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- PDB-5wxc: Crystal Structure of HLA-A*2402 in complex with avian influenza A... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wxc
タイトルCrystal Structure of HLA-A*2402 in complex with avian influenza A(H7N9) virus-derived peptide H7-25 (data set 2)
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • H7-25-F
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
キーワードIMMUNE SYSTEM / HLA-A*2402 / H1N1 / H5N1 / H1-25
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / beta-2-microglobulin binding / T cell receptor binding / detection of bacterium / viral budding from plasma membrane / positive regulation of ferrous iron binding / positive regulation of transferrin receptor binding / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / cellular response to iron ion / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / negative regulation of forebrain neuron differentiation / regulation of erythrocyte differentiation / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / ER to Golgi transport vesicle membrane / regulation of iron ion transport / response to molecule of bacterial origin / MHC class I peptide loading complex / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / MHC class I protein complex / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / MHC class II protein complex / cellular response to nicotine / specific granule lumen / positive regulation of cellular senescence / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of type II interferon production / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / peptide antigen binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / negative regulation of epithelial cell proliferation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / positive regulation of immune response / Interferon gamma signaling / Modulation by Mtb of host immune system / positive regulation of T cell activation / Interferon alpha/beta signaling / sensory perception of smell / negative regulation of neuron projection development / positive regulation of protein binding / tertiary granule lumen / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / DAP12 signaling / antibacterial humoral response / MHC class II protein complex binding / late endosome membrane / T cell receptor signaling pathway / iron ion transport / ER-Phagosome pathway / T cell differentiation in thymus / early endosome membrane / protein refolding / protein homotetramerization / intracellular iron ion homeostasis / amyloid fibril formation / structural constituent of virion / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / lysosomal membrane / Golgi membrane / external side of plasma membrane / innate immune response / signaling receptor binding / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / host cell nucleus / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity
類似検索 - 分子機能
Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal ...Matrix protein 1 / Influenza matrix M1, N-terminal / Influenza matrix M1, C-terminal / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 1 / Influenza matrix M1, N-terminal subdomain 2 / Influenza virus matrix protein M1 / Influenza Matrix protein (M1) / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / Influenza Matrix protein (M1) C-terminal domain / MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Matrix protein 1 / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.295 Å
データ登録者Zhao, M. / Liu, K. / Chai, Y. / Qi, J. / Liu, J. / Gao, G.F.
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2018
タイトル: Heterosubtypic Protections against Human-Infecting Avian Influenza Viruses Correlate to Biased Cross-T-Cell Responses.
著者: Zhao, M. / Liu, K. / Luo, J. / Tan, S. / Quan, C. / Zhang, S. / Chai, Y. / Qi, J. / Li, Y. / Bi, Y. / Xiao, H. / Wong, G. / Zhou, J. / Jiang, T. / Liu, W. / Yu, H. / Yan, J. / Liu, Y. / Shu, ...著者: Zhao, M. / Liu, K. / Luo, J. / Tan, S. / Quan, C. / Zhang, S. / Chai, Y. / Qi, J. / Li, Y. / Bi, Y. / Xiao, H. / Wong, G. / Zhou, J. / Jiang, T. / Liu, W. / Yu, H. / Yan, J. / Liu, Y. / Shu, Y. / Wu, G. / Wu, A. / Gao, G.F. / Liu, W.J.
履歴
登録2017年1月7日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月17日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年7月31日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年10月16日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
E: H7-25-F
F: H7-25-F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)89,6646
ポリマ－89,6646
非ポリマー00
水6,395355
1
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
E: H7-25-F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8323
ポリマ－44,8323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4130 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area18580 Å2
手法PISA
2
C: HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain
D: Beta-2-microglobulin
F: H7-25-F


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8323
ポリマ－44,8323
非ポリマー00
水543
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4270 Å2
ΔGint-23 kcal/mol
Surface area18900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.373, 67.292, 88.346
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 98.43, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-24 alpha chain / HLA-A*2402 / Aw-24 / HLA class I histocompatibility antigen / A-9 alpha chain / MHC class I antigen A*24


分子量: 31551.889 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP RESIDUES 25-298 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P05534, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin / hB2m


分子量: 11819.238 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#3: タンパク質・ペプチド H7-25-F


分子量: 1460.825 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Influenza A virus (A/chicken/China/028/2014(H7N9)) (A型インフルエンザウイルス)
参照: UniProt: A0A0X9JHC1*PLUS
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 355 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.62 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6
詳細: 0.1 M MES monohydrate pH 6.0, 14% w/v Polyethylene glycol 4000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9793 Å
検出器タイプ: SDMS / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年11月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9793 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.295→50 Å / Num. obs: 42274 / % possible obs: 99.14 % / 冗長度: 4.5 % / Net I/σ(I): 18.155

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155)精密化
CNSデータ削減
CNSデータスケーリング
CNS位相決定
精密化解像度: 2.295→30.824 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: NONE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 23.17
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 1993 4.73 %
Rwork0.177 --
obs0.1791 42131 99.14 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.295→30.824 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6213 0 0 355 6568
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0066385
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8558647
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d25.8462375
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.053879
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061131
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.295-2.35240.31931340.23562560X-RAY DIFFRACTION90
2.3524-2.4160.30111470.21442883X-RAY DIFFRACTION99
2.416-2.48710.23871440.21292823X-RAY DIFFRACTION100
2.4871-2.56730.32291390.2172886X-RAY DIFFRACTION100
2.5673-2.6590.2751560.20822868X-RAY DIFFRACTION100
2.659-2.76540.28281610.20472865X-RAY DIFFRACTION100
2.7654-2.89120.28481400.19692854X-RAY DIFFRACTION100
2.8912-3.04350.26381480.19352885X-RAY DIFFRACTION100
3.0435-3.2340.2391520.18942876X-RAY DIFFRACTION100
3.234-3.48330.22231320.18252900X-RAY DIFFRACTION100
3.4833-3.83330.19621160.16372942X-RAY DIFFRACTION100
3.8333-4.38660.17031120.14382922X-RAY DIFFRACTION100
4.3866-5.52150.16021550.14142912X-RAY DIFFRACTION100
5.5215-30.82690.19331570.16542962X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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