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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 5wrh | ||||||
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タイトル | FlgG structure based on the CryoEM map of the bacterial flagellar polyrod | ||||||
要素 | Flagellar basal-body rod protein FlgG | ||||||
キーワード | MOTOR PROTEIN / the bacterial flagellar motor | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 bacterial-type flagellum basal body, distal rod / bacterial-type flagellum-dependent swarming motility 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Salmonella typhimurium (サルモネラ菌) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 7.4 Å | ||||||
データ登録者 | Fujii, T. / Namba, K. | ||||||
引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2017 タイトル: Identical folds used for distinct mechanical functions of the bacterial flagellar rod and hook. 著者: Takashi Fujii / Takayuki Kato / Koichi D Hiraoka / Tomoko Miyata / Tohru Minamino / Fabienne F V Chevance / Kelly T Hughes / Keiichi Namba / 要旨: The bacterial flagellum is a motile organelle driven by a rotary motor, and its axial portions function as a drive shaft (rod), a universal joint (hook) and a helical propeller (filament). The rod ...The bacterial flagellum is a motile organelle driven by a rotary motor, and its axial portions function as a drive shaft (rod), a universal joint (hook) and a helical propeller (filament). The rod and hook are directly connected to each other, with their subunit proteins FlgG and FlgE having 39% sequence identity, but show distinct mechanical properties; the rod is straight and rigid as a drive shaft whereas the hook is flexible in bending as a universal joint. Here we report the structure of the rod and comparison with that of the hook. While these two structures have the same helical symmetry and repeat distance and nearly identical folds of corresponding domains, the domain orientations differ by ∼7°, resulting in tight and loose axial subunit packing in the rod and hook, respectively, conferring the rigidity on the rod and flexibility on the hook. This provides a good example of versatile use of a protein structure in biological organisms. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
ムービー |
ムービービューア |
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構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 5wrh.cif.gz | 40.6 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb5wrh.ent.gz | 29.6 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 5wrh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 5wrh_validation.pdf.gz | 708.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 5wrh_full_validation.pdf.gz | 738.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | 5wrh_validation.xml.gz | 18.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 5wrh_validation.cif.gz | 24.5 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wrh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wr/5wrh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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| x 22
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対称性 | らせん対称: (回転対称性: 1 / Dyad axis: no / N subunits divisor: 1 / Num. of operations: 22 / Rise per n subunits: 4.13 Å / Rotation per n subunits: 64.723 °) |
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 27784.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) 株: LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720 / 参照: UniProt: P0A1J3 |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: FILAMENT / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: the bacterial flagellar polyrod / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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由来(天然) | 生物種: Salmonella typhimurium (strain LT2 / SGSC1412 / ATCC 700720) (サルモネラ菌) |
緩衝液 | pH: 8 |
試料 | 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
顕微鏡 | モデル: JEOL 3200FSC |
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電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 200 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD |
撮影 | 電子線照射量: 20 e/Å2 フィルム・検出器のモデル: TVIPS TEMCAM-F415 (4k x 4k) |
-解析
CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION |
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らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 64.75 ° / 軸方向距離/サブユニット: 4.13 Å / らせん対称軸の対称性: C1 |
3次元再構成 | 解像度: 7.4 Å / 解像度の算出法: FSC 0.5 CUT-OFF / 粒子像の数: 10645 / 対称性のタイプ: HELICAL |