- PDB-5wzq: Alpha-N-acetylgalactosaminidase NagBb from Bifidobacterium bifidu... -
+
データを開く
IDまたはキーワード:
読み込み中...
-
基本情報
登録情報
データベース: PDB / ID: 5wzq
タイトル
Alpha-N-acetylgalactosaminidase NagBb from Bifidobacterium bifidum - quadruple mutant
要素
Alpha-N-acetylgalactosaminidase
キーワード
HYDROLASE / Glycoside Hydrolase
機能・相同性
Protein of unknown function DUF5696 / Family of unknown function (DUF5696) / Endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase / endo-alpha-N-acetylgalactosaminidase activity / 加水分解酵素; 糖加水分解酵素; 配糖体結合加水分解酵素または糖加水分解酵素 / metabolic process / metal ion binding / Alpha-N-acetylgalactosaminidase
モノクロメーター: Cryo-cooled channel-cut Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長
波長: 1.1 Å / 相対比: 1
反射
解像度: 1.9→103.51 Å / Num. obs: 77231 / % possible obs: 68.7 % / 冗長度: 2.6 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Net I/σ(I): 13.7
反射 シェル
解像度: 1.9→1.93 Å / Rmerge(I) obs: 0.439 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / % possible all: 85.4
-
解析
ソフトウェア
名称
バージョン
分類
REFMAC
5.8.0158
精密化
HKL-2000
データ削減
HKL-2000
データスケーリング
PHENIX
位相決定
精密化
構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→103.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.187 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor
反射数
%反射
Selection details
Rfree
0.22488
3847
5 %
RANDOM
Rwork
0.17172
-
-
-
obs
0.1744
73352
68.63 %
-
溶媒の処理
イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK