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- PDB-5wtq: Crystal structure of human proteasome-assembling chaperone PAC4 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wtq
タイトルCrystal structure of human proteasome-assembling chaperone PAC4
要素Proteasome assembly chaperone 4
キーワードCHAPERONE / PROTEASOME ASSEMBLY CHAPERONE / TRANSFERASE
機能・相同性Proteasome assembly chaperone 4 / Proteasome assembly chaperone 4 / proteasome assembly / protein-containing complex binding / protein-containing complex / NICKEL (II) ION / Proteasome assembly chaperone 4
機能・相同性情報
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Kurimoto, E. / Satoh, T. / Ito, Y. / Ishihara, E. / Tanaka, K. / Kato, K.
資金援助 日本, 1件
組織認可番号国
JSPS KAKENHI15H02491, 25102008 日本
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2017
タイトル: Crystal structure of human proteasome assembly chaperone PAC4 involved in proteasome formation
著者: Kurimoto, E. / Satoh, T. / Ito, Y. / Ishihara, E. / Okamoto, K. / Yagi-Utsumi, M. / Tanaka, K. / Kato, K.
履歴
登録2016年12月13日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年3月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年5月24日Group: Database references
改定 1.22024年3月20日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Proteasome assembly chaperone 4
B: Proteasome assembly chaperone 4
C: Proteasome assembly chaperone 4
D: Proteasome assembly chaperone 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)56,60012
ポリマ－56,2234
非ポリマー3778
水5,170287
1
A: Proteasome assembly chaperone 4
B: Proteasome assembly chaperone 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,3357
ポリマ－28,1122
非ポリマー2245
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4560 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area11340 Å2
手法PISA
2
C: Proteasome assembly chaperone 4
D: Proteasome assembly chaperone 4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2655
ポリマ－28,1122
非ポリマー1533
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4460 Å2
ΔGint-58 kcal/mol
Surface area10970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)72.548, 152.779, 212.911
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number22
Space group name H-MF222
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11D-377-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / End auth comp-ID: PHE / End label comp-ID: PHE / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11VALVALAA12 - 12315 - 126
21VALVALBB12 - 12315 - 126
12ASPASPAA11 - 12314 - 126
22ASPASPCC11 - 12314 - 126
13VALVALAA12 - 12315 - 126
23VALVALDD12 - 12315 - 126
14VALVALBB12 - 12315 - 126
24VALVALCC12 - 12315 - 126
15VALVALBB12 - 12315 - 126
25VALVALDD12 - 12315 - 126
16VALVALCC12 - 12315 - 126
26VALVALDD12 - 12315 - 126

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Proteasome assembly chaperone 4 / hPAC4


分子量: 14055.859 Da / 分子数: 4 / 変異: C55S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PSMG4, C6orf86, PAC4 / プラスミド: pET-28b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5JS54
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 287 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.62 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 1.0 M lithium sulfate, 0.1 M Tris-HCl (pH 8.5), and 10 mM nickel chloride

-
データ収集

回折平均測定温度: 95 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年7月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→50 Å / Num. obs: 46618 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.087 / Net I/σ(I): 42
反射 シェル解像度: 1.9→1.93 Å / 冗長度: 7.5 % / Rmerge(I) obs: 0.8 / Mean I/σ(I) obs: 3.3 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.9→20 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.958 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.942 / SU B: 4.073 / SU ML: 0.115 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.142 / ESU R Free: 0.143 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.254 2329 5 %RANDOM
Rwork0.204 ---
obs0.207 44143 99.57 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 45.659 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.53 Å20 Å20 Å2
2--3.55 Å20 Å2
3----0.02 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.9→20 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3468 0 8 287 3763
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0193537
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.023388
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8681.9364790
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.03937742
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.8625425
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg40.20523.593167
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.60515606
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.1261525
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2559
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.023950
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02871
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it4.9654.1791724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other4.9574.1771723
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it6.7596.2222141
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other6.7636.2222142
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.774.7681809
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.774.7661809
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.5826.9352647
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.08749.5953849
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.149.2283786
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A60940.12
12B60940.12
21A61300.1
22C61300.1
31A61300.13
32D61300.13
41B58260.12
42C58260.12
51B63760.09
52D63760.09
61C58860.13
62D58860.13
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.949 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.32 162 -
Rwork0.294 3155 -
obs--98.37 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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