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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wvw | ||||||
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タイトル | The crystal structure of Cren7 mutant L28A in complex with dsDNA | ||||||
要素 |
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キーワード | DNA BINDING PROTEIN/DNA / BETA-SHEET / DNA BINDING / DNA BINDING PROTEIN-DNA COMPLEX / Crenarchaeal chromatin protein | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Sulfolobus solfataricus (古細菌) synthetic construct (人工物) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.8 Å | ||||||
データ登録者 | Zhang, Z.F. / Zhao, M.H. / Wang, L. / Chen, Y.Y. / Dong, Y.H. / Gong, Y. / Huang, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017 タイトル: Roles of Leu28 side chain intercalation in the interaction between Cren7 and DNA 著者: Zhang, Z. / Zhao, M. / Wang, L. / Chen, Y. / Dong, Y. / Gong, Y. / Huang, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wvw.cif.gz | 62.5 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wvw.ent.gz | 41.9 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wvw.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/5wvw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/5wvw | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 6635.834 Da / 分子数: 2 / 変異: L28A / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Sulfolobus solfataricus (strain ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2) (古細菌) 株: ATCC 35092 / DSM 1617 / JCM 11322 / P2 / 遺伝子: creN7, SSO6901 / プラスミド: PET30A / 発現宿主: ESCHERICHIA COLI (大腸菌) / 株 (発現宿主): ROSETTA 2 (DE3) / 参照: UniProt: Q97ZE3 #2: DNA鎖 | 分子量: 2426.617 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.41 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.92 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: 10% 2-Propanol, 0.1M BICINE pH8.5, 30% PEG1500 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月8日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.98 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 29759 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 48.5 |
反射 シェル | 解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.819 / Mean I/σ(I) obs: 3.2 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 3LWH 解像度: 1.8→50 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 23.16
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.8→50 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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