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- PDB-5wts: Green fluorescent protein linked MTide-02 inhibitor in complex wi... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wts
タイトルGreen fluorescent protein linked MTide-02 inhibitor in complex with mdm2
要素
  • E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
  • Green fluorescent protein linked MTide-02
キーワードFLUORESCENT PROTEIN/INHIBITOR / FLUORESCENT PROTEIN-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding ...cellular response to vitamin B1 / response to formaldehyde / response to water-immersion restraint stress / traversing start control point of mitotic cell cycle / negative regulation of intrinsic apoptotic signaling pathway by p53 class mediator / response to ether / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / fibroblast activation / atrial septum development / receptor serine/threonine kinase binding / Trafficking of AMPA receptors / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell migration / peroxisome proliferator activated receptor binding / SUMO transferase activity / negative regulation of protein processing / response to steroid hormone / NEDD8 ligase activity / response to iron ion / AKT phosphorylates targets in the cytosol / cellular response to peptide hormone stimulus / atrioventricular valve morphogenesis / ventricular septum development / endocardial cushion morphogenesis / positive regulation of muscle cell differentiation / SUMOylation of ubiquitinylation proteins / cellular response to alkaloid / regulation of protein catabolic process / blood vessel development / cardiac septum morphogenesis / ligase activity / Constitutive Signaling by AKT1 E17K in Cancer / negative regulation of DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator / response to magnesium ion / SUMOylation of transcription factors / protein sumoylation / protein localization to nucleus / cellular response to UV-C / blood vessel remodeling / cellular response to estrogen stimulus / protein autoubiquitination / cellular response to actinomycin D / ribonucleoprotein complex binding / positive regulation of vascular associated smooth muscle cell proliferation / DNA damage response, signal transduction by p53 class mediator resulting in cell cycle arrest / NPAS4 regulates expression of target genes / transcription repressor complex / regulation of heart rate / positive regulation of mitotic cell cycle / positive regulation of protein export from nucleus / proteolysis involved in protein catabolic process / response to cocaine / ubiquitin binding / Stabilization of p53 / Regulation of RUNX3 expression and activity / protein destabilization / RING-type E3 ubiquitin transferase / establishment of protein localization / Oncogene Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Methylation / response to toxic substance / cellular response to gamma radiation / cellular response to growth factor stimulus / cellular response to hydrogen peroxide / protein polyubiquitination / ubiquitin-protein transferase activity / disordered domain specific binding / endocytic vesicle membrane / ubiquitin protein ligase activity / Signaling by ALK fusions and activated point mutants / Regulation of TP53 Degradation / p53 binding / positive regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / negative regulation of neuron projection development / cellular response to hypoxia / 5S rRNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / regulation of gene expression / protein-containing complex assembly / proteasome-mediated ubiquitin-dependent protein catabolic process / Oxidative Stress Induced Senescence / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / amyloid fibril formation / regulation of cell cycle / Ub-specific processing proteases / protein ubiquitination / response to xenobiotic stimulus / protein domain specific binding / response to antibiotic / negative regulation of DNA-templated transcription / ubiquitin protein ligase binding / positive regulation of cell population proliferation / positive regulation of gene expression / nucleolus / negative regulation of apoptotic process / apoptotic process / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / enzyme binding / protein-containing complex / zinc ion binding / nucleoplasm
類似検索 - 分子機能
MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others ...MDM2 / SWIB/MDM2 domain / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / MDM2, modified RING finger, HC subclass / p53 negative regulator Mdm2/Mdm4 / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain / SWIB/MDM2 domain profile. / SWIB/MDM2 domain superfamily / Zn-finger in Ran binding protein and others / Zinc finger, C3HC4 type (RING finger) / Zinc finger RanBP2 type profile. / Zinc finger RanBP2-type signature. / Zinc finger, RanBP2-type superfamily / Zinc finger, RanBP2-type / Zinc finger RING-type profile. / Zinc finger, RING-type / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHATE ION / E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
類似検索 - 構成要素
生物種Aequorea victoria (オワンクラゲ)
Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.004 Å
データ登録者Wongsantichon, J. / Robinson, R.C. / Ghadessy, F.J.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Green fluorescent protein linked peptide inhibitor PMI in complex with mdm2
著者: Chee, S.M.Q. / Wongsantichon, J. / Sana, B. / Robinson, R.C. / Ghadessy, F.J.
履歴
登録2016年12月14日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月12日Group: Data collection / Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.22019年11月6日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: entity / struct / struct_keywords
Item: _entity.pdbx_description / _struct.title / _struct_keywords.text
改定 1.32020年11月18日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 1.42020年11月25日Group: Database references / Derived calculations ...Database references / Derived calculations / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: entity / entity_src_gen ...entity / entity_src_gen / pdbx_struct_mod_residue / struct_keywords / struct_ref / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif
Item: _entity.pdbx_ec / _struct_keywords.pdbx_keywords ..._entity.pdbx_ec / _struct_keywords.pdbx_keywords / _struct_keywords.text / _struct_ref_seq_dif.align_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Green fluorescent protein linked MTide-02
B: E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,6426
ポリマ－54,1662
非ポリマー4764
水1267
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1910 Å2
ΔGint-26 kcal/mol
Surface area22280 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)51.766, 98.422, 218.988
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

