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- PDB-5x0n: Regulatory domain of variant C227S AphB from Vibrio vulnificus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x0n
タイトルRegulatory domain of variant C227S AphB from Vibrio vulnificus
要素LysR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / AphB / LysR-type / transcriptional regulator
機能・相同性
機能・相同性情報


sequence-specific DNA binding / DNA-binding transcription factor activity / DNA-templated transcription
類似検索 - 分子機能
D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 - #290 / LysR, substrate-binding / LysR substrate binding domain / LysR-type HTH domain profile. / Transcription regulator HTH, LysR / Bacterial regulatory helix-turn-helix protein, lysR family / D-Maltodextrin-Binding Protein; domain 2 / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Transcriptional regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Vibrio vulnificus (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.993 Å
データ登録者Song, S. / Park, N. / Ha, N.-C.
引用ジャーナル: Mol. Cells / 年: 2017
タイトル: Crystal Structure of the Regulatory Domain of AphB from Vibrio vulnificus, a Virulence Gene Regulator
著者: Park, N. / Song, S. / Choi, G. / Jang, K.K. / Jo, I. / Choi, S.H. / Ha, N.-C.
履歴
登録2017年1月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年5月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: LysR family transcriptional regulator
B: LysR family transcriptional regulator
C: LysR family transcriptional regulator
D: LysR family transcriptional regulator
E: LysR family transcriptional regulator
F: LysR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)140,3216
ポリマ－140,3216
非ポリマー00
水00
1
A: LysR family transcriptional regulator
D: LysR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7742
ポリマ－46,7742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area17730 Å2
手法PISA
2
B: LysR family transcriptional regulator
C: LysR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7742
ポリマ－46,7742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2760 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area17560 Å2
手法PISA
3
E: LysR family transcriptional regulator
F: LysR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)46,7742
ポリマ－46,7742
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2860 Å2
ΔGint-11 kcal/mol
Surface area17350 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)230.282, 72.385, 112.211
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 118.71, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質
LysR family transcriptional regulator


分子量: 23386.916 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 88-291 / 変異: C227S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Vibrio vulnificus (バクテリア) / 遺伝子: JS86_04620 / プラスミド: pPROEX-HTa / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): C43 / 参照: UniProt: A0A087IWB4

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.9 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.63 %
結晶化温度: 287 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.25M Potassium thiocynate (pH 7), 16% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 5C (4A) / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.993→38.934 Å / Num. obs: 28983 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.169 / Net I/av σ(I): 7.19 / Net I/σ(I): 7.19
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.445 / Mean I/σ(I) obs: 2.14 / Num. unique all: 1459 / % possible all: 90.6

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
DENZOデータ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5FHK

