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- PDB-5ww3: Crystal structure of the second DNA-Binding protein under starvat... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5ww3
タイトルCrystal structure of the second DNA-Binding protein under starvation from Mycobacterium smegmatis soaked with iron in the ratio of 24 iron atoms per dodecamer
要素Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
キーワードDNA BINDING PROTEIN / ferritin-like fold / DNA binding / ferroxidation / OXIDOREDUCTASE
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on metal ions / ferric iron binding / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Dps protein family signature 1. / DNA-binding protein Dps, conserved site / DNA-binding protein Dps / Ferritin, core subunit, four-helix bundle / Ferritin / Ferritin/DPS protein domain / Ferritin-like domain / Ferritin-like / Ferritin-like superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
: / : / Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.05 Å
データ登録者Williams, S.M. / Chatterji, D.
引用ジャーナル: Metallomics / 年: 2017
タイトル: Flexible aspartates propel iron to the ferroxidation sites along pathways stabilized by a conserved arginine in Dps proteins from Mycobacterium smegmatis
著者: Williams, S.M. / Chatterji, D.
履歴
登録2016年12月31日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年8月9日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_struct_special_symmetry / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_alt_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_ptnr1_label_alt_id / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
B: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
C: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
D: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,09718
ポリマ－71,4194
非ポリマー67814
水7,710428
1
A: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
B: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
C: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
D: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
ヘテロ分子

A: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
B: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
C: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
D: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
ヘテロ分子

A: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
B: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
C: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
D: Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)216,29254
ポリマ－214,25812
非ポリマー2,03442
水21612
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_655-y+1,x-y,z1
crystal symmetry operation3_665-x+y+1,-x+1,z1
Buried area57540 Å2
ΔGint-383 kcal/mol
Surface area56210 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)90.170, 90.170, 420.411
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number155
Space group name H-MH32
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-204-

MG

21A-205-

CL

31D-203-

FE2

41D-204-

FE2

51A-301-

HOH

61A-407-

HOH

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要素

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タンパク質 , 1種, 4分子 ABCD

#1: タンパク質
Putative starvation-induced DNA protecting protein/Ferritin and Dps / MsDps2 / Starvation-inducible DNA-binding protein or fine tangled pili major subunit


分子量: 17854.863 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium smegmatis str. MC2 155 (バクテリア)
株: MC2 155 / 遺伝子: MSMEG_3242, MSMEI_3159 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0QXB7

-
非ポリマー , 5種, 442分子

#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#3: 化合物
ChemComp-FE2 / FE (II) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 428 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.01 %
結晶化温度: 298 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 6 / 詳細: 100 mM sodium cacodylate, 150 mM MgCl2, 20% PEG3000

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: BRUKER AXS MICROSTAR / 波長: 1.54179 Å
検出器タイプ: MAR scanner 345 mm plate / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54179 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.03→47.61 Å / Num. obs: 41744 / % possible obs: 96.8 % / 冗長度: 8.2 % / Net I/σ(I): 27.1
反射 シェル解像度: 2.03→2.14 Å / 冗長度: 7.2 % / Mean I/σ(I) obs: 12.4 / % possible all: 78.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0103精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
REFMAC位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2z90

2z90


解像度: 2.05→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.949 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 3.333 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.192 / ESU R Free: 0.155 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.19939 2116 5.1 %RANDOM
Rwork0.16424 ---
obs0.16602 39614 98.83 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 14.656 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.26 Å20.13 Å20 Å2
2--0.26 Å20 Å2
3----0.83 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.05→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4978 0 14 428 5420
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0195144
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1431.957024
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.9355672
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.68924.091264
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.31915850
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg17.2091552
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.2826
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0213992
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.6661.3692604
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.172.0453259
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.7171.4382537
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.50611.5398540
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.047→2.1 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.25 141 -
Rwork0.185 2483 -
obs--86.03 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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