PDB-5wop: High Resolution Structure of Mutant CA09-PB2cap

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wop

タイトル

High Resolution Structure of Mutant CA09-PB2cap

要素

Polymerase PB2

キーワード

TRANSCRIPTION / Polymerase Basic Protein 2 / Cap-Snatching / RNA Polymerase / Influenza / Cap-Binding Domain / Structural Genomics

機能・相同性

機能・相同性情報

cap snatching / symbiont-mediated suppression of host mRNA transcription via inhibition of RNA polymerase II activity / 7-methylguanosine mRNA capping / virion component / host cell nucleus
類似検索 - 分子機能

生物種

Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Constantinides, A.E. / Gumpper, R.H. / Severin, C. / Luo, M.

引用

ジャーナル: Acta Crystallogr F Struct Biol Commun / 年: 2018
タイトル: High-resolution structure of the Influenza A virus PB2cap binding domain illuminates the changes induced by ligand binding.
著者: Constantinides, A. / Gumpper, R. / Severin, C. / Luo, M.

履歴

登録	2017年8月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
改定 1.2	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wop.cif.gz	272.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wop.ent.gz	220 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wop.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wop_validation.pdf.gz	446.8 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wop_full_validation.pdf.gz	448.8 KB	表示
XML形式データ	5wop_validation.xml.gz	18.3 KB	表示
CIF形式データ	5wop_validation.cif.gz	26.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/5wop ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wo/5wop	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5eg7S 4enf S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	4km0-2 4x52-3 4ma6-1 5eg9-1 6awt-1 4kne-2 3bfk-4 1kui-d 6wl5-4 4cb7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#40 - 2003年4月 RNAポリメラーゼ (RNA Polymerase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Polymerase PB2

B: Polymerase PB2

ヘテロ分子

36 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Polymerase PB2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
18.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Polymerase PB2

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	36.863, 72.429, 61.316
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 103.180, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: タンパク質	Polymerase PB2 / Mutant CA09-PB2cap 分子量: 17837.709 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Influenza A virus (A型インフルエンザウイルス) 遺伝子: PB2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F4MEU3
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 336 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.21 % / 解説: Prism
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5.86 詳細: 0.1 M ammonium acetate, 0.1 M Bis Tris, pH 5.86, 20% PEG8000

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: 100

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月23日

放射

モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 1 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.52→72.43 Å / Num. obs: 47950 / % possible obs: 99.3 % / 冗長度: 3.2 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.063 / R_pim(I) all: 0.042 / R_rim(I) all: 0.076 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	% possible all
1.52-1.55	3.2	0.631	0.809	0.425	0.763	100
8.33-72.43	3	0.026	0.999	0.018	0.031	94.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
Aimless	0.5.15	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MOLREP		位相決定
XDS		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 5EG7

5eg7

解像度: 1.52→39 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.98 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.96 / SU B: 4.059 / SU ML: 0.064 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.087 / ESU R Free: 0.081 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2096	2438	5.1 %	RANDOM
R_work	0.1478	-	-	-
obs	0.1511	45487	99.24 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso max: 142.43 Å² / B_iso mean: 21.183 Å² / B_iso min: 2.33 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.83 Å²	0 Å²	-0.05 Å²
2-	-	-0.97 Å²	-0 Å²
3-	-	-	1.64 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 1.52→39 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2489	0	48	336	2873
B_iso mean	-	-	86.39	31.54	-
残基数	-	-	-	-	318

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.026	0.019	2543
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.013	0.02	2475
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.239	1.966	3396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.197	3	5721
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.865	5	316
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.255	23.091	110
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	12.9	15	493
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.302	15	24
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.155	0.2	385
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.012	0.02	2768
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	528
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	4.137	3	5015
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free	26.663	5	219
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded	13.344	5	5102

LS精密化シェル

解像度: 1.52→1.559 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.335	194	-
R_work	0.273	3369	-
all	-	3563	-
obs	-	-	99.97 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0576	-0.0143	0.0079	0.19	0.0009	0.0012	-0.0014	0.0046	0.0009	0.0013	0.0013	-0.0112	0.0001	-0.0004	0.0001	0.0053	0.0007	0.0061	0.0118	0.0004	0.015	-6.3705	0.1646	28.4877
2	0.0463	-0.0446	0.0123	0.2194	-0.0088	0.0037	-0.0013	0.0037	-0.0016	0.0045	0.0031	-0.0071	0.0002	0.0015	-0.0018	0.0051	0.0004	0.0051	0.0128	-0.0004	0.015	0.5712	1.9374	-1.4207
3	0.001	-0.0033	-0.0004	0.027	-0.0013	0.0037	0.0006	0.0018	-0.0013	0.0026	-0.003	0.0015	0.0006	0.0014	0.0024	0.0048	0.0003	0.0028	0.0128	-0.0001	0.0224	-5.2433	0.886	16.742
4	1.9906	-2.0073	2.3846	2.6286	-2.0675	3.0961	0.1728	0.4226	0.1005	0.0172	-0.2333	-0.0799	0.2039	0.6587	0.0605	0.3375	0.015	0.2652	0.1962	0.0041	0.3925	-5.7071	-2.5935	13.97

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	321 - 761
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	4 - 479
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	1 - 276
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	1 - 6

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)