5fhk


解像度: 2.993→38.934 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.52 / 位相誤差: 29.75
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2911 1478 5.1 %
Rwork0.2366 --
obs0.2394 28983 87.74 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.993→38.934 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9167 0 0 0 9167
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0039396
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.60412744
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.1266441
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0451440
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0041614
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.9929-3.08950.3849780.33281430X-RAY DIFFRACTION51
3.0895-3.19990.4166870.30411909X-RAY DIFFRACTION67
3.1999-3.32790.35241100.28852112X-RAY DIFFRACTION75
3.3279-3.47930.32921300.26682446X-RAY DIFFRACTION87
3.4793-3.66260.33751430.26442670X-RAY DIFFRACTION94
3.6626-3.89190.31541580.24892759X-RAY DIFFRACTION98
3.8919-4.19210.27561650.22062770X-RAY DIFFRACTION98
4.1921-4.61330.24721450.20782814X-RAY DIFFRACTION99
4.6133-5.27950.2191500.1952851X-RAY DIFFRACTION99
5.2795-6.64620.3061670.23692840X-RAY DIFFRACTION99
6.6462-38.93780.26961450.2192904X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.8224-0.3248-0.54032.49380.95081.81970.3627-0.1149-0.4751-0.1397-0.13370.0386-0.29750.02320.4710.33150.0258-0.02980.11480.10.3512-20.6089-25.4613-39.6559
23.2814-0.2348-0.65461.26261.51951.9876-0.2179-0.1217-0.6040.03450.03270.3140.473-0.04840.0070.3264-0.01540.01060.29160.06740.2225-25.7412-18.8665-45.7985
31.7019-0.00360.84161.3313-1.24652.1369-0.138-0.24330.21040.6728-0.25470.193-0.315-0.294-1.22740.35490.09030.14060.2909-0.03710.0973-23.4335-19.4039-34.4804
40.8643-1.0236-0.43622.88870.65421.89270.1517-0.3012-0.01810.97230.2729-0.07780.17190.11110.28420.6418-0.2285-0.1070.45870.05820.3265-32.2963-30.639-30.8724
54.4808-0.04320.27952.7843-1.14972.25350.02150.06890.1991-0.55670.0581-0.59340.55840.58620.13810.42060.05770.08560.2140.05470.2209-14.8319-48.6845-51.6079
61.66430.745-0.35861.2504-0.57940.83910.0227-0.0704-0.0287-0.0881-0.1654-0.33070.38240.28160.15010.35520.05750.03030.23730.05560.2223-15.0625-49.7817-41.4908
70.91510.82480.62450.78820.31971.8225-0.0440.14420.1134-0.4387-0.1752-0.232-0.25030.3181-0.65630.33060.10460.17440.37610.17150.1789-16.7293-42.1169-51.2672
81.3946-0.5143-0.75172.70060.02991.6844-0.1312-0.1509-0.1230.1639-0.30191.0363-0.0331-0.38280.18080.13110.10260.03640.3932-0.05070.2616-29.6956-35.026-37.3475
92.2140.15740.48981.608-0.58620.34790.1295-0.4467-0.07190.46260.36670.0792-0.51710.03090.27240.27030.07250.13040.1666-0.01480.368-33.5334-18.2961-39.7467
100.8893-0.2925-0.16111.59681.09421.81910.12610.1207-0.11160.0395-0.18120.0215-0.17370.079-0.45820.3697-0.00940.02910.50690.00850.1629-44.5364-51.8489-4.7807
112.942-0.73380.30681.4837-0.31431.7444-0.2661-0.21720.54290.43920.1994-0.2938-0.5308-0.0366-0.06490.32720.0082-0.01450.1803-0.00920.1382-44.5665-45.3826-2.6033
120.43850.5991-0.0971.69850.32040.92070.1484-0.2251-0.16750.2058-0.1077-0.2229-0.1091-0.4355-0.12820.19360.1024-0.05550.23920.0660.1639-45.1948-61.62690.1905
131.4857-0.0708-0.14552.3558-0.40421.1490.22310.1746-0.35330.0490.08760.19030.67810.19180.44180.40090.0048-0.14120.1512-0.19720.2176-47.9357-84.5023-13.5254
141.20770.7502-0.90031.3847-0.17091.5769-0.2058-0.02760.0652-0.23390.2058-0.0157-0.0344-0.156-0.06060.29330.09140.03510.20130.03350.1425-47.5554-72.5621-9.2281
150.8254-0.3237-0.11861.4175-0.35380.8994-0.0152-0.19130.06060.41750.14070.1964-0.3394-0.36470.17440.245-0.00480.20540.30010.05960.0611-46.5339-47.92857.1918
161.2394-0.8013-0.18811.15110.28051.426-0.0742-0.07130.05220.23240.12750.1408-0.1061-0.0980.08630.46680.14680.20810.2869-0.06380.0817-37.0188-61.8228-21.4253
172.09241.00760.64351.9472-0.26942.4708-0.16880.4623-0.7586-0.3490.0532-0.33360.87770.1888-0.48930.4350.09140.10680.1016-0.160.2074-39.0693-70.224-24.6569
180.686-1.3937-0.48072.87541.33453.58890.2871-0.23140.32340.7324-0.2924-0.5577-0.0680.5580.38170.4098-0.0992-0.00540.14730.04930.2911-27.1081-58.5381-21.3433
190.5823-0.1165-0.17931.0186-0.20910.8085-0.1391-0.04730.00430.05310.19620.2549-0.1141-0.01210.17380.39680.0122-0.00410.25470.3760.1367-27.9053-55.7881-31.7311
202.33140.2412-0.64312.02560.22421.4114-0.0889-0.20710.39670.33440.21090.5409-0.0635-0.09170.0150.38330.1690.0290.1828-0.0020.2676-52.7676-39.826-21.3927
214.46712.7067-2.43641.64-1.46251.51180.039-0.5419-0.0040.26750.38260.3-0.8329-0.1558-0.22010.42160.06640.16590.35650.04140.3563-52.7126-29.2411-20.9929
220.52380.5013-0.59122.9883-1.66552.27780.07550.23840.12850.7401-0.1593-0.5174-0.6785-0.0618-0.13470.26310.01790.00130.220.02330.2505-41.9822-34.4918-20.4085
232.3912-0.70680.73860.4306-0.21010.44420.44980.2138-0.38890.4092-0.23440.25330.4355-0.1772-0.07130.2925-0.07170.04520.3020.0370.2415-46.9751-46.5222-13.1697
240.4580.1723-0.27360.72780.53961.4809-0.33380.1277-0.71220.1217-0.22450.60780.326-0.771-0.18320.04610.03340.23260.2657-0.10730.3338-51.0524-46.5003-22.5208
252.1769-0.08050.6641.4024-0.34611.2290.11230.68470.2717-0.1238-0.2518-0.00420.17440.1029-0.13170.2540.0676-0.03330.191-0.06690.2517-49.0037-38.5915-27.8229
261.15890.1724-0.02760.7946-0.55511.0152-0.2256-0.0169-0.1429-0.2145-0.0424-0.18120.456-0.1021-0.71350.22680.11020.3740.2750.05350.157-32.7631-64.6886-32.7453
