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万見
- PDB-5wu0: Crystal structure of C. perfringens iota-like enterotoxin CPILE-a... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wu0
タイトルCrystal structure of C. perfringens iota-like enterotoxin CPILE-a with NADH
要素Binary enterotoxin of Clostridium perfringens component a
キーワードTOXIN / bacterial toxin / actin / CPILE-a / ADP-ribosylation
機能・相同性
機能・相同性情報


nucleotide binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Binary exotoxin A, clostridial type / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / Toxin ADP-ribosyltransferase; Chain A, domain 1 / ADP ribosyltransferase / ADP-ribosyltransferase exoenzyme / Toxin-related mono-ADP-ribosyltransferase (TR mART) core domain profile. / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / Binary enterotoxin of Clostridium perfringens component a
類似検索 - 構成要素
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 2.251 Å
データ登録者Toniti, W. / Yoshida, T. / Tsurumura, T. / Irikura, D. / Tsuge, H.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017
タイトル: Crystal structure and structure-based mutagenesis of actin-specific ADP-ribosylating toxin CPILE-a as novel enterotoxin
著者: Toniti, W. / Yoshida, T. / Tsurumura, T. / Irikura, D. / Monma, C. / Kamata, Y. / Tsuge, H.
履歴
登録2016年12月15日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Binary enterotoxin of Clostridium perfringens component a
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,3372
ポリマ－47,6711
非ポリマー6651
水2,360131
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1170 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area19900 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)70.583, 101.631, 125.297
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-718-

HOH

21A-729-

HOH

31A-731-

HOH

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要素

#1: タンパク質 Binary enterotoxin of Clostridium perfringens component a / CPILE-a


分子量: 47671.430 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
株: W5052 / 遺伝子: becA / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / 参照: UniProt: X5I2D7
#2: 化合物 ChemComp-NAI / 1,4-DIHYDRONICOTINAMIDE ADENINE DINUCLEOTIDE / NADH / NADH


分子量: 665.441 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H29N7O14P2
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 131 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.8 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: PEG 4000, Tris HCl, Magnesium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: RIGAKU RAXIS VII / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2016年10月29日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.251→50 Å / Num. obs: 21170 / % possible obs: 98.4 % / 冗長度: 6 % / Net I/σ(I): 41.3

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.9_1692精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5GTT

5gtt


解像度: 2.251→20.499 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 29.57
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2479 1012 4.79 %
Rwork0.1756 --
obs0.1789 21127 97.37 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.251→20.499 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3350 0 44 131 3525
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0083458
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1234683
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.0161305
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.044523
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004595
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.2515-2.370.33691320.24762591X-RAY DIFFRACTION89
2.37-2.51830.30451420.23262872X-RAY DIFFRACTION98
2.5183-2.71230.31231620.23232817X-RAY DIFFRACTION98
2.7123-2.98450.32511290.22282899X-RAY DIFFRACTION99
2.9845-3.41460.28431390.20142931X-RAY DIFFRACTION99
3.4146-4.29560.22051520.14812938X-RAY DIFFRACTION99
4.2956-20.49970.17881560.1293067X-RAY DIFFRACTION99
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.6376-0.1503-0.10041.5559-0.91872.3373-0.13030.11150.22290.00910.05260.102-0.2283-0.19820.07250.2515-0.0075-0.06820.3626-0.06460.273-18.0517-16.0612-15.0451
25.8167-0.90241.06464.1021-0.23442.81750.00430.2869-0.2095-0.07380.062-0.51310.25020.6124-0.06880.2333-0.00420.0350.49010.04070.228520.8004-31.5999-14.8616
33.31130.11611.32751.75160.21613.3740.02650.2258-0.0924-0.1749-0.10750.07290.20220.12410.09080.20630.04160.02150.3719-0.01910.23612.4498-31.7732-20.1266
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 217 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 218 through 285 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 286 through 419 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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