PDB-5x3e: kinesin 6

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x3e

タイトル

kinesin 6

要素

Kinesin-like protein

キーワード

MOTOR PROTEIN / kinesin 6 / apo state / neck linker

機能・相同性

機能・相同性情報

pronuclear migration / regulation of actomyosin contractile ring contraction / meiotic spindle midzone assembly / polar body extrusion after meiotic divisions / mitotic spindle midzone assembly / mitotic spindle midzone / plus-end-directed microtubule motor activity / microtubule motor activity / kinesin complex / microtubule-based movement ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Caenorhabditis elegans (センチュウ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.61 Å

データ登録者

Chen, Z. / Guan, R. / Zhang, L.

資金援助

中国, 5件

組織	認可番号	国
Chinese Key Research Plan-Protein Sciences	2014CB910100	中国
National Natural Science Foundation of China	31630046,31270762	中国
Junior One Thousand Talents program		中国
National Science Foundation of China	31271423	中国
863 Program	SS2015AA020406	中国

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of Zen4 in the apo state reveals a missing conformation of kinesin
著者: Guan, R. / Zhang, L. / Su, Q.P. / Mickolajczyk, K.J. / Chen, G.Y. / Hancock, W.O. / Sun, Y. / Zhao, Y. / Chen, Z.

履歴

登録	2017年2月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年3月27日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb5x3e.ent.gz	263.9 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	5x3e_validation.pdf.gz	470.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x3e_full_validation.pdf.gz	484.6 KB	表示
XML形式データ	5x3e_validation.xml.gz	30.1 KB	表示
CIF形式データ	5x3e_validation.cif.gz	41.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/5x3e ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/5x3e	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	6xib-d 4qfu-1 2quk-d 3hbp-d 2a9b-d 6gl6-d 4p4u-d 4tq2-1 3wk1-1 2zz7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#64 - 2005年4月キネシン (Kinesin) 類似性 (8) #175 - 2014年7月微小管 (Microtubules) 類似性 (7) #18 - 2001年6月ミオシン (Myosin) 類似性 (1) #241 - 2020年1月 20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules) 類似性 (7) #174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Kinesin-like protein

B: Kinesin-like protein

ヘテロ分子

106 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Kinesin-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Kinesin-like protein

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
53 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	244.152, 244.152, 42.217
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	168
Space group name H-M	P6

#1: タンパク質	Kinesin-like protein 分子量: 50813.535 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 1-441 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Caenorhabditis elegans (センチュウ) 遺伝子: zen-4, CELE_M03D4.1, M03D4.1 発現宿主: Escherichia coli-Thermus thermophilus shuttle vector pTRH1T (その他) 参照: UniProt: G5EG83
#2: 化合物	... ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: SO₄
#3: 化合物	ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド分子量: 126.904 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 148 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 3.61 Å³/Da / 溶媒含有率: 65.89 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 1.5M (NH4)2SO4, 100mM MES, 200mM NaI, 4% dioxane, 10mM DTT, pH 6.5

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データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.987 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2015年2月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.61→31.845 Å / Num. obs: 44542 / % possible obs: 99.54 % / 冗長度: 5.2 % / Net I/σ(I): 13.3
反射シェル	解像度: 2.61→2.7 Å / Mean I/σ(I) obs: 1.05 / % possible all: 99.9

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

解像度: 2.61→31.845 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 27.63

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2397	1999	4.49 %
R_work	0.2092	-	-
obs	0.2107	44542	99.54 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.61→31.845 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	5803	0	197	148	6148

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	6047
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.736	8185
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	13.651	3627
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.048	920
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1029

