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- PDB-5wtu: Crystal structure of DndE G21/24K mutant involved in DNA phosphor... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wtu
タイトルCrystal structure of DndE G21/24K mutant involved in DNA phosphorothioation
要素DNA sulfur modification protein DndE
キーワードDNA BINDING PROTEIN / phosphorothioation
機能・相同性DNA sulphur modification protein DndE / DNA sulphur modification protein DndE / DNA sulphur modification protein DndE superfamily / DNA sulphur modification protein DndE / Arc Repressor Mutant / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / DNA sulfur modification protein DndE
機能・相同性情報
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.9 Å
データ登録者Yao, P. / Liu, Y. / Wang, C. / Cao, C.
資金援助 中国, 1件
組織認可番号国
National Natural Science Foundation of China 中国
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DndE G21/24K mutant involved in DNA phosphorothioation
著者: Yao, P. / Liu, Y. / Wang, C. / Cao, C.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月20日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA sulfur modification protein DndE
B: DNA sulfur modification protein DndE
C: DNA sulfur modification protein DndE
D: DNA sulfur modification protein DndE


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)50,7634
ポリマ－50,7634
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5510 Å2
ΔGint-33 kcal/mol
Surface area18700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)57.297, 57.297, 130.222
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number78
Space group name H-MP43

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要素

#1: タンパク質
DNA sulfur modification protein DndE


分子量: 12690.828 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP RESIDUES 1-110 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) / 遺伝子: ACU90_25985 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A0N8J336

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6
詳細: 0.1 M Sodium citrate tribasic dihydrate pH 5.6, 0.2 M Potassium sodium tartrate tetrahydrate, 2.0 M Ammonium sulfate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.97915 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年5月3日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97915 Å / 相対比: 1
Reflection twin
Crystal-IDIDOperatorDomain-IDFraction
11H, K, L10.883
11K, H, -L20.117
反射解像度: 2.9→50 Å / Num. obs: 9087 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.135 / Χ2: 1.221 / Net I/σ(I): 6.3 / Num. measured all: 32212
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.9-33.50.5169111.04199.2
3-3.123.60.3929211.026199
3.12-3.273.60.3148911.019198.3
3.27-3.443.50.2359211.065198.2
3.44-3.653.50.1829151.213198.3
3.65-3.943.50.1489091.428198.2
3.94-4.333.50.1079101.568198
4.33-4.963.50.0978981.494196.9
4.96-6.243.50.0939021.133195.4
6.24-503.70.0499091.231195

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0123精密化
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ削減
PHENIX位相決定
HKLデータスケーリング
精密化解像度: 2.9→50.01 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.896 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.867 / SU B: 46.928 / SU ML: 0.399 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R Free: 0.486 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.272 432 4.8 %RANDOM
Rwork0.2252 ---
obs0.2273 8623 97.61 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 104.74 Å2 / Biso mean: 42.31 Å2 / Biso min: 17.01 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.61 Å2-0 Å2-0 Å2
2--0.61 Å2-0 Å2
3----1.21 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.9→50.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3114 0 0 0 3114
残基数----388
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0060.0193161
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1961.9894252
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.8285376
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.87423.876129
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.98515619
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9181522
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.070.2497
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0030.0212240
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr2.40633137
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded26.97153091
LS精密化 シェル解像度: 2.904→2.98 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.384 31 -
Rwork0.259 635 -
all-666 -
obs--99.85 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.168-0.3539-0.12741.33-0.15110.3980.0016-0.00970.0090.01660.003-0.0171-0.01040.0214-0.00460.0181-0.0071-0.00010.05740.00550.084560.57038.725-7.8968
20.7537-0.2155-0.25751.6760.35940.56140.0442-0.1094-0.0337-0.04380.0307-0.063-0.02480.0315-0.07480.0048-0.00360.0050.0373-0.00330.050938.221824.56498.3998
31.2246-0.63170.72311.2661-0.51441.3489-0.03730.08470.008-0.11630.0129-0.05890.10810.03720.02440.0343-0.01150.00590.00960.00050.043446.2131-5.37295.7065
40.4637-0.0054-0.62020.9388-0.33931.07450.0316-0.02190.05060.0727-0.0447-0.1414-0.1254-0.02680.01310.03460.0264-0.01080.0478-0.02110.08430.042514.3563-11.3006
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 107
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 105
3X-RAY DIFFRACTION3C4 - 109
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 106

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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