- PDB-5wzr: Alpha-N-acetylgalactosaminidase NagBb from Bifidobacterium bifidu... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5wzr
タイトル
Alpha-N-acetylgalactosaminidase NagBb from Bifidobacterium bifidum - Gal-NHAc-DNJ complex
要素
Alpha-N-acetylgalactosaminidase
キーワード
HYDROLASE / Glycoside Hydrolase
機能・相同性
Protein of unknown function DUF5696 / Family of unknown function (DUF5696) / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / metabolic process / metal ion binding / Chem-DJN / Alpha-N-acetylgalactosaminidase
モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 2.79→103.95 Å / Num. obs: 37110 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.3 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 19.6
反射 シェル
解像度: 2.79→2.85 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.518 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / CC1/2: 0.979 / % possible all: 100
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0049
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
PHENIX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.79→103.95 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.936 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.864 / SU B: 24.947 / SU ML: 0.459 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.476 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS