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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wvi | |||||||||||||||||||||
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タイトル | The resting state of yeast proteasome | |||||||||||||||||||||
要素 |
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キーワード | HYDROLASE / resting state yeast proteasome nucleotide occupied | |||||||||||||||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 SAGA complex localization to transcription regulatory region / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome ...SAGA complex localization to transcription regulatory region / Metalloprotease DUBs / peroxisome fission / proteasome storage granule assembly / transcription export complex 2 / proteasome regulatory particle assembly / protein deneddylation / maintenance of DNA trinucleotide repeats / filamentous growth / COP9 signalosome / proteasome regulatory particle / cytosolic proteasome complex / proteasome regulatory particle, lid subcomplex / protein-containing complex localization / proteasome-activating activity / mitochondrial fission / proteasome regulatory particle, base subcomplex / metal-dependent deubiquitinase activity / nonfunctional rRNA decay / K48-linked polyubiquitin modification-dependent protein binding / proteasome core complex assembly / nuclear outer membrane-endoplasmic reticulum membrane network / Cross-presentation of soluble exogenous antigens (endosomes) / TNFR2 non-canonical NF-kB pathway / proteasomal ubiquitin-independent protein catabolic process / Ubiquitin Mediated Degradation of Phosphorylated Cdc25A / Regulation of PTEN stability and activity / peptide catabolic process / KEAP1-NFE2L2 pathway / proteasome binding / CDK-mediated phosphorylation and removal of Cdc6 / Neddylation / FBXL7 down-regulates AURKA during mitotic entry and in early mitosis / regulation of protein catabolic process / Orc1 removal from chromatin / MAPK6/MAPK4 signaling / proteasome storage granule / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / polyubiquitin modification-dependent protein binding / endopeptidase activator activity / protein deubiquitination / proteasome assembly / positive regulation of RNA polymerase II transcription preinitiation complex assembly / proteasome endopeptidase complex / proteasome core complex, beta-subunit complex / proteasome core complex, alpha-subunit complex / Ub-specific processing proteases / threonine-type endopeptidase activity / mRNA export from nucleus / enzyme regulator activity / ERAD pathway / protein folding chaperone / Neutrophil degranulation / proteasome complex / ubiquitin binding / nucleotide-excision repair / positive regulation of transcription elongation by RNA polymerase II / double-strand break repair via homologous recombination / positive regulation of protein catabolic process / metallopeptidase activity / peroxisome / protein-macromolecule adaptor activity / ubiquitin-dependent protein catabolic process / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / endopeptidase activity / ubiquitinyl hydrolase 1 / cysteine-type deubiquitinase activity / molecular adaptor activity / regulation of cell cycle / chromatin remodeling / protein domain specific binding / mRNA binding / ubiquitin protein ligase binding / endoplasmic reticulum membrane / structural molecule activity / endoplasmic reticulum / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / ATP hydrolysis activity / mitochondrion / ATP binding / identical protein binding / nucleus / metal ion binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||||||||||||||
生物種 | Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) | |||||||||||||||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 6.3 Å | |||||||||||||||||||||
データ登録者 | Ding, Z. / Cong, Y. | |||||||||||||||||||||
資金援助 | 中国, 6件
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引用 | ジャーナル: Cell Res / 年: 2017 タイトル: High-resolution cryo-EM structure of the proteasome in complex with ADP-AlFx. 著者: Zhanyu Ding / Zhenglin Fu / Cong Xu / Yifan Wang / Yanxing Wang / Junrui Li / Liangliang Kong / Jinhuan Chen / Na Li / Rongguang Zhang / Yao Cong / 要旨: The 26S proteasome is an ATP-dependent dynamic 2.5 MDa protease that regulates numerous essential cellular functions through degradation of ubiquitinated substrates. Here we present a near-atomic- ...The 26S proteasome is an ATP-dependent dynamic 2.5 MDa protease that regulates numerous essential cellular functions through degradation of ubiquitinated substrates. Here we present a near-atomic-resolution cryo-EM map of the S. cerevisiae 26S proteasome in complex with ADP-AlFx. Our biochemical and structural data reveal that the proteasome-ADP-AlFx is in an activated state, displaying a distinct conformational configuration especially in the AAA-ATPase motor region. Noteworthy, this map demonstrates an asymmetric nucleotide binding pattern with four consecutive AAA-ATPase subunits bound with nucleotide. The remaining two subunits, Rpt2 and Rpt6, with empty or only partially occupied nucleotide pocket exhibit pronounced conformational changes in the AAA-ATPase ring, which may represent a collective result of allosteric cooperativity of all the AAA-ATPase subunits responding to ATP hydrolysis. This collective motion of Rpt2 and Rpt6 results in an elevation of their pore loops, which could play an important role in substrate processing of proteasome. Our data also imply that the nucleotide occupancy pattern could be related to the activation status of the complex. Moreover, the HbYX tail insertion may not be sufficient to maintain the gate opening of 20S core particle. Our results provide new insights into the mechanisms of nucleotide-driven allosteric cooperativity of the complex and of the substrate processing by the proteasome. | |||||||||||||||||||||
