PDB-5wid: Structure of a flavodoxin from the domain Archaea

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 5wid

タイトル

Structure of a flavodoxin from the domain Archaea

要素

Flavodoxin

キーワード

FLAVOPROTEIN / flavodoxin / Methanosarcina acetivorans

機能・相同性

機能・相同性情報

FMN binding / electron transfer activity
類似検索 - 分子機能

生物種

Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.681 Å

データ登録者

Murakami, K.S. / Ferry, J.G.

資金援助

米国, 2件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2019
タイトル: Structure and function of an unusual flavodoxin from the domainArchaea.
著者: Prakash, D. / Iyer, P.R. / Suharti, S. / Walters, K.A. / Santiago-Martinez, M.G. / Golbeck, J.H. / Murakami, K.S. / Ferry, J.G.

履歴

登録	2017年7月19日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2019年2月20日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2020年2月19日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	5wid.cif.gz	196.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb5wid.ent.gz	155.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	5wid.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/5wid ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/wi/5wid	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1ycfS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5chq-2 5vtt-2 2oc6-2 4rrj-d 4kjt-1 5b3l-d 5chr-1 5vtt-1 1c7k-d 3b2i-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#133 - 2011年1月一酸化窒素合成酵素 (Nitric Oxide Synthase) 類似性 (3) #228 - 2018年12月酵素の指向性進化 (Directed Evolution of Enzymes) 類似性 (3)

登録構造単位

A: Flavodoxin

B: Flavodoxin

C: Flavodoxin

ヘテロ分子

50.8 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Flavodoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Flavodoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
17 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

3

C: Flavodoxin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
16.8 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	112.773, 112.773, 173.724
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	178
Space group name H-M	P6₁22

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-382- HOH
2	1	C-352- HOH
3	1	C-369- HOH
4	1	C-394- HOH
5	1	C-407- HOH
6	1	C-413- HOH
7	1	C-438- HOH
8	1	C-453- HOH

#1: タンパク質	Flavodoxin 分子量: 16384.049 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Methanosarcina acetivorans C2A (古細菌) 株: ATCC 35395 / DSM 2834 / JCM 12185 / C2A / 遺伝子: MA_1799 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8TPV5
#2: 化合物	ChemComp-FMN / FLAVIN MONONUCLEOTIDE / RIBOFLAVIN MONOPHOSPHATE 分子量: 456.344 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₇H₂₁N₄O₉P
#3: 化合物	ChemComp-ACT / ACETATE ION 分子量: 59.044 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₃O₂
#4: 化合物	ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL 分子量: 118.174 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₂ / コメント: 沈殿剤*YM
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 474 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.24 Å³/Da / 溶媒含有率: 62.08 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Bis-Tris (pH 6.5), 0.2 M ammonium acetate and 20-26 % (w/v) 2-methyl-2,4-pentanediol (MPD)

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9181 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 270 / 検出器: CCD / 日付: 2009年11月10日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9181 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→50 Å / Num. obs: 73408 / % possible obs: 98.1 % / 冗長度: 7.6 % / Net I/σ(I): 30.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1YCF

1ycf

解像度: 1.681→27.087 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 15.5 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.1733	3704	5.05 %	RANDOM
R_work	0.1583	-	-	-
obs	0.1591	73343	98.46 %	-

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.681→27.087 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3315	0	109	474	3898

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	3497
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.888	4719
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	5.063	2669
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.057	528
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	580

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.681-1.7031	0.3152	131	0.2864	2507	X-RAY DIFFRACTION	94
1.7031-1.7265	0.309	119	0.258	2605	X-RAY DIFFRACTION	96
1.7265-1.7511	0.2469	133	0.2416	2564	X-RAY DIFFRACTION	97
1.7511-1.7772	0.2778	133	0.2274	2642	X-RAY DIFFRACTION	98
1.7772-1.805	0.2271	132	0.2136	2632	X-RAY DIFFRACTION	98
1.805-1.8346	0.2236	155	0.2037	2622	X-RAY DIFFRACTION	98
1.8346-1.8662	0.1944	150	0.183	2656	X-RAY DIFFRACTION	99
1.8662-1.9002	0.233	150	0.1805	2620	X-RAY DIFFRACTION	98
1.9002-1.9367	0.1934	136	0.1742	2652	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9367-1.9762	0.1724	143	0.1679	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
1.9762-2.0192	0.178	146	0.1672	2659	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0192-2.0661	0.2061	142	0.1649	2670	X-RAY DIFFRACTION	99
2.0661-2.1178	0.1849	153	0.1554	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.1178-2.175	0.1593	141	0.1467	2686	X-RAY DIFFRACTION	99
2.175-2.239	0.1528	152	0.1487	2660	X-RAY DIFFRACTION	99
2.239-2.3112	0.1673	151	0.1475	2669	X-RAY DIFFRACTION	99
2.3112-2.3938	0.1749	166	0.1495	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3938-2.4895	0.1862	130	0.1535	2711	X-RAY DIFFRACTION	99
2.4895-2.6028	0.1701	129	0.1505	2703	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6028-2.7399	0.1543	134	0.147	2746	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7399-2.9113	0.1598	137	0.1535	2729	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9113-3.1358	0.1511	139	0.1596	2740	X-RAY DIFFRACTION	99
3.1358-3.4508	0.1546	155	0.1385	2745	X-RAY DIFFRACTION	99
3.4508-3.9488	0.1408	148	0.1346	2756	X-RAY DIFFRACTION	99
3.9488-4.9701	0.1614	149	0.1316	2780	X-RAY DIFFRACTION	98
4.9701-27.0907	0.1662	150	0.1684	2868	X-RAY DIFFRACTION	95

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.5165	-0.3208	-0.0243	0.6705	-0.183	1.3537	-0.0385	-0.0847	-0.0192	0.0469	0.0145	-0.0224	0.0375	-0.0639	0.0037	0.1369	-0.0033	0.0099	0.0932	-0.0179	0.1015	30.0019	25.2691	-1.931
2	1.5015	-1.0223	-0.3849	0.9548	0.4866	1.0458	0.0103	0.2795	-0.326	0.0277	-0.2109	0.4369	0.0836	-0.4837	-0.1786	0.149	-0.0188	0.0341	0.2831	-0.0894	0.2195	6.2027	26.7352	-7.4966
3	1.0971	-0.9174	-0.5781	1.6307	1.3355	1.0881	0.1488	0.1221	0.1627	-0.2995	-0.1194	-0.3097	-0.1488	0.0607	0.009	0.1449	0.0121	0.0719	0.1369	0.0396	0.1936	5.4894	60.3576	4.197

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain A
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain B
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain C

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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