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- PDB-5wyd: Structural of Pseudomonas aeruginosa DspI -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wyd
タイトルStructural of Pseudomonas aeruginosa DspI
要素Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
キーワードISOMERASE / Crotonase / enoyl-coenzyme A (CoA) hydratase/isomeras / Diffusible Signal Factor synthesis
機能・相同性
機能・相同性情報


fatty acid beta-oxidation / catalytic activity
類似検索 - 分子機能
Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily ...Lyase 2-enoyl-coa Hydratase, Chain A, domain 2 / Lyase 2-enoyl-coa Hydratase; Chain A, domain 2 / Enoyl-CoA hydratase, C-terminal / Enoyl-CoA hydratase/isomerase, conserved site / Enoyl-CoA hydratase/isomerase signature. / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / Enoyl-CoA hydratase/isomerase / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / 2-enoyl-CoA Hydratase; Chain A, domain 1 / ClpP/crotonase-like domain superfamily / Alpha-Beta Complex / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ISOPROPYL ALCOHOL / PENTANEDIAL / Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.101 Å
データ登録者Liu, L. / Peng, C. / Li, T. / Li, C. / He, L. / Song, Y. / Zhu, Y. / Shen, Y. / Bao, R.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Structural and functional studies on Pseudomonas aeruginosa DspI: implications for its role in DSF biosynthesis.
著者: Liu, L. / Li, T. / Cheng, X.J. / Peng, C.T. / Li, C.C. / He, L.H. / Ju, S.M. / Wang, N.Y. / Ye, T.H. / Lian, M. / Xiao, Q.J. / Song, Y.J. / Zhu, Y.B. / Yu, L.T. / Wang, Z.L. / Bao, R.
履歴
登録2017年1月12日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月7日Group: Database references / カテゴリ: citation_author
改定 1.22019年8月14日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
C: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
D: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
E: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
F: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,05518
ポリマ－186,0976
非ポリマー95712
水3,477193
1
A: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
B: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
C: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
D: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子

F: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子

E: Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)187,05518
ポリマ－186,0976
非ポリマー95712
水1086
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation1_665x+1,y+1,z1
crystal symmetry operation1_655x+1,y,z1
Buried area30520 Å2
ΔGint-161 kcal/mol
Surface area53670 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)83.309, 83.309, 207.547
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number144
Space group name H-MP31

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要素

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タンパク質 , 1種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質
Probable enoyl-CoA hydratase/isomerase


分子量: 31016.240 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa PAO1 (緑膿菌)
株: PAO1 / 遺伝子: PA0745 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q9I5I4

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非ポリマー , 5種, 205分子

#2: 化合物 ChemComp-PTD / PENTANEDIAL / グルタルアルデヒド


分子量: 100.116 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H8O2
#3: 化合物
ChemComp-IPA / ISOPROPYL ALCOHOL / 2-PROPANOL / 2-プロパノ-ル


分子量: 60.095 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O / コメント: alkaloid*YM
#4: 化合物 ChemComp-MPD / (4S)-2-METHYL-2,4-PENTANEDIOL / (S)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 193 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.95 %
結晶化温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.5M (NH4)2SO4, 0.1M CH3COONa pH 4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97022 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97022 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.1→40 Å / Num. obs: 90344 / % possible obs: 96.2 % / 冗長度: 5 % / Rsym value: 0.074 / Net I/σ(I): 15.44
反射 シェル解像度: 2.1→2.14 Å / 冗長度: 3 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. unique obs: 4323 / Rsym value: 0.466 / % possible all: 92.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1-2155_1692: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WYC

5wyc
PDB 未公開エントリ


解像度: 2.101→38.657 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.03 / 位相誤差: 28.86
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2762 4622 5.12 %
Rwork0.2271 --
obs0.2303 90298 96.21 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.101→38.657 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数12120 0 64 193 12377
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01212406
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.37516771
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d24.7554597
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0671833
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0122235
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.1023-2.13850.39472280.3254095X-RAY DIFFRACTION87
2.1385-2.17740.33392220.314113X-RAY DIFFRACTION88
2.1774-2.21920.34092090.29744133X-RAY DIFFRACTION88
2.2192-2.26450.31992340.29714188X-RAY DIFFRACTION89
2.2645-2.31370.33251850.28554176X-RAY DIFFRACTION88
2.3137-2.36750.32632140.28074165X-RAY DIFFRACTION90
2.3675-2.42660.30321930.26384226X-RAY DIFFRACTION91
2.4266-2.49220.31931820.27244188X-RAY DIFFRACTION90
2.4922-2.56540.30632270.2654296X-RAY DIFFRACTION90
2.5654-2.64810.29731660.27884276X-RAY DIFFRACTION92
2.6481-2.74270.35672520.27824262X-RAY DIFFRACTION91
2.7427-2.85230.31122570.25944318X-RAY DIFFRACTION92
2.8523-2.98190.29972140.27164401X-RAY DIFFRACTION93
2.9819-3.13880.3082640.25344298X-RAY DIFFRACTION93
3.1388-3.3350.29982430.23984437X-RAY DIFFRACTION94
3.335-3.59180.25162500.22154370X-RAY DIFFRACTION94
3.5918-3.95190.24242440.20044455X-RAY DIFFRACTION95
3.9519-4.52060.26121800.17824497X-RAY DIFFRACTION96
4.5206-5.68360.26932420.19274418X-RAY DIFFRACTION95
5.6836-24.41460.21312710.17474436X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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