履歴 |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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文書・要旨 | 5wvi_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wvi_full_validation.pdf.gz | 1.1 MB | 表示 | |
XML形式データ | 5wvi_validation.xml.gz | 286.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wvi_validation.cif.gz | 452.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/5wvi ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wv/5wvi | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
-26S protease regulatory subunit ... , 5種, 5分子 IKJMH
#1: タンパク質 | 分子量: 48898.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40327 |
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#2: タンパク質 | 分子量: 47953.676 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33298 |
#16: タンパク質 | 分子量: 45342.742 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q01939 |
#18: タンパク質 | 分子量: 48315.727 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33297 |
#23: タンパク質 | 分子量: 52054.891 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P33299 |
-Proteasome subunit beta type- ... , 7種, 14分子 i2h31b4g5f6e7a
#3: タンパク質 | 分子量: 28299.889 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25043, proteasome endopeptidase complex #5: タンパク質 | 分子量: 22627.842 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P25451, proteasome endopeptidase complex #26: タンパク質 | 分子量: 23573.604 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38624, proteasome endopeptidase complex #27: タンパク質 | 分子量: 22545.676 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P22141, proteasome endopeptidase complex #28: タンパク質 | 分子量: 31670.539 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30656, proteasome endopeptidase complex #29: タンパク質 | 分子量: 26905.076 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23724, proteasome endopeptidase complex #30: タンパク質 | 分子量: 29471.289 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P30657, proteasome endopeptidase complex |
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-Proteasome subunit alpha type- ... , 6種, 12分子 cAlFmEnDCdBj
#4: タンパク質 | 分子量: 28033.830 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21243, proteasome endopeptidase complex #7: タンパク質 | 分子量: 25634.000 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40302, proteasome endopeptidase complex #8: タンパク質 | 分子量: 28649.086 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32379, proteasome endopeptidase complex #9: タンパク質 | 分子量: 28478.111 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40303, proteasome endopeptidase complex #24: タンパク質 | 分子量: 28748.230 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23638, proteasome endopeptidase complex #25: タンパク質 | 分子量: 27191.828 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P23639, proteasome endopeptidase complex |
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-タンパク質 , 4種, 5分子 kGYLV
#6: タンパク質 | 分子量: 31575.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P21242, proteasome endopeptidase complex #10: タンパク質 | | 分子量: 10397.102 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O94742 #17: タンパク質 | | 分子量: 49480.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P53549 #33: タンパク質 | | 分子量: 34442.281 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P43588, ubiquitinyl hydrolase 1 |
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-26S proteasome regulatory subunit ... , 11種, 11分子 NSTRQUWOPXZ
#11: タンパク質 | 分子量: 104351.883 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32565 |
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#12: タンパク質 | 分子量: 60464.605 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P40016 |
#13: タンパク質 | 分子量: 31952.119 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P32496 |
#14: タンパク質 | 分子量: 49016.367 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q06103 |
#15: タンパク質 | 分子量: 49839.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12377 |
#19: タンパク質 | 分子量: 38365.508 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q08723 |
#20: タンパク質 | 分子量: 29776.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38886 |
#21: タンパク質 | 分子量: 45839.348 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q04062 |
#22: タンパク質 | 分子量: 51840.352 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: Q12250 |
#31: タンパク質 | 分子量: 17919.002 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: O13563 |
#32: タンパク質 | 分子量: 109601.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 参照: UniProt: P38764 |
-詳細
Has protein modification | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: CELL / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: The yeast resting state proteasome / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 1.6 MDa / 実験値: YES |
由来(天然) | 生物種: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) |
緩衝液 | pH: 7.5 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 25 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON II (4k x 4k) |
-解析
ソフトウェア | 名称: PHENIX / バージョン: 1.10.1_2155: / 分類: 精密化 | ||||||||||||||||||||||||
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 6.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 26000 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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