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- PDB-5x4i: Pyrococcus furiosus RecJ (D83A, Mn-soaking) -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x4i
タイトルPyrococcus furiosus RecJ (D83A, Mn-soaking)
要素Uncharacterized protein
キーワードHYDROLASE / Archaeal RecJ / CMG interaction domain / Nuclease activity / GINS / interaction
機能・相同性
機能・相同性情報


exonuclease activity / nucleic acid binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
: / DHH-CID domain / DDH domain / DHH family / DHH phosphoesterase superfamily / DHHA1 domain / DHHA1 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Single-stranded-DNA-specific exonuclease RecJ
類似検索 - 構成要素
生物種Pyrococcus furiosus (古細菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.092 Å
データ登録者Li, M.J. / Yi, G.S. / Yu, F. / Zhou, H. / Chen, J.N. / Xu, C.Y. / Wang, F.P. / Xiao, X. / He, J.H. / Liu, X.P.
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2017
タイトル: The crystal structure of Pyrococcus furiosus RecJ implicates it as an ancestor of eukaryotic Cdc45.
著者: Li, M.J. / Yi, G.S. / Yu, F. / Zhou, H. / Chen, J.N. / Xu, C.Y. / Wang, F.P. / Xiao, X. / He, J.H. / Liu, X.P.
履歴
登録2017年2月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年12月18日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Advisory / Data collection ...Advisory / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Uncharacterized protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,4703
ポリマ－56,3801
非ポリマー902
水3,207178
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area270 Å2
ΔGint-15 kcal/mol
Surface area18970 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)58.576, 67.151, 60.274
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.39, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Uncharacterized protein / RecJ


分子量: 56379.930 Da / 分子数: 1 / 変異: D83A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pyrococcus furiosus (古細菌) / 株: ATCC 43587 / DSM 3638 / JCM 8422 / Vc1 / 遺伝子: PF2055 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TZE0
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 178 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.95 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.78 %
解説: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.8
詳細: 4.3% w/v PEG 2000 MME, 50 mM Bicine pH 8.8, 28.6% w/v PEG 600

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.092→50 Å / Num. obs: 37590 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.5 % / Net I/σ(I): 23.5
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3.1 % / Mean I/σ(I) obs: 10.2 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5X4J

5x4j


解像度: 2.092→49.357 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.27 / 位相誤差: 22.67
詳細: THE ENTRY CONTAINS FRIEDEL PAIRS IN F_PLUS/MINUS COLUMNS AND I_PLUS/MINUS COLUMNS
Rfactor反射数%反射
Rfree0.21 1786 4.75 %
Rwork0.1737 --
obs0.1754 37590 74.94 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.092→49.357 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3702 0 2 178 3882
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023767
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4735077
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.8862284
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042563
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002660
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0918-2.14840.3046580.23151039X-RAY DIFFRACTION28
2.1484-2.21160.2435770.22971600X-RAY DIFFRACTION44
2.2116-2.2830.2237880.22061912X-RAY DIFFRACTION52
2.283-2.36460.25771110.20892039X-RAY DIFFRACTION56
2.3646-2.45930.21451090.1962270X-RAY DIFFRACTION62
2.4593-2.57120.26141180.192571X-RAY DIFFRACTION70
2.5712-2.70670.22941970.18472921X-RAY DIFFRACTION80
2.7067-2.87630.2181500.18643335X-RAY DIFFRACTION90
2.8763-3.09830.25461520.18993500X-RAY DIFFRACTION95
3.0983-3.41010.21722100.18383591X-RAY DIFFRACTION98
3.4101-3.90330.18831820.15363665X-RAY DIFFRACTION100
3.9033-4.91710.16931920.14073658X-RAY DIFFRACTION100
4.9171-49.37050.20421420.17043703X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.1406-0.25410.39262.1551-0.26222.48210.0047-0.49230.00730.44310.0017-0.02220.0131-0.2945-0.03460.25570.0126-0.02320.2284-0.0330.160680.64980.9455141.7474
21.8057-0.24581.72760.8808-0.1043.128-0.00660.17010.0282-0.1776-0.0032-0.0397-0.0080.22970.02840.18650.02510.04060.14460.02540.158474.7913.7267110.6121
32.9075-0.5084-0.40311.32510.39080.6628-0.066-0.0495-0.23780.18950.06350.23750.1414-0.09060.01250.2060.0130.02530.18570.03310.196664.1684-6.3046126.5944
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 0 through 148 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 149 through 281 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 282 through 469 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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