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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wti | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the CRISPR-associated protein in complex with crRNA and DNA | ||||||
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![]() | Hydrolase/DNA/RNA / CRISPR / RNA / DNA / Hydrolase-DNA-RNA complex | ||||||
機能・相同性 | DNA / DNA (> 10) / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / Uncharacterized protein![]() | ||||||
生物種 | ![]() RNA transcription vector pBRDI1 (その他) ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Wu, D. / Guan, X. / Zhu, Y. / Huang, Z. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: Structural basis of stringent PAM recognition by CRISPR-C2c1 in complex with sgRNA 著者: Wu, D. / Guan, X. / Zhu, Y. / Ren, K. / Huang, Z. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 298.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 237.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 471.7 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 489 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 40.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 58.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
-DNA鎖 , 2種, 2分子 EH
#1: DNA鎖 | 分子量: 8782.688 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
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#2: DNA鎖 | 分子量: 3709.413 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) ![]() |
-タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 2分子 ZB
#3: タンパク質 | 分子量: 130567.469 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() 遺伝子: B4166_3744, B4167_2499 / 発現宿主: ![]() ![]() |
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#4: RNA鎖 | 分子量: 39656.391 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) RNA transcription vector pBRDI1 (その他) 発現宿主: RNA transcription vector pBRDI1 (その他) |
-非ポリマー , 2種, 133分子 ![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#5: 化合物 | ChemComp-MG / #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.78 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.78 % |
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結晶化 | 温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6 詳細: 0.08 M Strontium chloride hexahydrate, 0.04 M Sodium cacodylate trihydrate, 35% v/v (+/-)-2-Methyl-2,4-pentanediol, 0.012 M Spermine tetrahydrochloride |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月29日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9785 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.6→50 Å / Num. obs: 86779 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 7 % / Net I/σ(I): 23.3 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]()
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.682→19.91 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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