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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wy9 | ||||||
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タイトル | Apo form crystal structure of human Lipocalin PGDS . | ||||||
![]() | Prostaglandin-H2 D-isomerase | ||||||
![]() | CHAPERONE / Beta barrel / Synthetase | ||||||
機能・相同性 | ![]() prostaglandin-D synthase / Transcriptional regulation of testis differentiation / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / cyclooxygenase pathway / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation ...prostaglandin-D synthase / Transcriptional regulation of testis differentiation / prostaglandin-D synthase activity / negative regulation of male germ cell proliferation / regulation of circadian sleep/wake cycle, sleep / Synthesis of Prostaglandins (PG) and Thromboxanes (TX) / cyclooxygenase pathway / retinoid binding / prostaglandin biosynthetic process / mast cell degranulation / rough endoplasmic reticulum / response to glucocorticoid / fatty acid binding / gene expression / nuclear membrane / endoplasmic reticulum membrane / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Saif, M. / Pervushin, K. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: To be published 著者: Saif, M. / Pervushin, K. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 52.5 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 35 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 654.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 659.3 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 11 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 14.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 4imnS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 19748.145 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 23-190 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() | ||||
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#2: 化合物 | #3: 化合物 | ChemComp-1PG / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.75 % |
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結晶化 | 温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.05M Potassium thiocyanate, 30%PEG MME 2000 / PH範囲: 6.5-8 / Temp details: cold room |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月3日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.00003 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.45→56.5 Å / Num. obs: 26866 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.039 / Net I/σ(I): 2.13 |
反射 シェル | 解像度: 1.45→1.47 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.465 / Mean I/σ(I) obs: 2.1 / Num. unique obs: 1176 / CC1/2: 0.372 / % possible all: 91.5 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4IMN 解像度: 1.45→44.57 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.955 / SU B: 1.243 / SU ML: 0.048 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.071 / ESU R Free: 0.075
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.528 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.45→44.57 Å
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拘束条件 |
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