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- PDB-5x2j: Crystal structure of a recombinant hybrid manganese superoxide di... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x2j
タイトルCrystal structure of a recombinant hybrid manganese superoxide dismutase from Staphylococcus equorum and Staphylococcus saprophyticus
要素manganese superoxide dismutase
キーワードOXIDOREDUCTASE / superoxide dismutase / hybrid protein / Staphylococcus equorum / Staphylococcus saprophyticus
機能・相同性
機能・相同性情報


superoxide dismutase / superoxide dismutase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal ...Iron/manganese superoxide dismutase, C-terminal domain / Fe,Mn superoxide dismutase (SOD) domain / minor pseudopilin epsh fold / 3-Layer(bab) Sandwich / Manganese/iron superoxide dismutase, binding site / Manganese and iron superoxide dismutases signature. / Manganese/iron superoxide dismutase / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal / Iron/manganese superoxide dismutases, alpha-hairpin domain / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal / Manganese/iron superoxide dismutase, C-terminal domain superfamily / Manganese/iron superoxide dismutase, N-terminal domain superfamily / Iron/manganese superoxide dismutases, C-terminal domain / Helix Hairpins / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
: / Superoxide dismutase
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus equorum (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.4 Å
データ登録者Retnoningrum, D.S. / Yoshida, H. / Arumsari, S. / Kamitori, S. / Ismaya, W.T.
資金援助Indonesia, 1件
組織認可番号国
Institut Teknologi BandungProgram riset dan inovasi ITB 2015Indonesia
引用
ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: The first crystal structure of manganese superoxide dismutase from the genus Staphylococcus
著者: Retnoningrum, D.S. / Yoshida, H. / Arumsari, S. / Kamitori, S. / Ismaya, W.T.
#1: ジャーナル: Protein J. / 年: 2016
タイトル: Unique Characteristics of Recombinant Hybrid Manganese Superoxide Dismutase from Staphylococcus equorum and S. saprophyticus.
著者: Retnoningrum, D.S. / Rahayu, A.P. / Mulyanti, D. / Dita, A. / Valerius, O. / Ismaya, W.T.
履歴
登録2017年1月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ref_seq_dif
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ref_seq_dif.details

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: manganese superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)22,7282
ポリマ－22,6731
非ポリマー551
水5,927329
1
A: manganese superoxide dismutase
ヘテロ分子

A: manganese superoxide dismutase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,4564
ポリマ－45,3462
非ポリマー1102
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation6_554-x,-x+y,-z-1/31
Buried area1770 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17590 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.362, 57.362, 105.762
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number154
Space group name H-MP3221
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-428-

HOH

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要素

#1: タンパク質 manganese superoxide dismutase / MnSOD


分子量: 22673.146 Da / 分子数: 1 / 変異: D13R / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Staphylococcus equorum/Staphylococcus saprophyticus (hybrid)
由来: (組換発現) Staphylococcus equorum (バクテリア)
遺伝子: AST02_02815 / プラスミド: pJExpress414 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1E5TT85
#2: 化合物 ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mn
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 329 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: Magnesium chloride, HEPES, PEG3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-5A / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年11月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.4→50 Å / Num. obs: 40473 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 9.6 % / Rmerge(I) obs: 0.072 / Rpim(I) all: 0.025 / Rrim(I) all: 0.076 / Χ2: 0.485 / Net I/av σ(I): 3.3 / Net I/σ(I): 4.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1 / % possible all: 100

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2
1.4-1.429.50.4780.9350.1620.5060.448
1.42-1.459.50.4120.9350.1390.4350.441
1.45-1.489.30.3650.9530.1250.3860.446
1.48-1.5190.3130.9640.110.3320.454
1.51-1.548.90.2610.9710.0920.2770.463
1.54-1.589.10.2430.9780.0840.2570.457
1.58-1.629.50.2320.980.0780.2450.463
1.62-1.669.90.1980.9860.0660.2090.459
1.66-1.719.90.1770.9870.0590.1870.471
1.71-1.769.90.1530.9910.0510.1610.472
1.76-1.839.80.1330.9930.0440.140.472
1.83-1.99.80.1150.9940.0380.1210.48
1.9-1.999.40.0950.9950.0320.10.467
1.99-2.098.80.0820.9960.0290.0870.482
2.09-2.229.40.0710.9970.0240.0750.481
2.22-2.3910.20.0680.9970.0220.0720.496
2.39-2.6310.30.0640.9980.0210.0670.496
2.63-3.02100.0570.9980.0190.060.521
3.02-3.89.10.0490.9980.0170.0520.564
3.8-509.60.0470.9980.0160.050.637

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.7.0029精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
HKLデータ削減
HKLデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2RCV

2rcv


解像度: 1.4→36.21 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.972 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / SU B: 2.142 / SU ML: 0.039 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.061 / ESU R Free: 0.059
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1853 2025 5 %RANDOM
Rwork0.1418 ---
obs0.144 38397 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 70.61 Å2 / Biso mean: 19.468 Å2 / Biso min: 5.17 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0 Å20 Å2-0 Å2
2--0 Å2-0 Å2
3----0.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.4→36.21 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1604 0 1 329 1934
Biso mean--8.61 30.73 -
残基数----199
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0190.0191648
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.021510
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7891.9232246
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.09633478
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.1025198
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.72725.74787
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.33915266
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg6.661154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.2239
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0120.0211902
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02390
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr5.93833158
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free35.007578
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded17.59253366
LS精密化 シェル解像度: 1.4→1.436 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.28 148 -
Rwork0.202 2794 -
all-2942 -
obs--100 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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