PDB-5x2i: Polygalacturonate Lyase by Fusing with a Self-assembling Amphipat...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5x2i

タイトル

Polygalacturonate Lyase by Fusing with a Self-assembling Amphipathic Peptide

要素

Pectate lyase

キーワード

LYASE / tag-fusion enzyme / protein stability / hydrophobic force

機能・相同性

機能・相同性情報

pectate lyase / pectate lyase activity / pectin catabolic process / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)

手法

X線回折 /

自由電子レーザー /

フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å

データ登録者

Zhao, W.X.

資金援助

中国, 1件

引用

ジャーナル: To be published
タイトル: Polygalacturonate Lyase by Fusing with a Self-assembling Amphipathic Peptide
著者: Zhao, W.X.

履歴

登録	2017年1月31日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5x2i.cif.gz	94.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5x2i.ent.gz	69.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5x2i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5x2i_validation.pdf.gz	425.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5x2i_full_validation.pdf.gz	427.7 KB	表示
XML形式データ	5x2i_validation.xml.gz	17.2 KB	表示
CIF形式データ	5x2i_validation.cif.gz	24.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x2i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/x2/5x2i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1bn8S S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	3krg-d 2o04-d 2o1d-d 2o17-d 2o0w-d 2bsp-d 2nzm-d 2a1m-1 1bn8-d 6g5q-2 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Pectate lyase

ヘテロ分子

43.5 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	41.094, 51.212, 51.296
Angle α, β, γ (deg.)	67.51, 74.93, 78.75
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質	Pectate lyase / Polygalacturonate Lyase / PL 分子量: 43445.191 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 22-420 / 由来タイプ: 組換発現詳細: AEAEAKAKAEAEAKAK was the Self-assembling Amphipathic PeptideWISPTPPTTPTPPTTPTPTPAMD was the linker peptide. 由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌) 株: 168 / 遺伝子: pel, BSU07560 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P39116, pectate lyase
#2: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 169 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.2 Å³/Da / 溶媒含有率: 44.19 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: batch mode / pH: 7.5 詳細: 0.2 M sodium bromide, 20 mM Glycine-NaOH, 20 % polyethylene glycol 3350, 7 mM calcium chloride, 20 % glycerol PH範囲: 7.2-7.8

-
データ収集

回折	平均測定温度: 293 K
放射光源	由来: 自由電子レーザー / サイト: SACLA / ビームライン: BL3 / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月26日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.86→28.427 Å / Num. obs: 18202 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.3 % / Net I/σ(I): 12.1

-
解析

ソフトウェア

名称: REFMAC / バージョン: 5.8.0135 / 分類: 精密化

精密化

構造決定の手法:

フーリエ合成
開始モデル: 1BN8

1bn8

解像度: 2.05→28.427 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.933 / SU B: 3.411 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.307 / ESU R Free: 0.187 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.19952	1051	5.5 %	RANDOM
R_work	0.17581	-	-	-
obs	0.17709	18202	83 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.746 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.62 Å²	0.39 Å²	0.31 Å²
2-	-	-0.26 Å²	-0.73 Å²
3-	-	-	1.19 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.05→28.427 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3066	0	2	169	3237

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.017	0.019	3137
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	2807
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.703	1.923	4261
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.954	3	6470
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.291	5	398
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.694	25.133	150
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.087	15	491
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	16.247	15	11
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.117	0.2	451
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	3705
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	756
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.961	2.246	1595
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.961	2.243	1594
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.677	3.355	1992
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.677	3.359	1993
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.661	2.424	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.659	2.424	1542
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.818	3.535	2269
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	5.268	18.401	3629
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	5.198	18.247	3593
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.052→2.105 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.182	40	-
R_work	0.186	705	-
obs	-	-	43.82 %

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)