PDB-5wrw: Structure of human apo-SRP72

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wrw

タイトル

Structure of human apo-SRP72

要素

Signal recognition particle subunit SRP72

キーワード

PROTEIN TRANSPORT / Complex / human / SRP72 / SRP68 / signal recognition particle

機能・相同性

機能・相同性情報

signal recognition particle, endoplasmic reticulum targeting / signal recognition particle binding / signal recognition particle / 7S RNA binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / TPR domain binding / SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane / endoplasmic reticulum / RNA binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.91 Å

データ登録者

Gao, Y. / Chen, Z.

引用

ジャーナル: J Mol Cell Biol / 年: 2017
タイトル: Human apo-SRP72 and SRP68/72 complex structures reveal the molecular basis of protein translocation
著者: Gao, Y. / Zhang, Q. / Lang, Y. / Liu, Y. / Dong, X. / Chen, Z. / Tian, W. / Tang, J. / Wu, W. / Tong, Y. / Chen, Z.

履歴

登録	2016年12月4日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2017年6月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2017年7月5日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.country / _citation.journal_volume ..._citation.country / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2023年11月8日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wrw.cif.gz	165.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wrw.ent.gz	132.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wrw.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wrw_validation.pdf.gz	490.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wrw_full_validation.pdf.gz	499.8 KB	表示
XML形式データ	5wrw_validation.xml.gz	28.3 KB	表示
CIF形式データ	5wrw_validation.cif.gz	38.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wrw ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wrw	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wrvSC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3gvo-d 4p2m-2 1m8x-1 2o25-2 3q0l-2 3q0p-1 1m8x-2 5kla-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#141 - 2011年9月 O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase) 類似性 (5) #60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #230 - 2019年2月開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E) 類似性 (5) #266 - 2022年2月オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase) 類似性 (1) #166 - 2013年10月プロテアソーム (Proteasome) 類似性 (3) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#141 - 2011年9月
O-GlcNAc転移酵素 (O-GlcNAc Transferase)
類似性 (5)
#60 - 2004年12月
ユビキチン (Ubiquitin)
類似性 (1)
#230 - 2019年2月
開始因子eIF4E (Initiation Factor eIF4E)
類似性 (5)
#266 - 2022年2月
オリゴ糖転移酵素 (Oligosaccharyltransferase)
類似性 (1)
#166 - 2013年10月
プロテアソーム (Proteasome)
類似性 (3)
#234 - 2019年6月
MDM2とがん (MDM2 and Cancer)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Signal recognition particle subunit SRP72

B: Signal recognition particle subunit SRP72

C: Signal recognition particle subunit SRP72

D: Signal recognition particle subunit SRP72

E: Signal recognition particle subunit SRP72

F: Signal recognition particle subunit SRP72

ヘテロ分子

111 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Signal recognition particle subunit SRP72

B: Signal recognition particle subunit SRP72

登録者が定義した集合体
37 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Signal recognition particle subunit SRP72

D: Signal recognition particle subunit SRP72

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

E: Signal recognition particle subunit SRP72

F: Signal recognition particle subunit SRP72

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
37.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	83.435, 123.715, 150.723
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Signal recognition particle subunit SRP72 / SRP72 / Signal recognition particle 72 kDa protein 分子量: 18478.736 Da / 分子数: 6 / 断片: UNP residues 1-163 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SRP72 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O76094
#2: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 89 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.51 Å³/Da / 溶媒含有率: 64.94 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: (NH4)2SO4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 0.9792 Å
検出器	タイプ: RIGAKU / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.91→50 Å / Num. obs: 35059 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.8 % / R_sym value: 0.098 / Net I/σ(I): 26.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0135	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5WRV

5wrv

解像度: 2.91→50.01 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.93 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.925 / SU B: 13.986 / SU ML: 0.258 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.598 / ESU R Free: 0.342 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2664	1719	4.9 %	RANDOM
R_work	0.23194	-	-	-
obs	0.23371	33221	99.92 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 93.944 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	4.41 Å²	0 Å²	-0 Å²
2-	-	-3.21 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.2 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.91→50.01 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6143	0	10	89	6242

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	6241
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	5936
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.2	1.953	8462
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.942	3	13521
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.666	5	776
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	38.611	24.677	310
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.856	15	1084
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.454	15	44
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.063	0.2	991
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	7201
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	1491
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	4.828	9.804	3116
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	4.828	9.805	3115
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.774	14.698	3885
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.774	14.698	3886
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.214	9.602	3125
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.203	9.603	3118
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.914	14.388	4565
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	10.431	74.332	7066
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	10.422	74.344	7057
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.91→2.985 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.321	129	-
R_work	0.299	2418	-
obs	-	-	100 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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