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- PDB-5wpz: Crystal structure of MNDA PYD with MBP tag -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wpz
タイトルCrystal structure of MNDA PYD with MBP tag
要素MBP-hMNDA-PYD
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / death fold / MBP tag / crystallization tag
機能・相同性
機能・相同性情報


detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis ...detection of maltose stimulus / maltose transport complex / carbohydrate transport / carbohydrate transmembrane transporter activity / maltose binding / maltose transport / maltodextrin transmembrane transport / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex, substrate-binding subunit-containing / ATP-binding cassette (ABC) transporter complex / cell chemotaxis / outer membrane-bounded periplasmic space / periplasmic space / DNA damage response / membrane
類似検索 - 分子機能
Death Domain, Fas / Death Domain, Fas / PAAD/DAPIN/Pyrin domain / Maltose/Cyclodextrin ABC transporter, substrate-binding protein / Solute-binding family 1, conserved site / Bacterial extracellular solute-binding proteins, family 1 signature. / Bacterial extracellular solute-binding protein / Bacterial extracellular solute-binding protein / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
alpha-maltose / Maltose/maltodextrin-binding periplasmic protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2 Å
データ登録者Jin, T.C. / Xiao, T.S.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2017
タイトル: Design of an expression system to enhance MBP-mediated crystallization
著者: Jin, T.C. / Chuenchor, W. / Jiang, J. / Cheng, J. / Li, Y. / Fang, K. / Huang, M. / Smith, P. / Xiao, T.S.
履歴
登録2016年11月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02017年2月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / entity_name_com / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_molecule_features / pdbx_nonpoly_scheme / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.id / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.type
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年11月8日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MBP-hMNDA-PYD
B: MBP-hMNDA-PYD
C: MBP-hMNDA-PYD
D: MBP-hMNDA-PYD
E: MBP-hMNDA-PYD
F: MBP-hMNDA-PYD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)318,88012
ポリマ－316,8266
非ポリマー2,0546
水20,5731142
1
A: MBP-hMNDA-PYD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1472
ポリマ－52,8041
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: MBP-hMNDA-PYD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1472
ポリマ－52,8041
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: MBP-hMNDA-PYD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1472
ポリマ－52,8041
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: MBP-hMNDA-PYD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1472
ポリマ－52,8041
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
5
E: MBP-hMNDA-PYD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1472
ポリマ－52,8041
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
6
F: MBP-hMNDA-PYD
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,1472
ポリマ－52,8041
非ポリマー3421
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)192.150, 235.610, 73.760
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number18
Space group name H-MP21212

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要素

#1: タンパク質
MBP-hMNDA-PYD


分子量: 52804.348 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0AEX9*PLUS
#2: 多糖
alpha-D-glucopyranose-(1-4)-alpha-D-glucopyranose / alpha-maltose


タイプ: oligosaccharide, Oligosaccharide / クラス: 栄養素 / 分子量: 342.297 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: oligosaccharide / 参照: alpha-maltose
記述子タイププログラム
DGlcpa1-4DGlcpa1-ROHGlycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/1,2,1/[a2122h-1a_1-5]/1-1/a4-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][a-D-Glcp]{[(4+1)][a-D-Glcp]{}}LINUCSPDB-CARE
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.63 Å3/Da / 溶媒含有率: 53.32 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 / 詳細: 15% PEG 4000, 0.2M NH4Ac, 0.1M NaAc, pH 5.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-D / 波長: 1.0332 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年11月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.0332 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2→50 Å / Num. obs: 201859 / % possible obs: 89 % / 冗長度: 13.6 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 20.4
反射 シェル解像度: 2→2.12 Å / 冗長度: 12.4 % / Mean I/σ(I) obs: 3.4 / CC1/2: 0.937 / % possible all: 53.4

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(dev_2481: ???)精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4IFP

4ifp


解像度: 2→48.361 Å / SU ML: 0.3 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 34.88
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2688 10003 4.96 %
Rwork0.2206 --
obs0.223 201675 88.97 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2→48.361 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数21442 0 138 1142 22722
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00322138
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5730011
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.20217629
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043349
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0043831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.9981-2.02080.38781840.31513159X-RAY DIFFRACTION45
2.0208-2.04450.3582060.28853557X-RAY DIFFRACTION50
2.0445-2.06950.35581900.28963832X-RAY DIFFRACTION54
2.0695-2.09570.37852110.30134115X-RAY DIFFRACTION58
2.0957-2.12320.32832220.29294472X-RAY DIFFRACTION63
2.1232-2.15230.36482600.28254731X-RAY DIFFRACTION67
2.1523-2.18310.31712600.27375240X-RAY DIFFRACTION73
2.1831-2.21570.32462860.25995742X-RAY DIFFRACTION81
2.2157-2.25030.33993230.2686601X-RAY DIFFRACTION92
2.2503-2.28720.31493560.26997099X-RAY DIFFRACTION99
2.2872-2.32660.32373620.25536968X-RAY DIFFRACTION98
2.3266-2.36890.31033890.25257026X-RAY DIFFRACTION99
2.3689-2.41450.30223580.25327040X-RAY DIFFRACTION99
2.4145-2.46380.30813810.25257049X-RAY DIFFRACTION98
2.4638-2.51730.30163260.25567132X-RAY DIFFRACTION100
2.5173-2.57590.2983740.25947033X-RAY DIFFRACTION98
2.5759-2.64030.31233910.26217092X-RAY DIFFRACTION99
2.6403-2.71170.32623750.25567097X-RAY DIFFRACTION100
2.7117-2.79150.31973670.26077079X-RAY DIFFRACTION99
2.7915-2.88160.29073530.26527103X-RAY DIFFRACTION99
2.8816-2.98450.30943830.26227151X-RAY DIFFRACTION99
2.9845-3.1040.29283550.24487163X-RAY DIFFRACTION99
3.104-3.24520.31093840.24557117X-RAY DIFFRACTION99
3.2452-3.41630.29314040.23297150X-RAY DIFFRACTION100
3.4163-3.63030.27624350.2137152X-RAY DIFFRACTION100
3.6303-3.91050.24833320.19957268X-RAY DIFFRACTION100
3.9105-4.30380.21263710.17737250X-RAY DIFFRACTION100
4.3038-4.9260.21123710.15357302X-RAY DIFFRACTION100
4.926-6.20420.19833980.17267354X-RAY DIFFRACTION100
6.2042-48.37560.18153960.1597598X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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