271.5723-1.136-0.60753.2457-2.34423.45250.0716-0.0980.02830.4889-0.1305-0.5718-0.47010.46050.49430.01390.0436-0.2290.37920.18370.7263-0.6154-36.6362-38.4483
280.8853-0.477-0.11770.607-0.06331.5782-0.0386-0.15530.13510.4465-0.1068-0.5393-0.26050.81740.21370.3726-0.1228-0.12360.501-0.01410.70825.7723-29.0855-32.3209
292.162-0.03520.07041.5818-1.56861.8975-0.11240.40570.0086-0.03530.0684-0.2616-0.22790.18760.16810.2756-0.0509-0.02720.32490.00570.2304-7.6133-12.7717-47.7359
300.4449-0.0255-0.04522.47370.56121.0097-0.12320.31570.00960.4661-0.0168-0.80990.05660.28510.63170.26350.0240.04230.4310.2490.53016.5179-29.0251-42.3947
311.75180.1443-0.48081.8603-0.57321.99350.0208-0.13090.03810.1195-0.1207-0.2293-0.0260.28310.0210.31960.0425-0.130.26120.04140.2842-35.9116-91.142217.4393
320.4822-0.08490.26951.948-0.30071.06170.0458-0.10910.11940.0784-0.1127-0.0377-0.387-0.1343-0.07780.23450.02790.01350.21310.06850.3193-40.9386-69.362321.0155
331.4711-0.8162-0.03611.8947-0.00212.6447-0.0062-0.2262-0.2690.21520.1484-0.00320.04890.0977-0.01640.3244-0.0376-0.07680.23720.04240.2483-39.5459-66.693626.792
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351.51350.1027-0.31882.22951.49163.1731-0.1232-0.09410.41270.2942-0.4724-0.2440.3707-0.1544-0.41730.470.0445-0.15890.4707-0.00680.4042-24.7164-77.5233.1756
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370.33960.5412-0.62291.35-0.34051.9682-0.17050.08730.14940.2541-0.597-0.72090.16530.3013-0.4050.50050.0119-0.30820.41640.01510.5699-13.439-79.587534.6515
381.1124-1.513-0.13552.4266-0.52341.3892-0.106-0.3363-0.7226-0.0550.12820.11640.09710.1217-0.61090.4371-0.047-0.21470.36030.28120.3762-34.9647-101.877538.5416
390.4841-0.22590.73410.784-0.84051.5296-0.3029-0.10830.0494-0.24750.0285-0.33310.46740.48760.00060.40630.1153-0.10840.49410.09940.2869-27.3426-104.794332.1216
403.9958-0.74610.40830.5711-0.40491.619-0.21420.22151.16860.0340.1212-0.1571-0.6422-0.12510.23910.32960.0817-0.07110.36610.01390.2266-35.0294-93.267433.4749
412.53830.51490.22662.1011-1.47712.81420.0132-0.85990.40490.5411-0.2206-0.1411-0.0351-0.1466-0.00180.39880.1693-0.14530.4192-0.22420.4656-32.8125-100.383842.3297
420.16-0.1851-0.44081.98210.07621.3893-0.0157-0.5011-0.01010.3850.1106-1.1548-0.54160.190.18950.54950.0512-0.23850.3206-0.07670.5915-15.3086-74.251440.4597
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 92 through 105 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 106 through 116 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 117 through 144 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 145 through 160 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 161 through 173 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 174 through 227 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 228 through 253 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 254 through 276 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 277 through 288 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 91 through 106 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 107 through 137 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 138 through 171 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 172 through 188 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 189 through 261 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 262 through 288 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 90 through 105 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 106 through 126 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 127 through 144 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 145 through 160 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'C' and (resid 161 through 171 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'C' and (resid 172 through 181 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'C' and (resid 182 through 214 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'C' and (resid 215 through 229 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'C' and (resid 230 through 247 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'C' and (resid 248 through 261 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'C' and (resid 262 through 290 )
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'D' and (resid 90 through 137 )
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'D' and (resid 138 through 152 )
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'D' and (resid 153 through 247 )
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'D' and (resid 248 through 288 )
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'E' and (resid 90 through 140 )
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'E' and (resid 141 through 185 )
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'E' and (resid 186 through 261 )
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'E' and (resid 262 through 290 )
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 91 through 106 )
36X-RAY DIFFRACTION36chain 'F' and (resid 107 through 127 )
37X-RAY DIFFRACTION37chain 'F' and (resid 128 through 156 )
38X-RAY DIFFRACTION38chain 'F' and (resid 157 through 179 )
39X-RAY DIFFRACTION39chain 'F' and (resid 180 through 214 )
40X-RAY DIFFRACTION40chain 'F' and (resid 215 through 245 )
41X-RAY DIFFRACTION41chain 'F' and (resid 246 through 260 )
42X-RAY DIFFRACTION42chain 'F' and (resid 261 through 288 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る