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6097-2.675	0.3695	139	0.322	2970	X-RAY DIFFRACTION	99
2.675-2.7472	0.3518	141	0.3048	2989	X-RAY DIFFRACTION	99
2.7472-2.828	0.3273	142	0.2728	3027	X-RAY DIFFRACTION	100
2.828-2.9193	0.3184	140	0.2751	2986	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9193-3.0235	0.2707	143	0.2599	3041	X-RAY DIFFRACTION	99
3.0235-3.1445	0.2859	141	0.2441	2980	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1445-3.2874	0.2709	141	0.2209	3017	X-RAY DIFFRACTION	99
3.2874-3.4606	0.2503	142	0.2091	3011	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4606-3.6771	0.2533	142	0.2037	3016	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6771-3.9605	0.2151	143	0.1828	3040	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9605-4.3582	0.2027	145	0.171	3071	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3582-4.9867	0.1969	143	0.1648	3060	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9867-6.2749	0.2553	147	0.2136	3113	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2749-31.8478	0.1975	150	0.2066	3222	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	6.0487	3.7075	1.533	5.2588	2.6564	8.2879	0.3419	0.8006	-0.988	-0.817	-0.5094	1.0502	1.1226	-1.0011	0.2594	0.9752	-0.041	-0.1949	0.545	-0.1231	0.6668	-396.3967	5.102	-0.2462
2	2.5312	1.1483	1.4841	3.3988	1.2658	3.8158	0.1099	0.1928	-0.1986	-0.2249	-0.1236	0.2507	0.4248	-0.1519	-0.0157	0.5253	0.0853	-0.014	0.3075	-0.0002	0.3622	-383.8895	16.3048	6.4318
3	2.0791	0.4478	-6.9079	8.6821	-0.4687	5.6849	-0.463	-0.6974	-0.8282	0.6665	-0.3695	-1.0953	0.0579	1.0215	0.8169	0.7858	-0.1375	-0.2341	0.6525	0.1707	0.6579	-360.3463	30.9298	21.0362
4	2.7437	1.0985	-0.0557	5.3586	-1.2425	4.1876	0.1191	0.2515	-0.3167	-0.6695	-0.1652	-0.5337	0.7393	0.2579	0.0899	0.5434	0.0935	-0.0342	0.3333	-0.0355	0.3468	-375.7734	20.6543	10.7847
5	2.479	-3.8645	-2.9182	8.9108	1.7378	6.9872	-0.3457	-1.0098	0.2717	0.647	0.4491	-0.396	0.5843	0.2441	-0.1155	0.7756	0.0124	-0.0873	0.3989	-0.0673	0.3514	-376.3224	14.9994	28.0122
6	3.6996	1.0555	1.9906	2.1105	-2.2321	8.3067	0.103	0.4828	-0.4239	-0.5191	-0.041	-0.5212	0.5163	0.71	0.0345	0.5563	0.1015	0.0104	0.4969	-0.0707	0.3853	-369.0142	15.9337	12.6446
7	6.9458	-2.5774	-1.8291	0.9542	0.6628	0.4632	-0.0343	0.5899	-2.0396	-0.2369	0.1291	0.1336	2.0024	0.1552	-0.1393	1.3298	0.1543	-0.1095	0.7334	-0.0628	0.8306	-374.3833	-1.646	17.5522
8	1.6707	0.4759	0.5059	5.1394	-0.0303	1.0917	0.0337	-0.2028	0.227	0.7813	-0.0496	-0.1047	0.0777	0.0117	0.0323	0.6738	0.0741	-0.0314	0.3411	-0.0027	0.3869	-376.6187	31.8181	16.7985
9	8.1959	-0.7562	0.5236	5.0395	-1.3315	7.0419	0.1782	-0.5839	-0.7003	0.2096	0.0163	1.0315	0.5881	-0.5162	-0.1564	0.6246	-0.1808	0.0036	0.4102	0.0062	0.5386	-394.8404	10.4662	21.3917
10	4.0554	3.3324	0.7351	5.7595	2.7204	2.9664	-0.0823	0.0053	-0.9942	0.2406	0.1407	0.6494	1.8719	-0.8712	-0.0309	1.1725	-0.2128	-0.0104	0.6075	0.011	0.8839	-397.5691	1.2848	6.2965
