
2.4712-2.5701	0.2323	162	0.1858	2991	X-RAY DIFFRACTION	93
2.5701-2.6871	0.1995	139	0.182	3078	X-RAY DIFFRACTION	94
2.6871-2.8287	0.2289	180	0.1889	3071	X-RAY DIFFRACTION	96
2.8287-3.0059	0.2195	193	0.1847	3078	X-RAY DIFFRACTION	96
3.0059-3.2379	0.2205	181	0.1886	3086	X-RAY DIFFRACTION	96
3.2379-3.5635	0.2152	157	0.1664	3050	X-RAY DIFFRACTION	94
3.5635-4.0787	0.2266	144	0.1623	2998	X-RAY DIFFRACTION	92
4.0787-5.137	0.1577	124	0.153	2965	X-RAY DIFFRACTION	91
5.137-39.8972	0.1874	151	0.1782	2946	X-RAY DIFFRACTION	91

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.4748	-0.076	0.3146	1.4314	0.034	2.136	0.0058	-0.2972	-0.0232	0.2377	-0.0013	0.013	-0.0472	-0.1312	-0.014	0.1498	0.0008	-0.0131	0.1164	-0.0046	0.0949	44.0115	-3.9476	87.0482
2	1.9511	-0.8025	1.495	1.1504	-0.5389	3.0006	-0.2157	0.127	0.2688	0.0948	0.0389	-0.0443	-0.214	0.1334	0.1333	0.095	-0.0135	-0.0081	0.0783	-0.007	0.0991	47.4414	1.8115	72.5518
3	1.3012	-0.2502	1.2461	0.6329	-0.266	2.28	0.0151	0.2111	0.0459	-0.1075	-0.0229	0.0081	0.0109	0.1843	0.0098	0.1318	0.0097	0.034	0.117	0.0183	0.0961	37.5757	-1.241	52.0167
4	2.3094	-0.3254	-0.3938	0.724	0.3238	0.9425	-0.0572	0.1753	-0.2414	0.0625	0.0325	0.0418	0.1214	-0.0248	0.013	0.1426	-0.0039	0.0119	0.1111	-0.0006	0.1265	32.8736	-12.9982	65.8035
5	2.1157	-0.0371	-0.2025	2.7081	0.1659	1.3351	-0.1169	-0.258	-0.1262	0.326	0.0889	0.1369	0.0522	-0.046	0.0156	0.1401	0.0047	0.0581	0.1873	0.0153	0.14	20.7239	-7.0439	80.3653

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid -1 through 135 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 136 through 174 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 175 through 281 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 282 through 397 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 398 through 469 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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