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- PDB-5wof: 1.65 ANGSTROM STRUCTURE OF THE DYNEIN LIGHT CHAIN 1 FROM PLASMODI... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 5wof
タイトル1.65 ANGSTROM STRUCTURE OF THE DYNEIN LIGHT CHAIN 1 FROM PLASMODIUM FALCIPARUM
要素Dynein light chain 1, putative
キーワードTRANSPORT PROTEIN / STRUCTURAL GENOMICS CONSORTIUM / DYNEIN LIGHT CHAIN / MICROTUBE / MALARIA / SGC
機能・相同性
機能・相同性情報


: / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Neutrophil degranulation / dynein complex / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / microtubule associated complex / microtubule motor activity / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement ...: / HSP90 chaperone cycle for steroid hormone receptors (SHR) in the presence of ligand / Neutrophil degranulation / dynein complex / cytoplasmic dynein complex / dynein light intermediate chain binding / microtubule associated complex / microtubule motor activity / dynein intermediate chain binding / microtubule-based movement / cytoskeletal motor activity / microtubule / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase / Protein Inhibitor Of Neuronal Nitric Oxide Synthase; / Dynein light chain, type 1/2, conserved site / Dynein light chain type 1 signature. / Dynein light chain type 1 / Dynein light chain, type 1/2 / Dynein light chain superfamily / Dynein light chain type 1 / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Dynein light chain
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.65 Å
データ登録者Walker, J.R. / Lew, J. / Amani, M. / Alam, Z. / Wasney, G. / Boulanger, K. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. ...Walker, J.R. / Lew, J. / Amani, M. / Alam, Z. / Wasney, G. / Boulanger, K. / Sundstrom, M. / Arrowsmith, C.H. / Edwards, A.M. / Hui, R. / Botchkarev, A. / Vedadi, M. / Structural Genomics Consortium (SGC)
引用ジャーナル: MOL.BIOCHEM.PARASITOL. / 年: 2007
タイトル: Genome-scale Protein Expression and Structural Biology of Plasmodium Falciparum and Related Apicomplexan Organisms.
著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qui, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. ...著者: Vedadi, M. / Lew, J. / Artz, J. / Amani, M. / Zhao, Y. / Dong, A. / Wasney, G.A. / Gao, M. / Hills, T. / Brokx, S. / Qui, W. / Sharma, S. / Diassiti, A. / Alam, Z. / Melone, M. / Mulichak, A. / Wernimont, A. / Bray, J. / Loppnau, P. / Plotnikova, O. / Newberry, K. / Sundararajan, E. / Houston, S. / Walker, J. / Tempel, W. / Bochkarev, A. / Kozieradzki, I. / Edwards, A. / Arrowsmith, C. / Roos, D. / Kain, K. / Hui, R.
履歴
登録2017年8月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年8月16日ID: 1YO3
改定 1.02017年8月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Dynein light chain 1, putative
B: Dynein light chain 1, putative
C: Dynein light chain 1, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)35,0833
ポリマ－35,0833
非ポリマー00
水5,314295
1
A: Dynein light chain 1, putative
C: Dynein light chain 1, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3882
ポリマ－23,3882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2420 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8610 Å2
手法PISA
2
B: Dynein light chain 1, putative

B: Dynein light chain 1, putative


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)23,3882
ポリマ－23,3882
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area2460 Å2
ΔGint-16 kcal/mol
Surface area8710 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)68.920, 108.088, 43.883
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 115.110, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11C-136-

HOH

21C-188-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Dynein light chain 1, putative


分子量: 11694.237 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
株: isolate 3D7 / 遺伝子: PF3D7_1213600, PFL0660w / プラスミド: PET28-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8I5R9
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.69 % / Mosaicity: 0.347 °
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.8 / 詳細: 18% PEG3350, 0.2M di-ammonium citrate pH 4.8

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU FR-E SUPERBRIGHT / 波長: 1.54178 Å
検出器タイプ: RIGAKU / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2005年1月14日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54178 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 31482 / % possible obs: 90.4 % / 冗長度: 2.78 % / Biso Wilson estimate: 19.04 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.025 / Χ2: 1.505 / Net I/σ(I): 47.5
反射 シェル
解像度 (Å)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
1.65-1.710.0621171.536160.7
1.71-1.780.04930051.411186.6
1.78-1.860.04232031.335192.1
1.86-1.960.03831941.381192.6
1.96-2.080.03432851.405193.8
2.08-2.240.02932881.692195.1
2.241-2.460.02733541.629195.8
2.461-2.820.02533171.643196.3
2.823-3.550.02433641.576195.9
3.555-300.02233551.412195.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
BUSTER2.10.2精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1CMI B

1cmi


解像度: 1.65→27.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / Rfactor Rfree error: 0 / SU R Cruickshank DPI: 0.13 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.107 / SU Rfree Blow DPI: 0.1 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.097
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.203 1577 5.01 %RANDOM
Rwork0.174 ---
obs0.176 31481 90.1 %-
原子変位パラメータBiso max: 75.36 Å2 / Biso mean: 19.51 Å2 / Biso min: 6.08 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.3523 Å20 Å20.4035 Å2
2---1.0037 Å20 Å2
3---0.6514 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.19 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.65→27.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2048 0 0 298 2346
Biso mean---32.05 -
残基数----254
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d977SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes58HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes676HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it4400HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd2SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion294SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact5228SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d4400HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg7935HARMONIC3.80.79
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion5.09
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion13.04
LS精密化 シェル解像度: 1.65→1.7 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 16
Rfactor反射数%反射
Rfree0.224 100 5.44 %
Rwork0.189 1738 -
all0.19 1838 -
obs--56.79 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.0629-0.0968-0.26510.62560.17830.9322-0.0336-0.0756-0.09430.06250.00370.00240.04340.06170.0299-0.03980.02060.0138-0.02150.0215-0.025211.95593.05557.4153
20.8337-0.0556-0.33860.93190.4131.01470.04280.04540.0594-0.0939-0.04450.0122-0.12710.00270.00170.00630.00250.022-0.06890.0049-0.032125.538769.441910.1116
30.4842-0.0804-0.06840.7317-0.10681.2778-0.03080.035-0.0179-0.0135-0.0232-0.07330.01380.13240.054-0.04880.01640.0122-0.01830.018-0.028122.808399.4802-7.34
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1{ A|* }A0 - 83
2X-RAY DIFFRACTION2{ B|* }B-1 - 83
3X-RAY DIFFRACTION3{ C|* }C-1 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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