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- PDB-5wy8: Crystal structure of PTP delta Ig1-Ig3 in complex with IL1RAPL1 I... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wy8
タイトルCrystal structure of PTP delta Ig1-Ig3 in complex with IL1RAPL1 Ig1-Ig3
要素
  • Interleukin-1 receptor accessory protein-like 1
  • Receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta
キーワードHYDROLASE/PROTEIN BINDING / Synaptic adhesion / HYDROLASE-PROTEIN BINDING complex
機能・相同性
機能・相同性情報


trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / Interleukin-38 signaling / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / presynaptic membrane assembly / regulation of postsynaptic density assembly / synaptic membrane adhesion / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / presynapse assembly / Synaptic adhesion-like molecules ...trans-synaptic signaling by trans-synaptic complex / cell surface receptor protein tyrosine phosphatase signaling pathway / Interleukin-38 signaling / Receptor-type tyrosine-protein phosphatases / presynaptic membrane assembly / regulation of postsynaptic density assembly / synaptic membrane adhesion / transmembrane receptor protein tyrosine phosphatase activity / presynapse assembly / Synaptic adhesion-like molecules / positive regulation of dendritic spine morphogenesis / negative regulation of receptor signaling pathway via JAK-STAT / ADP-ribosyl cyclase/cyclic ADP-ribose hydrolase / NAD+ nucleosidase activity / NAD+ nucleotidase, cyclic ADP-ribose generating / phosphate-containing compound metabolic process / negative regulation of exocytosis / positive regulation of synapse assembly / heterophilic cell-cell adhesion via plasma membrane cell adhesion molecules / regulation of postsynapse organization / regulation of neuron projection development / regulation of presynapse assembly / regulation of immune response / cell adhesion molecule binding / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / modulation of chemical synaptic transmission / Schaffer collateral - CA1 synapse / neuron differentiation / presynaptic membrane / postsynaptic membrane / axon / signaling receptor binding / glutamatergic synapse / dendrite / cell surface / signal transduction / extracellular exosome / plasma membrane / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta, PTPase domain, repeat 1 / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / : / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily ...Receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta, PTPase domain, repeat 1 / IL-1Ra-like, immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Interleukin-1 receptor family / : / TIR domain / Toll - interleukin 1 - resistance / TIR domain profile. / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain / Toll/interleukin-1 receptor homology (TIR) domain superfamily / Immunoglobulin / Immunoglobulin domain / Immunoglobulin domain / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain / PTP type protein phosphatase domain profile. / Immunoglobulin I-set / Immunoglobulin I-set domain / Protein-tyrosine phosphatase / Tyrosine-specific protein phosphatase, PTPase domain / Protein-tyrosine phosphatase, catalytic / Protein tyrosine phosphatase, catalytic domain motif / Tyrosine specific protein phosphatases active site. / Protein-tyrosine phosphatase, active site / Tyrosine-specific protein phosphatases domain / Tyrosine specific protein phosphatases domain profile. / Protein-tyrosine phosphatase-like / Fibronectin type III domain / Fibronectin type 3 domain / Immunoglobulin subtype 2 / Immunoglobulin C-2 Type / Fibronectin type-III domain profile. / Fibronectin type III / Fibronectin type III superfamily / Immunoglobulin subtype / Immunoglobulin / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta / Interleukin-1 receptor accessory protein-like 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.07 Å
データ登録者Kim, H.M. / Won, S.Y. / Kim, D.
資金援助 韓国, 1件
組織認可番号国
NRFNRF-2015R1A2A2A01005533 韓国
引用ジャーナル: Front Mol Neurosci / 年: 2017
タイトル: LAR-RPTP Clustering Is Modulated by Competitive Binding between Synaptic Adhesion Partners and Heparan Sulfate
著者: Won, S.Y. / Kim, C.Y. / Kim, D. / Ko, J. / Um, J.W. / Lee, S.B. / Buck, M. / Kim, E. / Heo, W.D. / Lee, J.O. / Kim, H.M.
履歴
登録2017年1月11日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _pdbx_struct_special_symmetry.label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.pdbx_value_order / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta
B: Interleukin-1 receptor accessory protein-like 1
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,76812
ポリマ－69,7402
非ポリマー3,02810
水1086
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6960 Å2
ΔGint8 kcal/mol
Surface area33680 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)110.416, 110.416, 210.536
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number153
Space group name H-MP3212
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1201-

HOH

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要素

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タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Receptor-type tyrosine-protein phosphatase delta / R-PTP-delta


分子量: 32729.963 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 21-318 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PTPRD
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: P23468, protein-tyrosine-phosphatase
#2: タンパク質 Interleukin-1 receptor accessory protein-like 1 / IL1RAPL-1 / Oligophrenin-4 / Three immunoglobulin domain-containing IL-1 receptor-related 2 / ...IL1RAPL-1 / Oligophrenin-4 / Three immunoglobulin domain-containing IL-1 receptor-related 2 / TIGIRR-2 / X-linked interleukin-1 receptor accessory protein-like 1


分子量: 37009.973 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 27-349 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: IL1RAPL1, OPHN4
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q9NZN1

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糖 , 4種, 7分子

#3: 多糖 alpha-L-fucopyranose-(1-3)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 367.349 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
LFucpa1-3DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 424.401 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 多糖 alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1- ...alpha-D-mannopyranose-(1-3)-beta-D-mannopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 748.682 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DManpa1-3DManpb1-4DGlcpNAcb1-4DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b4-c1_c3-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-Manp]{[(3+1)][a-D-Manp]{}}}}}LINUCSPDB-CARE
#6: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 2種, 9分子

#7: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 5.31 Å3/Da / 溶媒含有率: 76.85 %
結晶化温度: 296 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 100mM Tris-Cl, PH7.5, 200mM zinc acetate, 10% PEG 8000(v/v)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97934 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2014年7月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97934 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→50 Å / Num. obs: 28613 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 88.06 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.094 / Χ2: 1.774 / Net I/σ(I): 11.7 / Num. measured all: 223878
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
3-3.116.50.57126921.173193.8
3.11-3.236.90.43827721.284194.8
3.23-3.387.50.32327971.37197.3
3.38-3.567.80.23928561.536198.3
3.56-3.787.90.17528511.648198.5
3.78-4.077.70.11829041.808199.2
4.07-4.487.90.07628912.018199.6
4.48-5.138.20.06429152.126199.5
5.13-6.4690.06129482.087199.8
6.46-508.70.04829872.255197.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.10.1_2155精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.07→48.892 Å / SU ML: 0.39 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 26.4 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2546 1992 7.22 %Random selection
Rwork0.2325 25583 --
obs0.2341 27575 99.33 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 159.66 Å2 / Biso mean: 91.2701 Å2 / Biso min: 30 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 3.07→48.892 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4886 0 189 6 5081
Biso mean--102.99 66.03 -
残基数----621
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0065192
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9767066
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.062820
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007897
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.0863160
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
3.0698-3.14660.31391380.32451748188696
3.1466-3.23160.3441370.308518121949100
3.2316-3.32670.30781410.284218341975100
3.3267-3.4340.31461420.284818221964100
3.434-3.55670.28861450.273218311976100
3.5567-3.69910.29021350.25718241959100
3.6991-3.86740.26911450.24418081953100
3.8674-4.07120.24441440.229418461990100
4.0712-4.32610.24081390.207518301969100
4.3261-4.65990.2231500.182718401990100
4.6599-5.12840.20121460.191618301976100
5.1284-5.86940.22791460.214218612007100
5.8694-7.39070.2591490.235918732022100
7.3907-48.89830.26271350.24321824195995

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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