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- PDB-5wy0: Crystal structure of the methyltranferase domain of human HEN1 in... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wy0
タイトルCrystal structure of the methyltranferase domain of human HEN1 in complex with AdoMet
要素Small RNA 2'-O-methyltransferase
キーワードTRANSFERASE / RNA methyltranferase / AdoMet
機能・相同性
機能・相同性情報


small RNA 2'-O-methyltransferase activity / small RNA 2'-O-methyltransferase / piRNA processing / RNA methylation / RNA methyltransferase activity / siRNA processing / O-methyltransferase activity / P granule / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA binding ...small RNA 2'-O-methyltransferase activity / small RNA 2'-O-methyltransferase / piRNA processing / RNA methylation / RNA methyltransferase activity / siRNA processing / O-methyltransferase activity / P granule / PIWI-interacting RNA (piRNA) biogenesis / RNA binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
3'-RNA ribose 2'-O-methyltransferase, Hen1 / Methyltransferase domain / Vaccinia Virus protein VP39 / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase superfamily / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
S-ADENOSYLMETHIONINE / Small RNA 2'-O-methyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.001 Å
データ登録者Peng, L. / Ma, J.B. / Wu, L.G. / Huang, Y.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Identification of substrates of the small RNA methyltransferase Hen1 in mouse spermatogonial stem cells and analysis of its methyl-transfer domain
著者: Peng, L. / Zhang, F. / Shang, R. / Wang, X. / Chen, J. / Chou, J.J. / Ma, J. / Wu, L. / Huang, Y.
履歴
登録2017年1月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年1月30日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / diffrn_radiation_wavelength
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Small RNA 2'-O-methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)26,5212
ポリマ－26,1231
非ポリマー3981
水2,072115
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area10470 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.521, 38.521, 249.437
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number152
Space group name H-MP3121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-954-

HOH

21A-988-

HOH

31A-1011-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Small RNA 2'-O-methyltransferase / HEN1 methyltransferase homolog 1


分子量: 26122.547 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 31-258 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HENMT1, C1orf59 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5T8I9, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-SAM / S-ADENOSYLMETHIONINE


分子量: 398.437 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C15H22N6O5S
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 115 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.05 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.9 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸発脱水法
詳細: 0.1 M Tris pH 7.5, 0.2 M Magnesium chloride, 10% (w/v) PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2010年12月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→30 Å / Num. obs: 15433 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 6.6 % / Net I/σ(I): 15.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.8.4_1496精密化
HKL-2000data processing
Cootv0.8.3モデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.001→27.731 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.24
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2462 1522 9.93 %
Rwork0.2035 --
obs0.2077 15329 98.56 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.001→27.731 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1627 0 0 115 1742
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0081665
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1382258
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.465609
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044250
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.005287
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.0012-2.06580.26061310.21291205X-RAY DIFFRACTION98
2.0658-2.13960.29121400.21131261X-RAY DIFFRACTION99
2.1396-2.22520.25091360.20351219X-RAY DIFFRACTION100
2.2252-2.32650.29271330.20711207X-RAY DIFFRACTION99
2.3265-2.44910.27131390.21231256X-RAY DIFFRACTION100
2.4491-2.60240.2421420.20791247X-RAY DIFFRACTION100
2.6024-2.80320.26481380.20931271X-RAY DIFFRACTION100
2.8032-3.08490.24181400.2111265X-RAY DIFFRACTION100
3.0849-3.53050.23161390.20171288X-RAY DIFFRACTION100
3.5305-4.44510.23351380.1821264X-RAY DIFFRACTION97
4.4451-27.73380.22691460.20971324X-RAY DIFFRACTION93

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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