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万見
- PDB-5x04: 12:0-ACP thioesterase from Umbellularia californica -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5x04
タイトル12:0-ACP thioesterase from Umbellularia californica
要素Dodecanoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase, chloroplastic
キーワードHYDROLASE / hot-dog fold / thioesterase / Lauroyl-acyl carrier protein thioesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


dodecanoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / fatty acyl-[ACP] hydrolase activity / acyl carrier activity / chloroplast
類似検索 - 分子機能
Acyl-ACP-thioesterase, N-terminal / Acyl-ATP thioesterase / Acyl-ACP thioesterase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase FATA/B / : / Acyl-ACP thioesterase N-terminal domain / Acyl-ACP thioesterase C-terminal domain / HotDog domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Dodecanoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase, chloroplastic
類似検索 - 構成要素
生物種Umbellularia californica (植物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.43 Å
データ登録者Xue, S. / Feng, Y.
引用ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural Insight into Acyl-ACP Thioesterase toward Substrate Specificity Design.
著者: Feng, Y. / Wang, Y. / Liu, J. / Liu, Y. / Cao, X. / Xue, S.
履歴
登録2017年1月19日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年10月25日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dodecanoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase, chloroplastic
B: Dodecanoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase, chloroplastic


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,6172
ポリマ－62,6172
非ポリマー00
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3020 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area24170 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)62.598, 69.874, 148.928
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Dodecanoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase, chloroplastic / 12:0-acyl-carrier protein thioesterase / 12:0-ACP thioesterase / Acyl-[acyl-carrier-protein] ...12:0-acyl-carrier protein thioesterase / 12:0-ACP thioesterase / Acyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase / BTE / Lauroyl-acyl carrier protein thioesterase / UcFatB1


分子量: 31308.281 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 97-365 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Umbellularia californica (植物) / 遺伝子: FATB1, FATB / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q41635, dodecanoyl-[acyl-carrier-protein] hydrolase
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.71 %
結晶化温度: 300 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 25% PEG 3350, 0.2 M (NH4)2SO4, 0.1 M Tris-HCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL19U1 / 波長: 0.97776 Å
検出器タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2015年9月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97776 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.43→50 Å / Num. obs: 25401 / % possible obs: 99.78 % / 冗長度: 11.9 % / Rmerge(I) obs: 0.1244 / Net I/σ(I): 12.6
反射 シェル解像度: 2.43→2.51 Å / 冗長度: 12.4 % / Rmerge(I) obs: 0.4741 / Num. unique obs: 2457 / % possible all: 98.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX1.9_1692位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4gak

4gak


解像度: 2.43→46.624 Å / SU ML: 0.35 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 29.13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2681 2000 7.88 %
Rwork0.2198 --
obs0.2236 25392 99.75 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.43→46.624 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4253 0 0 115 4368
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044334
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0315866
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d12.4311593
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.035658
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.003758
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.4257-2.48640.39961370.3081598X-RAY DIFFRACTION98
2.4864-2.55360.34351390.27711628X-RAY DIFFRACTION100
2.5536-2.62880.33551410.26281655X-RAY DIFFRACTION100
2.6288-2.71360.27131410.26181647X-RAY DIFFRACTION100
2.7136-2.81060.3061420.27151655X-RAY DIFFRACTION100
2.8106-2.92310.35411410.26391659X-RAY DIFFRACTION100
2.9231-3.05610.28171410.26351647X-RAY DIFFRACTION100
3.0561-3.21720.31551420.2621658X-RAY DIFFRACTION100
3.2172-3.41870.28271420.24261667X-RAY DIFFRACTION100
3.4187-3.68260.26611450.22441698X-RAY DIFFRACTION100
3.6826-4.0530.28351430.21471665X-RAY DIFFRACTION100
4.053-4.6390.21440.1751698X-RAY DIFFRACTION100
4.639-5.84280.21861480.18641716X-RAY DIFFRACTION100
5.8428-46.6330.25791540.18441801X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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