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- PDB-5wuq: Crystal structure of SigW in complex with its anti-sigma RsiW, a ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wuq
タイトルCrystal structure of SigW in complex with its anti-sigma RsiW, a zinc binding form
要素
  • Anti-sigma-W factor RsiW
  • ECF RNA polymerase sigma factor SigW
キーワードMETAL BINDING PROTEIN / sigma-anti-sigma complex / zinc binding motif
機能・相同性
機能・相同性情報


response to stress / sigma factor activity / DNA-templated transcription initiation / regulation of DNA-templated transcription / DNA binding / metal ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
RNA polymerase sigma-W, bacillaceae / Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 ...RNA polymerase sigma-W, bacillaceae / Anti-sigma factor, zinc-finger domain superfamily / Putative zinc-finger / Putative zinc-finger / RNA polymerase sigma factor 70, region 4 type 2 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma factor 70, ECF, conserved site / Sigma-70 factors ECF subfamily signature. / RNA polymerase sigma-70 like / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ECF RNA polymerase sigma factor SigW / Anti-sigma-W factor RsiW
類似検索 - 構成要素
生物種Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Devkota, S.R. / Kwon, E. / Ha, S.C. / Kim, D.Y.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Structural insights into the regulation of Bacillus subtilis SigW activity by anti-sigma RsiW
著者: Devkota, S.R. / Kwon, E. / Ha, S.C. / Chang, H.W. / Kim, D.Y.
履歴
登録2016年12月20日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月29日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: ECF RNA polymerase sigma factor SigW
B: ECF RNA polymerase sigma factor SigW
C: Anti-sigma-W factor RsiW
D: Anti-sigma-W factor RsiW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,0596
ポリマ－61,9284
非ポリマー1312
水00
1
A: ECF RNA polymerase sigma factor SigW
C: Anti-sigma-W factor RsiW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0293
ポリマ－30,9642
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3270 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area12690 Å2
手法PISA
2
B: ECF RNA polymerase sigma factor SigW
D: Anti-sigma-W factor RsiW
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)31,0293
ポリマ－30,9642
非ポリマー651
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3200 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area11980 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)63.462, 64.206, 138.374
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 ECF RNA polymerase sigma factor SigW / ECF sigma factor SigW / Alternative RNA polymerase sigma factor SigW / RNA polymerase sigma-W ...ECF sigma factor SigW / Alternative RNA polymerase sigma factor SigW / RNA polymerase sigma-W factor / Sigma-W factor


分子量: 21745.314 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: sigW / プラスミド: pET-DUET1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star (DE3) / 参照: UniProt: Q45585
#2: タンパク質 Anti-sigma-W factor RsiW / Regulator of SigW / Sigma-W anti-sigma factor RsiW


分子量: 9218.724 Da / 分子数: 2 / Fragment: UNP residues 1-80 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Bacillus subtilis subsp. subtilis str. 168 (枯草菌)
株: 168 / 遺伝子: rsiW / プラスミド: pET-DUET1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 star (DE3) / 参照: UniProt: Q45588
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.09 %
結晶化温度: 293 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 7.5 / 詳細: PEG3350, isopropanol, calcium chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PAL/PLS / ビームライン: 7A (6B, 6C1) / 波長: 0.97933 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月26日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97933 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→30 Å / Num. obs: 14411 / % possible obs: 98.9 % / 冗長度: 5.6 % / Net I/σ(I): 41.5
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Mean I/σ(I) obs: 5.7 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.8→30 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.933 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.861 / SU B: 33.568 / SU ML: 0.301 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.428 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28667 662 4.6 %RANDOM
Rwork0.21011 ---
obs0.21359 13669 98.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 84.855 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.29 Å20 Å20 Å2
2--0.94 Å2-0 Å2
3----3.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→30 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3734 0 2 0 3736
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193793
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.023812
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2891.9745098
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.95438770
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.2645446
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.06623.956182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.75715765
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.7931530
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2579
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.024129
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02837
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.7415.6761802
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.7425.6751801
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.9088.5082242
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.9078.5092243
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.7745.8781991
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.7745.8791992
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.0348.7342857
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.62343.4394207
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.62243.4474208
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.282 41 -
Rwork0.253 994 -
obs--99.9 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.73151.5052-1.77583.05950.07624.1509-0.0922-0.3062-0.2905-0.0070.05120.1437-0.11920.40320.0410.0313-0.0024-0.00430.10420.00210.0653-20.16980.824618.2849
23.36720.06380.6711.55620.0195.57510.34070.1971-0.0192-0.0709-0.15890.1847-0.68580.0081-0.18180.23140.09350.06320.07880.0110.057-19.9036-0.0992-19.0043
34.52321.9433-2.83135.217-2.03193.87790.33440.15320.1397-0.0925-0.0401-0.1255-0.54280.5488-0.29420.2704-0.17610.02150.2403-0.04750.055-11.661911.23814.989
45.9354-3.41113.11854.1536-1.66326.15660.1681-0.44230.09350.1490.134-0.3070.26350.5339-0.30210.13260.08120.03930.23920.01410.1185-8.5443-7.8536-5.088
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 187
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 187
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 72
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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