PDB-5x31: Pseudoazurin from Alcaligenes faecalis (space group P65)

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x31

タイトル

Pseudoazurin from Alcaligenes faecalis (space group P65)

要素

Pseudoazurin

キーワード

ELECTRON TRANSPORT / cupredoxin / pseudoazurin / copper / electron transfer

機能・相同性

機能・相同性情報

periplasmic space / electron transfer activity / copper ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Alcaligenes faecalis (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Fukuda, Y. / Mizohata, E. / Inoue, T.

資金援助

日本, 1件

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2017
タイトル: New molecular packing in a crystal of pseudoazurin from Alcaligenes faecalis: a double-helical arrangement of blue copper
著者: Fukuda, Y. / Mizohata, E. / Inoue, T.

履歴

登録	2017年2月3日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年4月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2020年2月26日	Group: Data collection / カテゴリ: diffrn_source / Item: _diffrn_source.pdbx_synchrotron_site
改定 1.2	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x31.cif.gz	61.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x31.ent.gz	44 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x31.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x31_validation.pdf.gz	436.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x31_full_validation.pdf.gz	439.1 KB	表示
XML形式データ	5x31_validation.xml.gz	11.5 KB	表示
CIF形式データ	5x31_validation.cif.gz	15.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/5x31 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x3/5x31	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1pazS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	8paz-d 4paz-d 7paz-d 6paz-d 5paz-d 6lyw-1 1paz-d 3paz-d 3nyk-d 2cyj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pseudoazurin

B: Pseudoazurin

ヘテロ分子

27.5 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Pseudoazurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Pseudoazurin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
13.7 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.686, 68.686, 94.160
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

#1: タンパク質	Pseudoazurin / Blue copper protein / Cupredoxin 分子量: 13672.863 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Alcaligenes faecalis (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P04377
#2: 化合物	ChemComp-CU / COPPER (II) ION 分子量: 63.546 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cu
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 32 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.34 Å³/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.2 M Sodium acetate trihydrate, 0.1 M Sodium cacodylate trihydrate pH 6.5, 32.5-37.5% Polyethylene glycol 8000, 1.5 micro L of protein solution and 1.5 micro L reservoir

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器	タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2016年12月11日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.5→50 Å / Num. obs: 8741 / % possible obs: 99.2 % / 冗長度: 3.7 % / B_iso Wilson estimate: 24.4 Å² / R_merge(I) obs: 0.123 / R_pim(I) all: 0.076 / R_rim(I) all: 0.145 / Χ²: 1.059 / Net I/σ(I): 13.4
反射シェル	解像度: 2.5→2.54 Å / 冗長度: 3.9 % / R_merge(I) obs: 0.24 / Mean I/σ(I) obs: 6.1 / Num. unique obs: 447 / CC_1/2: 0.953 / R_pim(I) all: 0.141 / R_rim(I) all: 0.279 / Χ²: 0.734 / % possible all: 99.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1PAZ

1paz

解像度: 2.6→36.92 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.89 / SU B: 0.005 / SU ML: 0 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.263 / ESU R Free: 0.324 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.23886	378	4.9 %	RANDOM
R_work	0.19421	-	-	-
obs	0.1964	7369	99.31 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 24.483 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	0 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.6→36.92 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1896	0	2	32	1930

LS精密化シェル

解像度: 2.6→2.667 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.279	35	-
R_work	0.245	534	-
obs	-	-	99.65 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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