[日本語] English
- PDB-5x0v: Reduced form of regulatory domain of OxyR2 from Vibrio vulnificus -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x0v
タイトルReduced form of regulatory domain of OxyR2 from Vibrio vulnificus
要素LysR family transcriptional regulator
キーワードDNA BINDING PROTEIN / LysR-type transcription regulator / LTTR / OxyR / H2O2
機能・相同性
機能・相同性情報


protein-DNA complex / DNA-binding transcription factor activity / DNA binding
類似検索 - 分子機能
LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / Periplasmic binding protein-like II / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRIC ACID / Hydrogen peroxide-inducible genes activator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Jo, I. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / : 2017
タイトル: The hydrogen peroxide hypersensitivity of OxyR2 in Vibrio vulnificus depends on conformational constraints
著者: Jo, I. / Kim, D. / Bang, Y.-J. / Ahn, J. / Choi, S.H. / Ha, N.-C.
履歴
登録2017年1月23日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月10日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: LysR family transcriptional regulator
B: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,5595
ポリマ-48,2962
非ポリマー2633
7,927440
1
A: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

A: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3674
ポリマ-48,2962
非ポリマー712
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3030 Å2
ΔGint-41 kcal/mol
Surface area18940 Å2
手法PISA
2
B: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子

B: LysR family transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,7516
ポリマ-48,2962
非ポリマー4554
362
タイプ名称対称操作
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation3_555-x,y,-z+1/21
Buried area3440 Å2
ΔGint-42 kcal/mol
Surface area19250 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.204, 138.348, 97.473
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number20
Space group name H-MC2221

-
要素

#1: タンパク質 LysR family transcriptional regulator / OxyR2


分子量: 24147.844 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 86-301 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / : MO6-24/O / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A087I947
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / : Cl
#3: 化合物 ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸


分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / : C6H8O7
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 440 / 由来タイプ: 天然 / : H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.45 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.8 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.2M ammonium citrate (pH 6.5), 14% (w/v) PEG 3350, 2mM TCEP (Tris(2-carboxyethyl)phosphine), 5mM DTT

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年12月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→50 Å / Num. obs: 62093 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 8 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rpim(I) all: 0.027 / Net I/σ(I): 18.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.63 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.343 / Mean I/σ(I) obs: 2.45 / Num. unique all: 2958 / Rpim(I) all: 0.164 / % possible all: 95.5

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.6→48.736 Å / SU ML: 0.14 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.53 / 位相誤差: 17.74
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1916 2869 5.16 %
Rwork0.1593 --
obs0.161 55578 88.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.6→48.736 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3306 0 15 440 3761
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0153459
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.314717
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.7922941
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.095562
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008620
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.5992-1.62680.2523630.20231130X-RAY DIFFRACTION39
1.6268-1.65640.2118730.21361451X-RAY DIFFRACTION49
1.6564-1.68820.2656950.20261696X-RAY DIFFRACTION58
1.6882-1.72270.2381170.20162019X-RAY DIFFRACTION69
1.7227-1.76010.22451170.19952376X-RAY DIFFRACTION79
1.7601-1.80110.23861390.1972618X-RAY DIFFRACTION88
1.8011-1.84610.21581340.19782802X-RAY DIFFRACTION95
1.8461-1.8960.23661550.1822853X-RAY DIFFRACTION97
1.896-1.95180.2151410.17962908X-RAY DIFFRACTION98
1.9518-2.01480.20591830.16082894X-RAY DIFFRACTION99
2.0148-2.08680.19791670.15532933X-RAY DIFFRACTION99
2.0868-2.17040.191630.14692952X-RAY DIFFRACTION99
2.1704-2.26920.1821590.14522965X-RAY DIFFRACTION99
2.2692-2.38880.19191550.14942953X-RAY DIFFRACTION99
2.3888-2.53850.20371710.1512946X-RAY DIFFRACTION99
2.5385-2.73450.22421460.15833020X-RAY DIFFRACTION100
2.7345-3.00960.1721630.15923003X-RAY DIFFRACTION100
3.0096-3.4450.18281530.15463022X-RAY DIFFRACTION100
3.445-4.33990.14462020.1383018X-RAY DIFFRACTION100
4.3399-48.75910.1861730.14693150X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL112)L122)L132)L222)L232)L332)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T112)T122)T132)T222)T232)T332)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.3814-1.62311.06520.7747-0.51210.33840.09540.538-0.0559-0.0691-0.1572-0.2850.06180.2847-0.00160.07160.0009-0.01460.1830.00250.186526.2746-6.44816.6062
21.03130.271-0.22520.9226-0.04051.0331-0.05250.0306-0.0436-0.11140.0191-0.03290.0039-0.0230.01850.0614-0.0083-0.00860.0491-0.00890.04846.1774-6.191513.2839
30.6354-0.58180.02810.6176-0.3831.53610.07740.3064-0.1172-0.1717-0.01630.2722-0.0505-0.40220.08750.1170.009-0.06380.23090.00360.1529-16.1168-4.922411.7358
40.45980.1557-0.13320.8022-0.01160.6963-0.11190.1894-0.0926-0.14010.032-0.02420.0763-0.08690.02820.0825-0.0171-0.01640.0821-0.01270.05790.1172-10.883112.0662
56.4101-2.2864-0.75470.81320.26830.0880.09920.6318-0.11260.0566-0.16190.29530.0301-0.22650.02130.1024-0.02250.01680.1733-0.03370.2391-27.3974-41.61417.6302
61.6125-0.1744-0.26031.74790.66771.39180.01350.03950.1668-0.1513-0.0360.1791-0.0757-0.09190.01890.0781-0.0183-0.01140.0552-0.01080.0891-12.7981-40.847918.2603
72.7751.52410.20771.91510.10190.6127-0.03670.2071-0.0551-0.21340.0251-0.02450.04580.05750.00730.12550.00290.00830.08250.00510.0612-2.2776-42.298810.5144
80.94840.1854-0.23420.0518-0.17921.57220.03970.3372-0.0207-0.3153-0.0283-0.24710.18460.24320.12420.19640.02480.11130.2047-0.00760.168414.2643-43.10529.648
90.61850.37630.23061.0046-0.11670.3411-0.0830.22830.1879-0.1730.02620.09050.01850.04680.02340.1184-0.00270.01360.10030.02340.0871-1.8384-37.104712.23
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 83 through 105 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 181 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 182 through 230 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 231 through 301 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 83 through 105 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 106 through 144 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 145 through 180 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 181 through 230 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 231 through 301 )

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月:コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか? / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例:em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る