11	2.779	-3.3982	-1.5765	5.8891	1.9246	3.8396	-0.0996	-1.2163	0.796	0.8949	-0.048	0.5021	-1.2345	-0.9013	0.05	1.4019	0.4087	0.0735	0.931	-0.2176	0.8302	-398.2514	-26.3549	25.5238
12	2.7663	-0.7445	-0.2801	4.9054	0.677	4.0026	-0.0592	-0.4724	0.4218	0.6196	0.1274	0.232	-0.8882	-0.3105	-0.0925	0.5444	0.0824	0.0475	0.4379	0.0072	0.3552	-389.4368	-43.9902	17.966
13	9.619	-2.4565	4.2881	7.2253	-1.6004	2.0583	0.1209	0.1477	1.0116	0.4863	-0.0929	-0.545	-0.6807	0.1377	0.0154	0.3294	0.0172	0.0212	0.3415	-0.0037	0.3807	-373.3338	-64.6821	2.1543
14	3.5141	0.4564	-0.7181	6.151	-1.253	4.3052	0.0028	-0.6088	0.1402	0.6593	-0.0672	-0.1989	-0.7927	0.2392	0.0639	0.4088	0.0198	-0.0397	0.3864	-0.0511	0.2812	-384.859	-49.0093	13.8132
15	7.0481	2.6044	3.3752	7.1987	0.5425	7.3928	0.2011	1.3306	-0.1764	-0.6102	0.1728	-0.3036	-0.4976	0.7185	-0.2478	0.7956	0.0696	0.1151	0.5053	-0.0644	0.353	-382.4751	-42.8645	-3.262
16	7.1746	7.3247	-1.9517	2.1763	0.2701	9.2635	-0.0163	-0.5436	0.736	0.3043	0.1142	-0.5416	-0.8024	0.6862	-0.061	0.4656	0.0236	-0.0892	0.4328	-0.1146	0.5663	-375.8647	-45.8439	11.6399
17	3.2428	0.3085	0.6521	0.0113	0.081	0.1148	-0.3077	-0.3311	0.8973	0.3711	-0.2592	-0.9489	-1.1857	0.2041	0.5758	1.231	0.0341	-0.2053	0.8011	-0.0563	1.2156	-376.5238	-28.3005	7.859
18	1.7716	-0.1953	0.0805	5.0393	-0.3385	2.7822	0.1219	-0.0014	-0.2485	-0.1546	-0.0635	0.1161	-0.1616	-0.2106	-0.093	0.2477	-0.0281	0.0289	0.2684	-0.0047	0.2701	-388.0546	-58.8867	7.4644
19	7.1458	1.3121	-0.7995	6.5106	-0.6036	5.79	-0.2795	0.3165	1.1217	-0.1918	0.3876	1.1486	-1.1963	-0.8058	-0.1254	0.8106	0.2642	-0.0821	0.4968	-0.0107	0.6982	-399.27	-33.9428	3.5312
20	3.1854	-3.6629	0.1305	7.2572	1.9668	4.6723	-0.3778	0.0396	1.2083	1.232	0.5616	0.4755	-2.2648	-0.2656	-0.0107	1.6355	0.2171	0.1509	0.6065	-0.0049	0.853	-398.335	-24.0872	18.872

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain A and resid 25:53)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain A and resid 54:162)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain A and resid 163:180)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain A and resid 181:220)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain A and resid 221:252)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resid 253:272)
7	X-RAY DIFFRACTION	7	(chain A and resid 273:287)
8	X-RAY DIFFRACTION	8	(chain A and resid 288:324)
9	X-RAY DIFFRACTION	9	(chain A and resid 325:397)
10	X-RAY DIFFRACTION	10	(chain A and resid 398:426)
11	X-RAY DIFFRACTION	11	(chain B and resid 26:56)
12	X-RAY DIFFRACTION	12	(chain B and resid 71:162)
13	X-RAY DIFFRACTION	13	(chain B and resid 163:178)
14	X-RAY DIFFRACTION	14	(chain B and resid 189:220)
15	X-RAY DIFFRACTION	15	(chain B and resid 221:252)
16	X-RAY DIFFRACTION	16	(chain B and resid 253:273)
17	X-RAY DIFFRACTION	17	(chain B and resid 274:287)
18	X-RAY DIFFRACTION	18	(chain B and resid 288:324)
19	X-RAY DIFFRACTION	19	(chain B and resid 325:397)
20	X-RAY DIFFRACTION	20	(chain B and resid 398:426)

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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