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- PDB-5wtb: Complex Structure of Staphylococcus aureus SdrE with human comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wtb
タイトルComplex Structure of Staphylococcus aureus SdrE with human complement factor H
要素
  • Peptide from Complement factor H
  • Serine-aspartate repeat-containing protein E
キーワードCELL ADHESION / Staphylococcus aureus / Sdr family / complement factor H / complement evasion
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade ...regulation of complement activation, alternative pathway / symbiont cell surface / regulation of complement-dependent cytotoxicity / complement component C3b binding / regulation of complement activation / heparan sulfate proteoglycan binding / serine-type endopeptidase complex / complement activation / complement activation, alternative pathway / Regulation of Complement cascade / heparin binding / blood microparticle / cell adhesion / proteolysis / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / : / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / : ...SD-repeat containing protein, B domain / SdrD B-like domain / : / Fibrinogen-binding domain 2 / C-terminus of bacterial fibrinogen-binding adhesin / Immunoglobulin-like - #1290 / SDR-like Ig domain / Bacterial Ig domain / Immunoglobulin-like - #1280 / : / Fibrogen-binding domain 1 / Adhesion domain superfamily / YSIRK type signal peptide / Sushi repeat (SCR repeat) / Domain abundant in complement control proteins; SUSHI repeat; short complement-like repeat (SCR) / Sushi/SCR/CCP domain / Sushi/CCP/SCR domain profile. / Sushi/SCR/CCP superfamily / YSIRK Gram-positive signal peptide / LPXTG cell wall anchor motif / Gram-positive cocci surface proteins LPxTG motif profile. / LPXTG cell wall anchor domain / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Complement factor H / Serine-aspartate repeat-containing protein E
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.3 Å
データ登録者Wu, M. / Zhang, Y. / Hang, T. / Wang, C. / Yang, Y. / Zang, J. / Zhang, M. / Zhang, X.
引用ジャーナル: Biochem. J. / 年: 2017
タイトル: Staphylococcus aureus SdrE captures complement factor H's C-terminus via a novel 'close, dock, lock and latch' mechanism for complement evasion
著者: Zhang, Y. / Wu, M. / Hang, T. / Wang, C. / Yang, Y. / Pan, W. / Zang, J. / Zhang, M. / Zhang, X.
履歴
登録2016年12月10日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年7月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年11月8日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: Serine-aspartate repeat-containing protein E
A: Serine-aspartate repeat-containing protein E
B: Serine-aspartate repeat-containing protein E
C: Serine-aspartate repeat-containing protein E
E: Peptide from Complement factor H
F: Peptide from Complement factor H
G: Peptide from Complement factor H
H: Peptide from Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,8248
ポリマ－160,8248
非ポリマー00
水00
1
D: Serine-aspartate repeat-containing protein E
H: Peptide from Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2062
ポリマ－40,2062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2240 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area15710 Å2
手法PISA
2
A: Serine-aspartate repeat-containing protein E
E: Peptide from Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2062
ポリマ－40,2062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-8 kcal/mol
Surface area15800 Å2
手法PISA
3
B: Serine-aspartate repeat-containing protein E
F: Peptide from Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2062
ポリマ－40,2062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15540 Å2
手法PISA
4
C: Serine-aspartate repeat-containing protein E
G: Peptide from Complement factor H


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)40,2062
ポリマ－40,2062
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1710 Å2
ΔGint-2 kcal/mol
Surface area15940 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)117.500, 117.500, 154.390
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Serine-aspartate repeat-containing protein E


分子量: 37694.152 Da / 分子数: 4 / 断片: ligand binding A-domain, UNP residues 270-599 / 変異: I489M / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (strain Mu50 / ATCC 700699) (黄色ブドウ球菌)
株: Mu50 / ATCC 700699 / 遺伝子: sdrE, SAV0563 / プラスミド: pET22b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: Q932F7
#2: タンパク質・ペプチド
Peptide from Complement factor H / H factor 1


分子量: 2511.836 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 1206-1226 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P08603

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 64.41 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 0.1M HEPES sodium pH 7.5, 0.2M Magnesium chloride, 30% PEG 400 (v/v)

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.9779 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年3月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9779 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.3→49.79 Å / Num. obs: 31291 / % possible obs: 96.1 % / 冗長度: 2.8 % / Rsym value: 0.1 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル解像度: 3.3→3.48 Å / 冗長度: 2.8 % / Mean I/σ(I) obs: 1.9 / Num. measured obs: 4613 / Rsym value: 0.56 / % possible all: 97.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.7.0032精密化
iMOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1R17

1r17


解像度: 3.3→49.79 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.925 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.886 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.568 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.28097 1580 5.1 %RANDOM
Rwork0.22189 ---
obs0.22483 29695 95.22 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 89.516 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--3.02 Å20 Å2-0 Å2
2---3.51 Å20 Å2
3---6.52 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 3.3→49.79 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10427 0 0 0 10427
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0210589
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d00.029770
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3711.94614360
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg3.726322587
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.54151315
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.59426.525518
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg19.009151843
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg20.2351524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.21653
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.0212163
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.022297
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it5.7368.9545305
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other5.7348.9545304
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it8.79413.4226605
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other8.79313.4226606
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.5159.2145284
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.5159.2145285
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other8.60713.7287756
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined11.53770.80611770
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other11.53670.80811771
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 3.3→3.386 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.359 124 -
Rwork0.326 2225 -
obs--97.67 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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