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万見
- PDB-5wvp: Expression, characterization and crystal structure of a novel bet... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wvp
タイトルExpression, characterization and crystal structure of a novel beta-glucosidase from Paenibacillus barengoltzii
要素Beta-glucosidase
キーワードHYDROLASE / beta-glucosidase / GH family 3 / CBM6 / glucose
機能・相同性
機能・相同性情報


scopolin beta-glucosidase activity / beta-glucosidase / beta-glucosidase activity / carbohydrate metabolic process
類似検索 - 分子機能
Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily ...Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Fibronectin type III-like domain / Glycoside hydrolase, family 3, active site / Glycosyl hydrolases family 3 active site. / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycosyl hydrolase family 3 C-terminal domain / Glycoside hydrolase family 3 C-terminal domain superfamily / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal / Glycoside hydrolase, family 3, N-terminal domain superfamily / Glycosyl hydrolase family 3 N terminal domain / Glycoside hydrolase superfamily / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
beta-D-mannopyranose / Beta-glucosidase
類似検索 - 構成要素
生物種Paenibacillus barengoltzii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.294 Å
データ登録者Jiang, Z. / Wu, S. / Yang, D. / Qin, Z. / You, X. / Huang, P.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Expression, characterization and crystal structure of a novel beta-glucosidase from Paenibacillus barengoltzii
著者: Jiang, Z. / Wu, S. / Yang, D. / Qin, Z. / You, X. / Huang, P.
履歴
登録2016年12月28日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-glucosidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)104,9442
ポリマ－104,7641
非ポリマー1801
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area380 Å2
ΔGint2 kcal/mol
Surface area31790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)66.695, 75.215, 160.816
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Beta-glucosidase


分子量: 104763.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Paenibacillus barengoltzii (バクテリア)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A1P8VKA0, beta-glucosidase
#2: 糖 ChemComp-BMA / beta-D-mannopyranose / beta-D-mannose / D-mannose / mannose / β-D-マンノピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 180.156 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O6
識別子タイププログラム
DManpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-mannopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-ManpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
ManSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.93 Å3/Da / 溶媒含有率: 36.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 25% PEG 3350, 0.1M Bis-Tris pH 6.5, 0.2M Ammonium acetate
PH範囲: 5.5-7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 90-100
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: CMOS / 日付: 2016年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.294→50 Å / Num. obs: 35790 / % possible obs: 97 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.101 / Net I/σ(I): 25.917
反射 シェル解像度: 2.294→2.33 Å / 冗長度: 10.1 % / Rmerge(I) obs: 0.484 / Mean I/σ(I) obs: 4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2474: ???)精密化
HKL-2000データ削減
PHENIXモデル構築
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5WUG

5wug


解像度: 2.294→49.902 Å / SU ML: 0.24 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 22.43 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.232 1760 4.92 %
Rwork0.17 --
obs0.1729 35773 96.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.294→49.902 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7079 0 12 247 7338
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0097224
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9759807
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d6.5314312
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0581098
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061292
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.294-2.3560.317860.20891953X-RAY DIFFRACTION73
2.356-2.42530.26771190.19662330X-RAY DIFFRACTION87
2.4253-2.50360.23491390.20152560X-RAY DIFFRACTION96
2.5036-2.59310.29671490.18952646X-RAY DIFFRACTION99
2.5931-2.69690.26051370.19522667X-RAY DIFFRACTION100
2.6969-2.81960.26711360.1872675X-RAY DIFFRACTION100
2.8196-2.96830.25871270.18392688X-RAY DIFFRACTION100
2.9683-3.15420.27671510.18872688X-RAY DIFFRACTION100
3.1542-3.39770.25591460.17692677X-RAY DIFFRACTION100
3.3977-3.73950.21341630.15462720X-RAY DIFFRACTION100
3.7395-4.28040.22211320.14212721X-RAY DIFFRACTION100
4.2804-5.39180.17941240.14022794X-RAY DIFFRACTION100
5.3918-49.91380.19131510.17532896X-RAY DIFFRACTION100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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