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- PDB-5wym: Crystal structure of an anti-connexin26 scFv -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wym
タイトルCrystal structure of an anti-connexin26 scFv
要素anti-connexin26 scFv,Ig heavy chain,Linker,anti-connexin26 scFv,Ig light chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / antibody / scFv / connexin26
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.65 Å
データ登録者Li, S. / Xu, L.
引用ジャーナル: Front Mol Neurosci / 年: 2017
タイトル: Design and Characterization of a Human Monoclonal Antibody that Modulates Mutant Connexin 26 Hemichannels Implicated in Deafness and Skin Disorders
著者: Xu, L. / Carrer, A. / Zonta, F. / Qu, Z. / Ma, P. / Li, S. / Ceriani, F. / Buratto, D. / Crispino, G. / Zorzi, V. / Ziraldo, G. / Bruno, F. / Nardin, C. / Peres, C. / Mazzarda, F. / ...著者: Xu, L. / Carrer, A. / Zonta, F. / Qu, Z. / Ma, P. / Li, S. / Ceriani, F. / Buratto, D. / Crispino, G. / Zorzi, V. / Ziraldo, G. / Bruno, F. / Nardin, C. / Peres, C. / Mazzarda, F. / Salvatore, A.M. / Raspa, M. / Scavizzi, F. / Chu, Y. / Xie, S. / Yang, X. / Liao, J. / Liu, X. / Wang, W. / Wang, S. / Yang, G. / Lerner, R.A. / Mammano, F.
履歴
登録2017年1月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: anti-connexin26 scFv,Ig heavy chain,Linker,anti-connexin26 scFv,Ig light chain
C: anti-connexin26 scFv,Ig heavy chain,Linker,anti-connexin26 scFv,Ig light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9292
ポリマ－50,9292
非ポリマー00
水1,00956
1
A: anti-connexin26 scFv,Ig heavy chain,Linker,anti-connexin26 scFv,Ig light chain

A: anti-connexin26 scFv,Ig heavy chain,Linker,anti-connexin26 scFv,Ig light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9292
ポリマ－50,9292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_555-y,-x,-z1
Buried area3400 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20940 Å2
手法PISA
2
C: anti-connexin26 scFv,Ig heavy chain,Linker,anti-connexin26 scFv,Ig light chain

C: anti-connexin26 scFv,Ig heavy chain,Linker,anti-connexin26 scFv,Ig light chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,9292
ポリマ－50,9292
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation8_556-y,-x,-z+11
Buried area3700 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area20500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)119.489, 119.489, 94.106
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number90
Space group name H-MP4212

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要素

#1: 抗体 anti-connexin26 scFv,Ig heavy chain,Linker,anti-connexin26 scFv,Ig light chain


分子量: 25464.338 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト), (組換発現) synthetic construct (人工物)
発現宿主: Mammalian expression vector pCMV-Script (その他)
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 56 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 62.7 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5 / 詳細: 0.1 M HEPES, 3 M NaCl

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.987 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年3月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.987 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.65→50.01 Å / Num. obs: 19583 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 6.6 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Rpim(I) all: 0.038 / Rrim(I) all: 0.108 / Χ2: 0.649 / Net I/σ(I): 5.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.65-2.740.3670.0010.210.4290.44592.4
2.7-2.744.10.3140.6170.1580.3540.3691.2
2.74-2.840.2940.7180.1470.3310.37292
2.8-2.854.40.2630.9110.1230.2920.40390.4
2.85-2.924.80.2690.8420.1210.2970.39793.4
2.92-2.985.30.240.9090.1030.2630.40695.1
2.98-3.065.50.2250.9480.0960.2460.45895.2
3.06-3.145.90.2190.390.090.2380.50596.5
3.14-3.236.20.180.9750.0710.1940.49596.5
3.23-3.346.80.1460.990.0550.1560.53797.1
3.34-3.467.20.150.9870.0540.160.6297.3
3.46-3.670.1070.9930.0390.1140.65696.9
3.6-3.767.10.1040.9940.0380.1110.67896.8
3.76-3.968.10.0970.9950.0330.1030.68798.3
3.96-4.218.50.0810.9970.0270.0850.69898.9
4.21-4.538.80.070.9970.0230.0740.76599
4.53-4.998.60.0650.9980.0220.0690.73198.8
4.99-5.717.70.0650.9970.0230.0690.69298.3
5.71-7.198.60.0730.9960.0250.0780.68399

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データスケーリング
REFMAC5.8.0155精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
HKL-2000データ収集
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2GHW

2ghw


解像度: 2.65→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.908 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.879 / SU B: 15.227 / SU ML: 0.297 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.583 / ESU R Free: 0.315 / 詳細: U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2632 947 4.8 %RANDOM
Rwork0.2356 ---
obs0.237 18623 96.01 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 83.98 Å2 / Biso mean: 40.757 Å2 / Biso min: 2.75 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--1.94 Å20 Å20 Å2
2---1.94 Å20 Å2
3---3.87 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.65→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3514 0 0 56 3570
Biso mean---21.52 -
残基数----457
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.023600
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1161.9434877
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.1345453
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.61222.338154
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.84515566
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4541530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0740.2518
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.0212758
LS精密化 シェル解像度: 2.65→2.719 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.413 63 -
Rwork0.357 1286 -
all-1349 -
obs--91.15 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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