PDB-5wj3: Crystal structure of green fluorescent protein Clover mutant S147...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wj3

タイトル

Crystal structure of green fluorescent protein Clover mutant S147C/Q204C

要素

Green fluorescent protein

キーワード

FLUORESCENT PROTEIN / clover / GFP / beta barrel

機能・相同性

機能・相同性情報

bioluminescence / generation of precursor metabolites and energy
類似検索 - 分子機能

生物種

Aequorea victoria (オワンクラゲ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.351 Å

データ登録者

Liu, C. / Campbell, B.C. / Petsko, G.A.

引用

ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Crystal Structure of Green Fluorescent Protein Clover and Design of Clover-Based Redox Sensors.
著者: Campbell, B.C. / Petsko, G.A. / Liu, C.F.

履歴

登録	2017年7月21日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.2	2018年1月31日	Group: Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.3	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.5	2023年11月15日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.6	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wj3.cif.gz	213.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wj3.ent.gz	168.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wj3.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	5wj3_validation.pdf.gz	443.7 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	5wj3_full_validation.pdf.gz	447.1 KB	表示
XML形式データ	5wj3_validation.xml.gz	27.4 KB	表示
CIF形式データ	5wj3_validation.cif.gz	42 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wj3 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wj/5wj3	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5wj2C 5wj4C 1qyqS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	7a86-2 2awl-d 6ylq-d 4lw5-4 2okw-6 1eme-d 1emf-d 3evp-d 6n6t-d 7khz-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#174 - 2014年6月 GFP様タンパク質 (GFP-like Proteins) 類似性 (5) #42 - 2003年6月緑色蛍光タンパク質 (Green Fluorescent Protein) 類似性 (5)

登録構造単位

A: Green fluorescent protein

B: Green fluorescent protein

54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Green fluorescent protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Green fluorescent protein

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
27 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	68.620, 82.028, 92.030
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

#1: タンパク質	Green fluorescent protein 分子量: 26997.443 Da / 分子数: 2 変異: S30R, Y39N, Q69A, F99S, N105T, Y145F, S147C, M153T, V163A, T203H, Q204C 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aequorea victoria (オワンクラゲ) 遺伝子: GFP / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P42212
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 741 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.72 % / Mosaicity: 0.291 °
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.5 / 詳細: 100mM Tris, pH 8.5, 50mM MgCl2, 25% PEG3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.98 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年7月17日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.98 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.35→50 Å / Num. obs: 110794 / % possible obs: 97.1 % / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.052 / R_pim(I) all: 0.021 / R_rim(I) all: 0.057 / Χ²: 0.996 / Net I/σ(I): 14.1 / Num. measured all: 788958

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
1.35-1.37	6.9	0.463	0.923	0.187	0.5	0.95	94.7
1.37-1.4	7.1	0.406	0.943	0.162	0.437	0.974	95.6
1.4-1.43	7.1	0.348	0.953	0.139	0.375	1.001	95.7
1.43-1.45	7.1	0.302	0.965	0.12	0.326	1.004	95.8
1.45-1.49	7.1	0.25	0.974	0.1	0.269	1.015	96.1
1.49-1.52	7.1	0.208	0.981	0.083	0.224	0.997	96.3
1.52-1.56	7.2	0.173	0.987	0.069	0.187	0.976	96.5
1.56-1.6	7.2	0.149	0.99	0.059	0.16	0.978	96.9
1.6-1.65	7.2	0.129	0.991	0.051	0.139	1.027	97.1
1.65-1.7	7.2	0.116	0.993	0.046	0.125	0.937	97.3
1.7-1.76	7.2	0.103	0.994	0.041	0.111	1.085	97.6
1.76-1.83	7.2	0.089	0.995	0.035	0.096	1.059	97.8
1.83-1.92	7.2	0.075	0.996	0.03	0.08	0.924	97.9
1.92-2.02	7.3	0.064	0.997	0.026	0.069	0.925	98
2.02-2.14	7.2	0.058	0.998	0.023	0.063	1.012	98.5
2.14-2.31	7.2	0.056	0.998	0.022	0.06	1.081	98.9
2.31-2.54	7.2	0.049	0.998	0.02	0.053	1.004	98.9
2.54-2.91	7.2	0.043	0.999	0.017	0.046	0.971	99.4
2.91-3.66	7	0.036	0.999	0.015	0.039	0.984	99
3.66-50	6.4	0.032	0.999	0.014	0.035	1.012	93.9

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
HKL-2000		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1QYQ

1qyq

解像度: 1.351→46.015 Å / SU ML: 0.11 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 14.09 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1622	5377	4.86 %	Random
R_work	0.142	-	-	-
obs	0.143	110728	97.04 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.351→46.015 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3590	0	0	741	4331

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.005	3837
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.131	5220
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	8.456	2257
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.086	564
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	685

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.3512-1.3665	0.1944	184	0.154	3316	X-RAY DIFFRACTION	93
1.3665-1.3826	0.2236	166	0.1505	3401	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3826-1.3995	0.1991	171	0.1452	3431	X-RAY DIFFRACTION	95
1.3995-1.4172	0.1912	195	0.1384	3391	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4172-1.4358	0.1721	182	0.1249	3432	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4358-1.4555	0.1793	158	0.1226	3444	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4555-1.4763	0.1906	168	0.1231	3460	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4763-1.4983	0.1467	178	0.1165	3435	X-RAY DIFFRACTION	96
1.4983-1.5218	0.1528	176	0.1109	3466	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5218-1.5467	0.1628	196	0.1143	3460	X-RAY DIFFRACTION	97
1.5467-1.5734	0.1496	159	0.113	3485	X-RAY DIFFRACTION	96
1.5734-1.602	0.1415	171	0.108	3483	X-RAY DIFFRACTION	97
1.602-1.6328	0.1272	194	0.1036	3442	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6328-1.6661	0.1393	186	0.1053	3524	X-RAY DIFFRACTION	97
1.6661-1.7024	0.1648	185	0.1081	3481	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7024-1.742	0.1465	190	0.1173	3500	X-RAY DIFFRACTION	98
1.742-1.7855	0.1583	170	0.1276	3522	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7855-1.8338	0.1628	178	0.1296	3528	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8338-1.8878	0.1598	163	0.1333	3533	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8878-1.9487	0.1554	184	0.1296	3555	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9487-2.0184	0.1576	186	0.1282	3556	X-RAY DIFFRACTION	98
2.0184-2.0992	0.138	181	0.131	3555	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0992-2.1947	0.1439	180	0.1367	3589	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1947-2.3104	0.172	189	0.1444	3568	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3104-2.4552	0.1641	176	0.1501	3609	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4552-2.6447	0.1834	170	0.1541	3637	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6447-2.9108	0.1652	186	0.1602	3639	X-RAY DIFFRACTION	99
2.9108-3.3319	0.1802	177	0.151	3681	X-RAY DIFFRACTION	99
3.3319-4.1974	0.1549	181	0.1543	3636	X-RAY DIFFRACTION	98
4.1974-46.0417	0.1632	197	0.1704	3592	X-RAY DIFFRACTION	93

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