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抗体 / タンパク質 , 2種, 2分子 AB

#1: 抗体 Green fluorescent protein linked MTide-02


分子量: 40416.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ), (組換発現) Camelus dromedarius (ヒトコブラクダ)
遺伝子: GFP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: タンパク質 E3 ubiquitin-protein ligase Mdm2 / Double minute 2 protein / Hdm2 / Oncoprotein Mdm2 / p53-binding protein Mdm2


分子量: 13749.694 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 6-125 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MDM2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q00987, RING-type E3 ubiquitin transferase

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非ポリマー , 4種, 11分子

#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#5: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

配列の詳細THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT ...THE SEQUENCE OF THIS PROTEIN WAS NOT AVAILABLE AT THE UNIPROT KNOWLEDGEBASE DATABASE (UNIPROTKB) AT THE TIME OF DEPOSITION. THIS IS AN ENGINEERED CONSTRUCT OF VSFGFP (PDB:4PFE) WITH 12-MER PMI INHIBITOR INSERTION, BASICALLY REPLACING RESIDUES 230-231 (AQ) WITH (TTSFAEYWALLS).

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.23 %
結晶化温度: 288 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.2M sodium chloride, 0.1M Bis-Tris, 25% PEG3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: NSRRC / ビームライン: BL13B1 / 波長: 1 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3→20.007 Å / Num. obs: 11255 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.088 / Rsym value: 0.065 / Net I/σ(I): 14.25
反射 シェル解像度: 3→3.05 Å / 冗長度: 4.2 % / Rmerge(I) obs: 0.401 / Mean I/σ(I) obs: 2.21 / CC1/2: 0.887 / % possible all: 92.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.004→20.007 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 24.01 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2442 527 4.99 %
Rwork0.204 --
obs0.2061 10564 91.35 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.004→20.007 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3558 0 29 7 3594
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0023673
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.4734964
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.3422176
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.041538
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.002635
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.0038-3.30490.28551100.25611943X-RAY DIFFRACTION73
3.3049-3.78030.26681300.23472661X-RAY DIFFRACTION98
3.7803-4.75220.21291370.18172709X-RAY DIFFRACTION98
4.7522-20.00770.24651500.19042724X-RAY DIFFRACTION96
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.20580.61220.64051.95170.01541.20870.1531-0.1570.10860.70670.0909-0.4875-0.2410.5694-0.21360.5738-0.1839-0.07050.48230.00420.5525.2039-18.257-28.7604
21.2751-0.68-0.39380.77450.74692.06380.0564-0.14020.45190.85730.0992-0.1181-0.4790.1966-0.10810.8296-0.19690.08180.3645-0.020.534917.6894-13.0967-27.6812
31.7078-0.1445-0.87741.2581-0.01520.61440.0497-0.11540.2210.7624-0.1106-0.0632-0.43450.4150.12950.6477-0.1108-0.01330.35550.01320.420616.0958-21.7996-29.6887
40.0716-0.2209-0.27011.03620.38181.5009-0.022-0.2809-0.02891.0384-0.23220.32110.0865-0.26780.10860.6453-0.08750.11760.5721-0.05130.36691.0905-40.6002-19.3061
51.7116-0.1168-0.29791.83640.01762.2502-0.24930.12840.07080.0401-0.06030.08190.0735-0.34330.24811.1728-0.04340.10310.5197-0.02540.30352.0096-33.1769-11.8575
60.0064-0.0070.004-0.0004-0.00280.0057-0.04140.2536-0.04010.2441-0.0425-0.17270.0114-0.00440.07470.82890.08130.01390.91530.13540.5442-12.3238-53.6658-19.8962
70.4220.01690.54130.03750.05350.7154-0.02940.1274-0.2654-0.09640.14340.02390.1216-0.0936-0.00840.0398-0.1328-0.14250.58240.27870.7503-17.0697-51.1207-45.1024
81.05940.0174-0.04490.64050.04881.5105-0.00020.03530.5002-0.17250.31330.1711-0.6095-0.06690.0611-0.26640.0617-0.00620.35070.07770.4895-5.1539-40.9042-47.258
92.66541.7993-1.39182.999-0.95310.85890.0919-0.53170.14590.2097-0.0117-0.0988-0.16860.0365-0.01950.29080.22840.07580.651-0.0190.6764-15.1032-38.882-37.8653
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 81 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 82 through 147 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 148 through 232 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 233 through 273 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 274 through 354 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 12 through 24 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 25 through 46 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 47 through 92 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 93 through 107 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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